ברוב המוחלט של הגטאות והעיירות בבלארוס היו מחתרות וגילויי מרי: ב-64 גטאות ומחנות עבודה היו ארגוני מחתרת וב-30 גטאות ויישובים היו גילויי מרי.
אנשי המחתרת באו מתנועות הנוער של "השומר הצעיר", "החלוץ", "החלוץ הצעיר", "בית"ר", "הנוער הציוני", "גורדוניה", וכן מאנשי "פועלי ציון".
בגטו של מינסק התארגנו ארבע קבוצות מחתרת, שמנו צעירים מבין "פועלי ציון", "הבונד" והמפלגה הקומוניסטית של ברית המועצות. הקבוצות החליטו להקים ארגון מחתרת משותף, שבראשו עמד אשר גראבובניק מהמפלגה הקומוניסטית.
כשהחלו הגרמנים בחיסול הגטו, הצליחה קבוצה קטנה של יהודים לברוח ליערות. חלקם הצטרפו לארגון המחתרת הפולני, ואילו אחרים, תחת פיקודו של יוסף וישנייבסקי מ"פועלי ציון", הקימו ארגון מחתרת עצמאי שפעל במשך כחצי שנה והסב נזקים לגרמנים ולמשתפי הפעולה איתם.
הארגון הפרטיזני היהודי שקם בגטו שלח מאות לוחמים ליערות, ולמעשה היהודים מגטו מינסק הם שהקימו את הארגון המחתרתי הראשון בעיר. הילדים היהודים הצטיינו במיוחד כמקשרים בין היערות ובין הגטו, והם הוליכו קבוצות קבוצות של לוחמים מן הגטו אל בסיסי הפרטיזנים. הילדים בגטו התמצאו בשטח עד מהרה, וידעו כיצד להימנע מפגישה עם האויב. הם סיגלו לעצמם את חוקי המחתרת, למדו להשתמש בנשק והפכו לפרטיזנים בעלי זכויות מלאות. המחתרת במינסק הייתה חד-מפלגתית וקומוניסטית ביסודה. היא החלה לפעול באמצע אוגוסט 1941, כשלושה שבועות לאחר שהיהודים הוכנסו לגטו, ופעילותה התמשכה עד לימיו האחרונים. יותר מ-10,000 יהודים ברחו מגטו מינסק ליערות – מספר שאין דומה לו בכל גטו אחר במזרח אירופה. הדילמה שעמדה בפניהם היתה לא קלה - האם להשאר עם המשפחה בגטו, או לעזוב אותה ואת החברים, ולברוח אל היער.
היה להם ברור כי מעבר לפרידה, שאולי היא סופית, יתכן והם ממיטים עונש קולקטיבי קטלני על הנשארים בגטו.
נוסף על כך, למרביתם, שגדלו בעיר, "החיים בחיק הטבע", באקלים האירופאי הקשה, לא היו פשוטים.
היציאה אורגנה על ידי מחתרת הגטו, שתכננה בקפדנות בריחת כל קבוצה וקבוצה וסיפקה להן נשק ומדריכים. ביערות, חלקם הסתתרו וחלקם עסק בלחימה, שהיתה מונעת מרצון לנקמה ברוצחי יקיריהם. הם פעלו בקרב עשרות יחידות פרטיזנים, יהודיות ולא יהודיות, לחמו לחימת גרילה, שמטרתה היתה פגיעה בחיילים גרמניים ובתשתיות שעלולות לסייע לצבא הנאצי, כמו, פיצוץ מסילות ברזל, גשרים ופגיעה בבסיסים.
הגיבוי של האוכלוסיה המקומית כלפי היהודים, במחבוא, במזון ובנשק - לא היה מובן מאליו.
האנטישמיות שסביבם, לא היתה רק מהאוייב הנאצי, אלא גם מצד פרטיזנים לא-יהודים, אשר חלקם אף רצחו בעצמם את היהודים, מסיבות אנטישמיות או אידאולוגיות.
בבילורוסיה, התרכזו עיקר כוחות הפרטיזנים הסובייטים, ומנו למעלה מ-300 אלף לוחמים. החל מאביב 1942, גרמו כוחות אלו להטרדות משמעותיות לכוחות הגרמנים והשפיעו על פעילותם המבצעית באיזור. פעילות הפרטיזנים כוונה בעיקר לשיבוש מערך הרכבות, איסוף מודיעין ופגיעה בעורף הצבא הגרמני כמות הנפגעים כולל פצועים ושבויים הוערכה כ-1.5 מיליון חיילים גרמנים.
