עם כיבוש וילנה על-ידי הנאצים ב-1941 הפסיק את לימודיו ונכלא בגטו היהודי בעיר. עם הקמת "ארגון הפרטיזנים המאוחד", הפ.פ.או., הצטרף אליו והוא לקח חלק פעיל בהכנות למאבק בגטו. במסגרת ארגון זה קיבל את שמו המחתרתי, "שורה". לכל אורך שהייתו בגטו, המשיך בוגן לצייר, וציוריו באותה תקופה נשתמרו. כמעט מתחילת כיבוש וילנה על-ידי הנאצים ערכו הנאצים אקציות שבהם נשלחו יהודים, בתחילה, למוות ביער פונאר, ולאחר מכן למחנות עבודה באסטוניה. ב-29.7.1943 ברח מהגטו ליער נארוץ', 200 ק"מ מוילנה, יחד עם עוד 18 אנשי מחתרת בהנהגת משה שוטן. לפני הגעתם, מצבם של מעט הפרטיזנים היהודים ביער היה קשה, כפי שספר:"תנאי החיים של הפרטיזנים היהודים ביער היו קשים מאוד. פרטיזן יהודי טיפוסי נדרש להוכיח את עצמו למפקדת הפרטיזנים [הלא יהודים]. הם נתנו ליהודים הללו משימות שהיו כמעט בלתי אפשריות לביצוע בכדי לבחון אותם. הם היו נשלחים, למשל, להשיג נשק מבלי לספק להם שום כלי נשק איתם הם יוכלו להגן על עצמם. הם נשלחו גם לאסוף מידע ולמשימות אחרות שהיו מאוד מסוכנות."
מנהיג הפרטיזנים הלא יהודים באזור היה פולקובניק מרקוב (Markov), ובלחץ הפרטיזנים היהודים הוא נעתר להקים יחידת פרטיזנים יהודית – "נקמה" (Mest). הקמת היחידה היהודית נועדה להקל על מצבם של הפרטיזנים היהודים ביער, כך שהם לא יהיו חשופים לאנטישמיות ששררה בקרב חלק מהפרטיזנים הלא יהודים, אבל גם בשביל לאפשר ליהודים להיות כמו כל שאר קבוצות הפרטיזנים האחרות, אשר כוננו על בסיס לאומי. נוסף על כך, מרקוב סבר שהקמת יחידה יהודית תביא תועלת מפני שהיא תאפשר קשר הדוק עם חברי הפ.פ.או. בתוך גטו וילנה. הוחלט שבוגן יהיה אחד ממפקדי המחלקות של הקבוצה. בין הפעולות שבצעה קבוצת "נקמה" היו איסוף צנחנים סובייטים, אבטחת שדות ההצנחה, והשמדת המוצב הגרמני בעיירה מידזיול. זאת, על אף שלקבוצה היה מחסור חמור בנשק. זמן קצר לאחר הגעתו של בוגן ליער, הוא נפגש עם מרקוב וביקש ממנו לחזור לגטו כדי לגייס עוד פרטיזנים יהודים שילחמו ביער. מורקוב אישר את צאתו והוא יצא עם שני חברים לגטו. בגטו נפגש בין השאר עם אבא קובנר, והם ארגנו ביחד את יציאתם של 150 לוחמים יהודים ליער, תוך מתן שוחד לחייל גרמני וסיכון חיים.
ההיסטוריון שלום חולבסקי מספר על האווירה ששררה בקרב חברי הקבוצה:"הכמיהה של הפרטיזנים היהודים ליחידה יהודית היתה עצומה, ואיתה גם ההתלהבות. בגדוד היהודי נוצרה אווירה יהודית. [...] הגדוד היהודי העניק ללוחמים היהודים מידה מסוימת של ביתיות, רעננות-מה, תחושת גאווה ושביבים כלשהם של אופטימיות, במידה שניתן בכלל לשייך מושג זה לאותה ימים."
