ערב פרוץ המלחמה היתה רומניה מלוכה, בה שלט המלך קרול ה-2 שלטון דיקטטורי, אותו השליט מאז פברואר 1938. בעיותיה של המדינה בתחום הכלכלי, אי יציבותה הפנימית ויחסיה הבעייתיים עם שכנותיה: בריה"מ, הונגריה ובולגריה, הביאו להתחזקות הגורמים הלאומנים פשיסטיים בה, שהחלו לנטות לכיוון גרמניה הנאצית. התהליך אילצה לוותר על שטחים שסופחו אליה לאחר מלחמת העולם הראשונה, לשכנותיה, הביא לחתימת הסכם כלכלי נרחב בין השתיים במרץ 1939 ושם את הכלכלה הרומנית תחת חסותה של גרמניה. המלך, שהיה נתון ללחץ פנימי בשל כך, מינה בספט' 40 ממשלה פרו- נאצית בראשות הגנרל יון אנטונסקו ולמחרת הודיע על התפטרותו והעברת הכתר לבנו מיכאיל, שהיה אז בן 19. אנטונסקו הקים ממשלה פשיסטית, כשארגון "משמר הברזל” הפשיסטי הפך לגורם כח מרכזי במדינה.
הגרמנים פעלו לרתימתה של רומניה לתכניתם לתקוף את בריה"מ, הן ע"י הכנת צבאה והן ע"י ניצול כלכלתה. ואכן, רומניה היתה לבעלת בריתה העיקרית של גרמניה במתקפתה על בריה"מ ביוני 41 (מבצע "ברברוסה") ושלחה לחזית כמיליון חיילים. במהלך הלחימה החזירה לעצמה את כל השטח עליו ויתרה לבריה"מ ואף השתלטה על שטחים נוספים באוקראינה.
לאחר המפלה במערכת סטלינגרד, החלה רומניה לחפש דרך כיצד לנתק את קשריה עם גרמניה והחלה לקיים קשרים עם בעלות הברית. באוג' 44 פרץ מרד אנטי פשיסטי שהביא לסילוקו של אנטונסקו מן השלטון ובספט' אף נחתם הסכם עם בריה"מ ובכך הסתיימה שותפותה של זו עם גרמניה.
עד למפלה בסטלינגרד היה היחס ליהודים שחיו במדינה קשה ביותר, בשל ההשפעה הגרמנית על ממשלתה. בינואר 41 נערכו הפגנות אנטי יהודיות, בהן נהרגו 127 יהודים. כן נחקקו חוקים, שנועדו להביא לסילוקם של היהודים מרומניה. עם הפלישה הגרמנית לבריה"מ החלה הז'נדרמריה הרומנית להרוג יהודים ובספט' 41 היגלתה הממשלה כ-150 אלף יהודים לחבל טרנסניסטרה. המפלה הגרמנית בסטלינגרד עוררה ספקות אצל השלטון הרומני בדבר האפשרות לנצחון גרמני ובעקבות מאבקם הבלתי מתפשר של מנהיגי הקהילה היהודית בוטלה ההחלטה לגירושם מהמדינה, שאנטונסקו הסכים לה במועד מוקדם יותר. במקום זה הסכים המשטר לפתור את הבעיה ע"י מתן אפשרות ליהודים להגר מרומניה לא"י, דבר שהגרמנים התנגדו לו. החזרת השטחים לשכנותיה צימצמה את מספר היהודים שחיו אז במדינה מ-760 אלף ל-340 אלף. עוד לפני המלחמה פעלה ברומניה תנועות נוער ובהם תנועת "החלוץ". מאחר והשלטונות פעלו כנגדה ומנעו ממנה לקיים את מרכזי ההכשרה לחלוצים שהתכוננו לעלות לארץ, החלה זו לנהל את פעילויותיה במחתרת. סיפוח שטחי בסרביה וצפון בוקובינה לבריה"מ ב-1940, פגעו קשות בפעילות התנועה, שכן חלק ניכר ממנה היה ממוקד בהם ובמיוחד בקישינב, שהיתה מרכז פעילות התנועה במדינה. הדבר לא ריפה את ידי העוסקים במלאכה והם הקימו מערכת חדשה להכשרת חלוצים ולהעלתם לארץ. עם עליית אנטונסקו לשלטון ירדה תנועת "גורדוניה", שעסקה גם היא בפעילות זו, למחתרת בשל מאסרם של כ-70 מחבריה, שהואשמו כקומוניסטים והמשיכה בפעילותה בצורה זו, עד סילוק המשטר הפשיסטי בשנת 44. מהמחצית השניה של שנת 41 הפכו התנאים לפעולת תנועת "החלוץ" קשים ואף מסוכנים יותר, בעיקר בשל התחיקה האנטי יהודית, ההתנכלויות והגירושים. מרכזי הכשרה נסגרו והקשר בין הסניפים השונים נותק. כן החל גיוס צעירים לעבודת כפיה ומנהיגי "השומר הצעיר" נעצרו. למרות זאת נמשך המאמץ לסייע ליהודי טרנסניסטרה בדרכים שונות, כמו גם המאמץ למנוע גירושים נוספים.
