בולגריה נלחמה במלחמת העולם השנייה במסגרת צבאות הציר ולצידה של גרמניה הנאצית וצבאה (מאז מרץ 1941) אף השתתף במתקפה הגרמנית על יוגוסלביה ויוון. בתמורה אף זכתה בשטחים מתראקיה, מקדוניה וסרביה (חזון "בולגריה הגדולה"). בולגריה הכריזה מלחמה על בריטניה וארצות-הברית, אך לא עשתה כן כלפי ברית-המועצות ואף לא שלחה את צבאה כנגדה לאחר הפלישה הגרמנית לבריה"מ, מתוך מחווה על סיועה של זו בשחרור בולגריה ב- 1878.
הפעילות המחתרתית בבולגריה היתה מצומצמת ביותר עד אביב 1944. אמנם מספר פעילים קומוניסטים הוחדרו למדינה וניסו לארגן בה התנגדות, אך הם נתפסו עד מהרה. באביב 1944 היתה בבולגריה מחתרת פעילה, שמנתה כ-18 אלף פרטיזנים. אלה היו מאורגנים ב-11 חטיבות, שכללו מלבד חברי המפלגה הקומוניסטית גם מפלגות וגופים אחרים, שהתאחדו במסגרת "חזית המולדת". בספטמבר 1944 ביצעה המחתרת, בהובלת הקומוניסטים, הפיכה והשתלטה על השלטון, כאשר הכוחות הסובייטים נכנסו לתוך שטח המדינה. משלב זה הצטרפה בולגריה למלחמה נגד גרמניה וצבאה בעוצמה של 3 ארמיות, נע מערבה והשתתף, תחת פיקודו הצבא הסובייטי, בשחרור הבלקנים, הונגריה (בה ניהלו קרבות קשים נגד הגרמנים) ואוסטריה. המחתרת הבולגרית (הקומוניסטית) תרמה תרומה חשובה להצלת יהדות בולגריה.
ערב המלחמה חיו בבולגריה למעלה מ-60 אלף יהודים, כ-1% מכלל האוכלוסיה. ההתקרבות בין בולגריה לגרמניה השפיעה מיד על גורל היהודים, שחיו בה. על-פי הדרישה הגרמנית, חוקקה הממשלה הפרו-גרמנית, ששלטה בה, חוקים מפלים, שכוונו להגביל את פעילות וזכויות היהודים במדינה. הדבר הביא להתנגדות בדעת הקהל ובכללו הכנסיה האורתודוקסית, אשר מחו כנגד צעד זה, אך מנגד, היו גם גופים שתמכו בו.
ב- 21 בינואר 1941 אישר הפרלמנט הבולגרי חוקים אלה, שהתבססו על חוקי נירנברג הגרמניים. החל משנת 1941 נקראו כל הגברים היהודים בני 20 – 40 לשרת ב"פלוגות עבודה" מיוחדות, שהפכו להיות עבודות כפייה במחנות ריכוז. ביצוע החוקים החל בשנת 1942, ובשנת 1943 החל תהליך גירוש היהודים, עפ"י הסכם שנחתם בין בולגריה לבין הגרמנים (נציגו של אייכמן). בסך הכל גורשו למחנה טרבלינקה כ- 11400 יהודים, בעיקר מהשטחים שסופחו לבולגריה- תראקיה, מקדוניה וסרביה ועוד כ- 20.000 יהודים מסופיה, בירת בולגריה, שגורשו לערי השדה. ראוי לציין שמרבית יהודי בולגריה ניצלו עקב כניעתה של איטליה והרפייתם של הגרמנים. נעשו גם פעולות הצלה לא מעטות באמצעות שליחים וספינות מעפילים דרך תורכיה ורומניה.
ככל שהתגבר הטרור הנאצי בבולגריה גברו התנאים להתנגדות והתגוננות. קמה תנועת פרטיזנים כללית.
חלק גדול מהנוער היהודי אשר קבל את חינוכו בתנועות הנוער הציוניות, וחלקו הקטן קבל חינוך קומוניסטי, הצטרף אל הפרטיזנים. משנת 1940 ועד שחרור בולגריה ע"י הצבא הסובייטי ב-9 ספט' 1944 התגייסו 260 יהודים לפלוגות הפרטיזנים ולחמו בשורותיהם כנגד הז'נדרמריה הפשיסטית. בקרבות נהרגו 125 מהם.