עם זאת, מצבם הטוב של הפרטיזנים היהודים ביער הורע. מרקוב הורה לפרק את היחידה היהודית, ולאחדה עם יחידה אחרת "קומסומולסקי". נוסף על כך, הורה מרקוב לפרטיזנים היהודים למסור חלק ממעט הנשק שהיה להם, אותו הם השיגו תוך חירוף נפש, לפרטיזנים האחרים. חלק קטן מחברי הקבוצה נותר עם נשק, וחלקם הגדול הפך ליחידה יצרנית, ללא נשק. בוגן קיבל נשק, אבל במהרה הביא עצמו לקטטה עם ראש יחידת "קומסומולסקי", וולודקה סאולביץ, ונשקו נשלל ממנו. לאחר דין ודברים עם מרקוב, הוחלט שבוגן יקבל את נשקו בחזרה והוא הקים קבוצה קטנה של יהודים שנועדה להגן על שדה התעופה הפרטיזני בלודז'. בחורף 1943 מרקוב הגיע לבקר את הקבוצה של בוגן, וסיפר להם שבכפר סמוך מוסתרת כמות גדולה של נשק, אצל חברים ב-א.ק, המחתרת הפולנית. חברי הקבוצה הלכו לכפר באחד מן הלילות ואיימו ברצח על אחד מהתושבים, כדי שיסגיר את מקום המסתור של הנשק. אשתו של הפולני הסגירה בסופו של דבר את מקום המחבוא, והלוחמים לקחו את הנשק, השאירו שם את מזחלות השלג והסוסים שלהם והלכו לכפר הסמוך כדי לקבל אוכל. בזמן שאכלו, נשמעה צעקה של אחד הפרטיזנים באזור שגרמנים מגיעים. חברי הקבוצה שלו רצו מהר לסוסים ולמזחלות שלהם, אבל הגרמנים פתחו עליהם באש, והם קפצו לאגם הקרוב ושחו לצידו השני. הגרמנים ירו בטעות על הסוסים שלהם, וכשהם ראו את הדם הם חשבו בטעות שהם הצליחו לפגוע בו ובחבריו והלכו משם. לאחר מקרה זה, החליט לחזור לוילנה. כל אותה תקופה המשיך לצייר, ועל הסיבות לכך הוא מספר:שאלתי את עצמי למה ציירתי, כאשר נלחמתי יום ולילה. זהו דבר הדומה להמשכיות ביולוגית. כל אדם [...] מעוניין להמשיך את עמו, את משפחתו, להוביל את פרי יצירתו (ילדיו) לעבר העתיד ולהשאיר דבר מה. מוטיבציה אחרת היתה להביא מידע, למה שכונה העולם החופשי, אודות הפעילות, האכזריות, הפעילות האכזרית של הגרמנים - איזשהו תיעוד. לספר אודות זה לעולם שלא היה מיודע."
בסמוך לוילנה, נודע לו וחבורתו כי יש אדם בכפר קרוב אשר מחזיק בכמות גדולה של נשק, והם החליטו לגנוב אותו, וידעו את מרקוב על כך. בזמן ביצוע המשימה, לקחו כמה מחבריו מעט בגדים ואוכל מבית האיכר. כשחזרו למרקוב, בכדי להודיע לו על השלמת המשימה, נדהמו לראות את האיכר שאותו שדדו עומד לצידו. התברר שאותו איכר הוא משתף פעולה עם הפרטיזנים, ובוגן הואשם בשוד. הוא נכלא, ומרקוב הודיע לאשתו של בוגן, רחל, כי הוא עומד להוציאו להורג. לאחר תחנונים מצידה של רחל בוגן, הומתק עונשו של אלכסנדר לחמישה ימי כליאה, והוא שוחרר. על מה שנגלה לו לאחר שחרורו מהכלא הוא מספר:לאחר מספר ימים שוחררתי וחזרתי ליחידה שלי. להפתעתי, האדם היחיד שנשאר היה אשתי. בזמן ששהיתי בכלא, היחידה פורקה, והלוחמים נשלחו למספר יחידות סובייטיות. כעת אני מבין שהם [הפרטיזנים הלא-יהודים] ניצלו את ההזדמנות להיפטר מהיחידה היהודית בצורה כזאת. זאת דוגמא אחת מני רבות שבה הסובייטים פירקו ושיחררו יחידה יהודית בשל סיבות פוליטיות."
לאחר מכן חזר והצטרף אל "צוות התיעוד" בבריגדת "וורישלוב", שם הוא עסק בציור הווי הפרטיזנים.

לאחר המצור הגרמני על יערות נארוץ' בשנת 1943, פשטה שמועה כי ולודקה סאולביץ', מפקד פלוגת הפרטיזנים "קלינין", מסרב לקבל לשורות הפלוגה פרטיזנים יהודים בלתי חמושים. ולודקה היה פורק עול מטבעו, גס רוח וחוליגן אנטישמי, אך לוחם טוב ונועז.
ליטמן מורבצ'יק (מור) ניגש אליי וביקש לדעת אם אקדח התוּפִּי שברשותו יַקנה לו את הזכות להצטרף לגדוד הפרטיזנים ואם אוכל להתערב אצל ולודקה למענו. הכרתי את מורבצ'יק לפני המלחמה באוניברסיטה בווילנה. כשחזרתי מהיער לגטו, כדי להוציא ממנו צעירים ולצרפם לשורות הפרטיזנים, הוא הצטרף לקבוצתי.