במחצית השניה של המלחמה, התנהלו המבצעים העיקריים של הפרטיזנים, בתאום עם המתקפות הסובייטיות. הצבא הסובייטי סייע רבות לכוחות הפרטיזנים ע"י העברת ציוד ואספקה לכוחות בדרך האויר. פרטיזנים שפעלו בשטחים ששוחררו ע"י הכוחות הסובייטים, הצטרפו ל"צבא האדום" והמשיכו להלחם במסגרתו נגד האויב.
בבילורוסיה בלטה פעילות היהודים בגטו מינסק וביערות שבסביבת העיר:
המחתרת בגטו מינסק ותנועת הפרטיזנים
מראשית הקמתה, באוגוסט 1941, הציבה לעצמה המחתרת בגטו מינסק יעד מרכזי - יציאה ליער ולחימה בשורות הפרטיזנים. בתחילה הקימו חבריה בראשות המנהיג הקומוניסטי, הרש סמוליאר, רשת חשאית שאגרה נשק בתוך הגטו ויצרה קשר סדיר עם הפרטיזנים ביער. במחצית 1942, עם ריבוי האקציות ורציחתם של רבבות מתושבי הגטו החלה הבריחה ליערות. בסיועם של היודנרט המקומי ושל קַשָרים מתושבי הגטו, שנקלטו זה מכבר ביחידות הפרטיזנים, הגיעו כ־10,000 מיהודי גטו מינסק, ליערות הסמוכים לעיר. רבים נפלו בדרך, והנותרים היו ממקימי שבע יחידות פרטיזנים שלחמו בגרמנים.
מחנה המשפחות של האחים ביילסקי
"אל תמהרו להילחם ולמות... אנחנו צריכים להציל נפשות. חשוב יותר להציל יהודים מלהרוג גרמנים." (טוביה ביילסקי).
בסוף 1941, לאחר הרצח ההמוני שביצעו הגרמנים ביהודי אזור נובוגרודק, שבו נרצחו הוריהם של טוביה, זוסיה ועשהאל ביילסקי, החליטו האחים לצאת ליערות נליבוקי הסמוכים. מטרתם הייתה להקים יחידת פרטיזנים כדי לנקום בגרמנים ולהציל חיי יהודים. במהלך הזמן, התלכדו סביבם יחידים ומשפחות, יהודים פליטי גטאות ומחנות. בקיץ 1943 מנה מחנה המשפחות, בפיקודו של טוביה ביילסקי, כ־1,200 נפש. לצד לחימה בגרמנים הפך המחנה מקור הצלה ליושביו. טוביה, זוסיה ועמם רוב אנשי המחנה ניצלו. עשהאל, שהיה קצין בצבא האדום, נהרג בקרב נגד הגרמנים.
היחידה היהודית על־שם ז'וקוב
בקיץ 1942 נמלטו יהודים מגטאות ביילורוסיה המערבית ליערות שמדרום למינסק. הם היו הבסיס ליחידת הפרטיזנים היהודית על־שם ז'וקוב, בפיקודו של ליובה גילצ'יק. היחידה הייתה מוקד משיכה ליהודים מגטאות האזור והם התקבלו אליה ללא נשק. לוחמי היחידה מיקשו מסילות ברזל, פגעו בתחנות משטרה ושחררו כ־250 יהודים ממחנה עבודה בסוורז'נה. בחורף 1943 כשהחלו הגרמנים במצוד נרחב אחר פרטיזנים, נדדו לוחמי היחידה והמחנה המשפחתי שנספח אליה לאזורי הביצות של פולסיה. לקראת מתקפת השחרור של הצבא האדום הועברה היחידה לאזור ברנוביץ' והשתתפה בלחימה באזור. ביולי 1944, עם השחרור, יצאו מהיער כ־270 לוחמי היחידה.
מחנה המשפחות בפיקוד זורין
שלום זורין, יליד מינסק, ברח מהגטו ליער קוידנוב הסמוך בעקבות הרצח ההמוני שהתחולל ביהודי מינסק ב־7 בנובמבר 1941. ביער הצטרף ליחידת פרטיזנים בפיקודו של ידידו הביילורוסי, גנזנקו סמיון, ויחדיו הקימו גדוד פרטיזנים יהודי, ובו נמלטים מגטו מינסק. מלבד לוחמים אסף זורין ליחידתו יחידים ומשפחות שביקשו מפלט ביער. בשלהי 1943, מנתה יחידתו של זורין, שפעלה אז ביער נליבוקי, כ־800 יהודים ביניהם 150 ילדים. רובם ניצלו.