האלוף דוד מרכוס – האלוף הראשון בצה"ל והשפעתו על שני צבאות

האלוף דוד מרכוס – האלוף הראשון בצה"ל והשפעתו על שני צבאות
אל"מ (מיל') בני מיכלסון

במעלה הדרך לירושלים, על גבעה נישאה, בתוך הישוב קריית יערים, מתנשאת אנדרטה בצורת אובליסק, לגובה של כ- 15 מ', הצופה על הכביש לירושלים. זוהי מצבה להנצחתו של האלוף הראשון בצה"ל, דוד מרכוס, מפקד חזית ירושלים במלחמת העצמאות.
בבית הקברות של האקדמיה לקצינים של צבא ארה"ב בווסט-פוינט, בקרבת בית התפילה מצוי קברו של קולונל דוד מרכוס.
הן בצבא ארה"ב והן בצה"ל, נחשב דוד מרכוס כאישיות יוצא דופן וחריגה באיכויותיה. זהו הקצין הבכיר היחידי שהשפיע על שני צבאות במלחמותיהם המעצבות ביותר. על צבא ארה"ב במלחמת העולם השנייה ועל צה"ל במלחמת העצמאות. הקצין היחידי בתולדות צבא ארה"ב שנפל בהלחמו תחת דגל זר וקבור בבית עלמין צבאי אמריקאי. הוא נמנה על שלושת האלופים היחידים בצה"ל שנהרגו בעת מילוי תפקידם במלחמה (האחרים הם אלברט מנדלר ויקותיאל אדם) והיחידי שקבור מחוץ לגבולות מדינת ישראל.
בוגר ווסט-פוינט זה שבהשכלתו היה ד"ר למשפטים ואשר לקח חלק מרכזי במיגור משפחות הפשע (המאפיה) במדינת ניו-יורק בשנות ה- 30, טיפס בסולם הדרגות והתפקידים במערכת אכיפת החוק עד למינויו כנציב השב"ס של מדינת ניו-יורק.
בהגיעו לשיא תפקידיו, פרצה מלחמת העולם השנייה והוא עזב את תפקידו הרם והתגייס חזרה לצבא, למשמר-הלאומי של מדינת ניו יורק. במהלך מלחמת העולם השנייה שרת במגוון תפקידים (עם כי השתייך לחיל הפרקליטות הצבאית) הן ברמה הטקטית בהקמת קורס ה"רינג'רס" של זירת האוקיינוס השקט ועם היחידות הראשונות שנחתו בנורמנדי והן ברמה האסטרטגית בתפקידי מפתח של הממשל הצבאי האמריקאי בזירות האוקיינוס השקט ואירופה. זאת תוך ניסוח הסכמי הכניעה של איטליה וגרמניה, הקמת ארגון האו"ם ועיצוב הממשל בשטח הכיבוש האמריקאי של גרמניה לאחר המלחמה. את כל תפקידיו במשך 7 שנות שירותו במהלך המלחמה ולאחריה, מילא בהצטיינות ועוטר ב- 6 עיטורים משמעותיים: עיטור השירות המצויין, מפקד במסדר האימפריה הבריטית, פעמיים ב"כוכב הארד", צל"ש שר המלחמה ובצלב השירות המיוחד של מדינת ניו יורק.
לשירות בצה"ל הגיע במקרה ובסה"כ, במצטבר, שרת בו פחות מ- 12 שבועות, יחד עם זאת הוא השאיר רושם בל ימחה ותרם משמעותית להקמת צה"ל בראשית דרכו, כפי שכתב בהספד שלו רא"ל יעקב דורי, רמטכ"ל צה"ל במלחמת העצמאות: "...הייתה לי הזכות לפגוש את קולונל מרכוס פעמים רבות במשך שהותו הקצרה בישראל. הוא היה יועצי המהימן במקרים רבים. הערצתי את כוח שיפוטו, את מעופו ואת ההשראה שנסכה עצם ההתדיינות עמו. בתכונות אישיות אלו ובגישתו המעשית לבעיות צבאיות תרם תרומה נכבדה לשלמות מכונת המלחמה הישראלית.
קולונל מרכוס היה אחד המפקדים האהודים ביותר בקרב החיילים, שכן ידע להתחבב על כל מי שבא אתו במגע. הוא – בניגוד למשטר הצבאי החמור של השיטה היונקרית – נשא עמו את המסורת האמריקאית הליברלית של ידידות בין חברים לנשק. סמכותו וכבודו עלו משום כך פי כמה. ...במשך שהותו הקצרה בישראל ריכז את מאמציו בשתי חזיתות שונות. לראשונה שרת עם "חיות הנגב" בדרום. אך כשרונו הצבאי נתגלה בעיקר בקרבות חזית ירושלים...".[1]
 