לקחתי את האקדח מידיו של מורבצ'יק וניגשתי אל ולודקה. המפקד נטל את הנשק בידו, בדק אותו, אמר "טוב, נראֶה" והחל להתרחק. הרגשתי איך הקרקע נשמטת מתחת לרגליי, הכול החל להסתחרר מולי. החלטתי שיש להחזיר את האקדח לבעליו. זינקתי על ולודקה ותפסתי בכל כוחי את ידו האוחזת באקדח. ולודקה הסמיק מזעם ועיניו רשפו אש. לא הרפיתי מידו ואף לפתתי אותה ביתר שאת. פתאום נשמעה ירייה, והוא השתטח מלוא קומתו ארצה. ארבעה פרטיזנים חמושים רצו אליי, לקחו ממני את נשקי והוציאו מתיק הצד שלי את מחברת הרישומים. הם לגלגו על האיורים, ואחד מהם הטיח בפניי: "מרגל, רוצח, הרגת את המפקד".
אט אט חזרה אליי הכרתי. ראיתי כיצד משכיבים את ולודקה הפצוע על העגלה, כשלצִדו אשתו טוסיה, אוחזת בידו. הרופאה שהוזעקה למקום, נעמי גורדון, חבשה את פצעיו. זינקתי אליו וצעקתי בשארית כוחותיי: "ולודקה, אם צדקת, צַוֵוה לירות בי באותו אקדח עצמו!" הפצוע לא ענה. הוא ניסה לומר משהו, אך לא הצליח. רחשי זעם עלו משורות הפרטיזנים הרוסיים: "הנה הוא, הרוצח של מפקדנו". מתח של לפני סערה עמד באוויר, וכל מי שאחז נשק לפת אותו בחוזקה.
בינתיים הרחיקו אותי מעגלת הפצוע והוליכו אותי לעבי היער. אדישות מוזרה ירדה עליי, למרות שבכל מקרה אוצב מול כיתת יורים מיד או בעוד כמה שעות. על אף הסוף הטרגי אליו אני הולך, חשתי סיפוק שהשבתי כגמולו לפורק עול אנטישמי ונבזה כוולודקה.
ראש המטה לא רצה לקחת אחריות והחליט להמתין לאישור מהחטיבה על הוצאתי להורג. הנה כבר חזר השליח ששיגר מטה החטיבה. השמירה סביבי הוגברה, ודימיתי שאני שומע כבר את דריכת הנשק. כאשר הגיע השליח אל ולודקה הפצוע עם האישור להוציאני להורג, הוא הרים את ידיו בשארית כוחותיו וצעק: "אסתבֱ! ("עזוב" ברוסית), הוא יישאר בחיים - זאת פקודה".
באותו רגע נזכרתי. ולודקה השיכור, המנוּול שונא היהודים, אמר לי פעם: "אלכסנדר, אל תגלה לאיש שאתה יהודי. למה לך להסתבך בצרות? הנה, ראֵה אותי, גם סבתי הייתה יהודייה, ואיש אינו יודע על כך".
(מתוך ראיון עם אלכסנדר בוגן ועיבוד מתוך "פרטיזנים מספרים, אנטולוגיה" בעריכת אלכסנדר בוגן, אברהם ביבר וקופל קולפניצקי, תל אביב, הוצאת משרד הביטחון, 2006).

ב- 9.4.2008 במסגרת אירועי 60 שנה למדינה, נחנכה האנדרטה המרכזית לכבודם של הפרטיזנים, מורדי הגטאות ולוחמי המחתרות היהודים, שלחמו במלחמת העולם השניה.
האנדרטה נצבת באתר "יד לשריון" בלטרון, כחלק מאתר ההנצחה ללוחם היהודי במלחמת העולם השניה, המוקם במקום.
הטקס התקיים ע"י "העמותה להקמת מוזיאון הלוחם היהודי במלחמת העולם השניה"
ועמותת "יד לשריון" במעמד שר הביטחון מר אהוד ברק, האלוף (מיל.) חיים ארז, יו"ר "העמותה להקמת המוזיאון ללוחם היהודי במלחמת העולם השנייה" ועמותת "יד לשריון" ויו"ר ארגון הפרטיזנים, לוחמי המחתרות והגטאות, מר ברוך שוב, ותיקי הפרטיזנים ולוחמי הגטאות והמחתרות, שגרירי מדינות ונספחים צבאיים, קציני וחיילי צה"ל ומוזמנים.
את האנדרטה עיצב האמן והפרטיזן לשעבר, אלכסנדר בוגן, שעלה ארצה בשנת 1951. הציג תערוכות במדינות רבות, כיהן כיו"ר אגודת הציירים והפסלים בישראל ופועל להנצחת הזיכרון לשואה ולגבורה.
האנדרטה מבטאת במבנה האופקי – את הנצחה לנספים, ובאובליסק המתנשא לגובה - את התקווה והתקומה. האנדרטה מביעה את חזון אחרית הימים, שבו המוות והתחייה של העם היהודי משולבים זה בזה.
מי שהעניק את התרומה להקמת האנדרטה, הוא מר נעם לניר, בנו של הטייס, סא"ל אבי לניר, שנפל במלחמת יום הכיפורים ועונה למות בשבי סורי ואחיינו של סמ"ר ישראל ברזילי, שנפל כמפקד טנק, בקרבות הבלימה ברמת הגולן, במלחמת יום הכיפורים.