בשנת 1942 החמיר המצב כאשר הארגונים הציונים הוצאו רשמית מחוץ לחוק. הפעילות נעשתה במחתרת, אך למרות זאת המשיכה הממשלה להכיר בהנהגה הציונית כמייצגת הקהילה היהודית, שהמשיכה לפעול להחזרת המגורשים מטרנסניסטרה לבתיהם. הפעילות המחתרתית כללה שליחת שליחים לטרנסניסטרה במסווה של כמרים, זיוף מסמכים, אימונים בנשק והמשך פעילות הכשרה והכנה לעליה לארץ. בתחום זה פעלו מספר ארגונים ציונים- ארגון "דרור", שפעל באיזור הבירה בוקרשט; "הנוער הציוני" אף הוא באיזור בוקרשט, למרות מאסרם של כמה מאנשיו. ארגונים אלה אף סייעו להבריח אנשים מפולין ומהונגריה. גם הארגונים "גורדוניה", בית"ר ו"בני עקיבא" פעלו באופן דומה.
ב-43 התגברה פעילות המחתרת על רקע גבור האיום על המשך גירוש יהודי המדינה במסגרת תכנית "הפתרון הסופי". נוצר קשר עם משרד ההצלה הארצישראלי, שפעל באיסטנבול וכן עם ארגונים במדינות נייטרליות והתגבר הסיוע לפליטים מפולין והונגריה. הוחל בהכנות להתנגדות מזויינת, הן כנגד הגרמנים והן לקראת אפשרות של אלימות אנטי יהודית מצד גורמיפ פשיסטים. באוק' 43 קיבלה התנועה חיזוק מהגעתם של שליחים מארץ ישראל, הראשונים הוצנחו לשם באוק' 43, דבר שחיזק את רוחם ונחישותם להמשיך במשימות ההצלה שלהם. בעקבות ההשתלטות הגרמנית על הונגריה ב-מרץ 44 ותחילת שליחת היהודים בה לאושוויץ, נעשה מאמץ להציל את יהודי צפ' טרנסילבניה ולהבריחם לרומניה. כן חודשה העליה הלא חוקית לארץ ו-3415 יהודים, מרביתם מטרנסילבניה, נשלחו לארץ בסיוע אנשי התנועה מרומניה ב-9 אניות, שנשכרו למטרה זו. גם תנועות אחרות, "תורה ועבודה", "בני עקיבא", "החלוץ" ו"המזרחי" פעלו בטרנסילבניה. הוקמו מרכזי בריחה ליד הגבול עם הונגריה, כדי לסייע בפעולות ההברחה משם, שגם עלו כסף רב ונעשו תוך סיכון רב. בעקבות מעצרם של פעילים רבים בינ' 44 גבר החשש ועימו ההכנות להתנגדות מזויינת. נרכשו כלי נשק רבים, הוכנו מקומות מחבוא לאנשים, הוכנו מצבורי מזון ותרופות, אנשים הוכשרו לתת סיוע רפואי והשימוש במדים גרמנים לצרכי הסוואה גבר. בסיוע השליחים מהארץ הוכנו גם תכניות הגנה על היהודים בבוקרשט ולצורך זה אף נוצרו קשרים עם גורמי אופוזיציה אחרים במדינה.
מאמצי המחתרת וראשי הקהילה היהודית צלחו ומנעו את גירושם של יהודי טרנסניסטרה, כ-50 אלף במספר, שהוחזרו לבתיהם לאחר שחרור רומניה ע"י הכוחות הסובייטים.