שיא ההתנגדות היהודית מול האוייב הנאצי היתה הלחימה ביערות ומתוך היערות. יהודים היו פעילים בעשרות אלפיהם בלחימת גרילה שמהותה היתה: פגיעה בחיילים גרמניים ובתשתיות שעשויות לסייע לצבא הנאצי כמו פיצוץ מסילות ברזל וגשרים ופגיעה בבסיסים. במזרח אירופה היו כ-30 יחידות פרטיזנים יהודיות ועוד כ-20 יחידות לא יהודיות, שיהודים לחמו בהם. הדילמה, להשאר עם המשפחה בגטו או לעזוב את המשפחות והחברים, ולברוח אל היער, לא היתה קלה.
הוסיף על כך, אופי החיים העירוני, לה היו רגילים, לעומת החיים בחיק הטבע, באקלים האירופאי הקשה, לא היה פשוט עבורם. היה ברור להם כי מעבר לפרידה שאולי היא סופית, יתכן והם ממיטים עונש קולקטיבי קטלני על תושבי הגטו. האנטישמיות לא היתה רק מבחינתו של האוייב הנאצי, הגיבוי של האוכלוסיה המקומית, במזון ובנשק,כלפי היהודים, לא היה מובן מאליו. כמו כן גם מצד הפרטיזנים הלא-יהודים, אשר חלקם אף רצחו בעצמם את היהודים מסיבות אנטישמיות או בגלל אידאולוגיות.
עשרות אלפי יהודים שרדו את השואה, בזכות בריחתם אל יערות מזרח אירופה. חלקם הסתתרו, וחלקם הגדול עסק בלחימה שהיתה מונעת מרצון לנקמה ברוצחי יקיריהם.