לאחר הכיבוש הגרמני הוקמו ביוון מספר ארגוני מחתרת ע"י המפלגות הפוליטיות השונות. המפלגה הקומוניסטית הקימה בספט' 41 את "חזית השחרור הלאומית" (בראשי תיבות EAM) והזרוע הצבאית שלה, שהוקמה בדצמ' 41, נקראה "צבא השחרור היווני" (ELAS ). ארגון אחר הוקם בקיץ 42 בשם "הליגה של יוון הלאומית רפובליקנית" (EDES) ואחר בשם "שחרור לאומי וחברתי" (EKKA), שהחל לפעול בקיץ 43.
רבים מן היהודים ששירתו בצבא סרבו לחזור הביתה לאחר הכיבוש ונשארו בהרים כדי להצטרף לתנועת המחתרת שהחלה לפעול עתה כנגד הכיבוש. צעירים יהודים נוספים ברחו אל ההרים והצטרפו לארגוני הפרטיזנים שפעלו שם. רבים מהם השתייכו לתנועות הקומוניסטית והסוציאליסטית של המחתרת היוונית. רבים מצעירי הקהילה היהודית בסלוניקי הגיעו בדרכים שונות למרכזי תנועת המחתרת "אלאס", שנמצאה בהרי נאוסה Naoussa. לא כולם הצליחו להגיע אל יעדם ורבים נהרגו ע"י כוחות גרמנים, בהם נתקלו בדרכם ליעד זה. למרות זאת הצליחו כ-200 צעירים להגיע למקום ולהצטרף לשורות המחתרת והצטיינו מאד בפעולות שונות שביצעו במסגרתה.
בסלוניקי עצמה התארגנו קבוצות של צעירים יהודים שפעלו כנגד חיילים גרמנים. רבים מהם נהרגו ע"י הגרמנים ומיעוטם הצליחו להגיע אל מרכזי המחתרת בהרים. גם בוולוס Volos התארגנו מספר קבוצות מחתרת, בהן נטלו חלק גם יהודים. אחת מהן היתה קבוצה של נשים, שרובן היו יהודיות. אלה שימשו בעיקר כח מסייע לקבוצות האחרות, דאגו להן למזון, בגדים, הגישו סיוע רפואי ועוד. באתונה עצמה התארגנו צעירים יהודיים רבים, מרביתם סטודנטים, כדי לסייע בעיקר לקהילה היהודית לברוח מן העיר וכך הצילו רבים ממוות ובכלל זה הרב הראשי של הקהילה הרב אליהו ברזילי Eliaou Barzilai. סה"כ נמנו 1000-650 פרטיזנים יהודים בשורות הלוחמים הפרטיזנים בהרים ועוד רבים אחרים שסייעו להם בתחומים שונים. בקרב שהתנהל בקרלקה Karalaka, בו השתתפו גם לוחמים יהודים, חוסלו 242 גרמנים.
אחת התרומות החשובות של המחתרת ביוון והיהודים בתוכה היה אספקת מודיעין רב וערכי לגורמי המודיעין של בעלות הברית, שמרכזן היה אז בקהיר. בצד היוונים, הפעילו גם היהודים מספר רשתות בערים הגדולות, שאספו מידע ממקורות שונים על פעילות ותנועת הכוחות הגרמניים ברחבי יוון. היהודים שימשו גם כמתורגמנים וכסיירים למשלחות בעלות הברית שהגיעו ליוון ואף הפעילו קשרים שהיו להם מחוץ ליוון, לדוגמא עם יהודים בתורכיה, שסייעו לחלץ יהודים מיוון בדרך הים החוצה ולהביא באותה דרך אספקה ונשק למחתרת. בדרך זו ניצלו כ-1500 יהודים.
בנוסף שירתו ביוון עוד למעלה מאלפיים חיילים ארץ- ישראליים במסגרת הכוחות הבריטיים שהגיעו כדי לסייע ליוונים במלחמתם. חלק מהם נשבו וברחו אח"כ והצטרפו לארגוני המחתרת ביוון וביוגוסלביה. כן שוגרו לוחמים יהודים ליוון במהלך המלחמה לביצוע משימות חשאיות, ברובן משימות חבלה ביעדים שונים. אנקדוטה מעניינת היא כי הקצין הבריטי, שנשלח ליוון לסייע למחתרת במבצעיה השונים היה בריגדיר (תא"ל) אדמונד מאיירס Edmund Myers , בן למשפחה יהודית ספרדית, שהיה במקרה בן דודו של הגנרל הניו-זילנדי המפורסם ברנרד פרייברג Bernard Freyberg , שפיקד על הכוחות הבריטים בכרתים. שני קצינים יהודים בכירים, שהיה להם תפקיד חשוב בלחימה כנגד הגרמנים על אדמת יוון.