האנדרטה בקרית יערים	האנדרטה בווסט פוינט

נעורים בניו-יורק ובוגר "ווסט-פוינט"
דוד (מיקי) מרכוס נולד בניו-יורק, ארה"ב ב- 22 לפברואר שנת 1901, בן להורים שהיגרו לארה"ב, מיאשי שברומניה. אביו נפטר כאשר היה בן 9 ואחיו הגדול פרס עליו את חסותו. הוא למד בביה"ס היסודי בברוקלין וכאשר סיים אותו עבר ללמוד בתיכון בברוקלין שנקרא Boys High School. אחיו הבכור עודד את מיקי לטפח חיים ספרטיביים בריאים ובמיוחד לימד ואימן אותו באיגרוף. בשנת 1918 כבר היה מיקי לכוכב קבוצות הבייסבול והפוטבול של התיכון בו למד. הוא סיים את ביה"ס התיכון בשנת 1918 ובספר המחזור רשם שהוא שואף להתקבל ל"ווסט-פוינט" המכללה לקצינים של צבא ארה"ב.
כהכנה לקבלה למוסד היוקרתי, למד שנה אחת במכללה העירונית של ניו-יורק תוך שיפור ציוניו במטמטיקה ובמקצועות נוספים.
ב- 1 ליולי 1920 התקבל למכללה הצבאית של "ווסט-פוינט". במכללה הוא התבלט ביכולותיו האתלטיות והגיע לגמר האיגרוף של מכללות המדינה בשנת 1923. כמו כן הוא היה בין המצטיינים בהתעמלות על מתח. כבר במכללה הוא ניכר בתכונותיו החברתיות הטרומיות שהתבטאו ביכולת להתחבר עם עמיתים-צוערים מכל המחזורים.
בשנת 1924 קיבל את דרגות הקצונה כסגן משנה שהוסמך מהמכללה לקצינים ב"ווסט-פוינט". בספטמבר אותה שנה הוא הוצב כמפקד-מחלקה בפלוגה H, בחטיבה 16 של חיל-הרגלים בפורט ג'אי שב"אי-המושל" (Governors Island) במדינת ניו-יורק.
בסתיו 1924 הוא החליט ללמוד לימודי משפטים תוך-כדי-שירות ונרשם ללימודי ערב בביה"ס למשפטים בברוקלין. מרכוס נהג לנוסע כל ערב מהבסיס לעיר ללימודים. על אף שבקייץ הועברה יחידתו למחנה "דיקס" בניו ג'רסי והוא נאלץ להפסיק את לימודיו הסדירים, הוא המשיך ללמוד בעצמו ועבר בהצלחה את מבחני ההסמכה.
בעת הזו הוא הגיע למסקנה שלא יוכל להמשיך במקביל גם בקרירה צבאית וגם לעסוק בתחום המשפט. באותה תקופה נראה היה שלאחר "המלחמה הגדולה" (מלחמת העולם הראשונה) לא צפויה מלחמה באופק והצבא האמריקאי הסדיר עמד על 137,000 חיילים כאשר אין גיוס חובה. בנסיבות אלו, בהן נראה שאין סיבה אידיאולוגית/פטריוטית להמשיך בשירות הצבאי מחד גיסא, ומגמות הצמצום החמורות שאיפיינו את הצבא באותה תקופה, עם המגבלות החמורות לקידום מאידך גיסא השפיעו על החלטתו של מרכוס לפרוש מהשירות הצבאי הסדיר ולפתח את הקריירה שלו בתחום המשפט תוך המשך שירות כקצין מילואים.
בחודש דצמבר 1926 פרש מרכוס מהצבא הסדיר אולם המשיך בלימודיו וקיבל תואר שני במשפטים בשנת 1927 ולאחר עוד שנה של לימודים הוסמך כדר' למשפטים (Juris Doctor) ב- 1928. עם סיום לימודיו התקבל מרכוס ללשכת עורכי-הדין של ניו יורק תוך שהוא פותח משרד פרטי לעריכת-דין.[2]
ניתן עוד להוסיף שהיה זה אחד הקצינים הבכירים הבודדים שהופקו שני סרטים הוליוודיים באורך מלא לתאר את מעלליו. "האי בלקוול" של חברת האחים וורנר ו"הטל צל ענק" של חברת יונייטד ארטיסט.

"אזרח-חייל" במערכת אכיפת החוק של מדינת ניו-יורק
בשנת 1929 סגר מרכוס את עסקו העצמאי והחל לעבוד בעיריית ניו-יורק כפרקליט צעיר במחלקת הכספים. שנתיים אחר-כך, הוא התמנה לעוזר התובע-הכללי של דרום מדינת ניו-יורק. הייתה זו תקופת הפריחה של משפחות הפשע בניו-יורק כאשר המפורסמות בהן של "לאקי" לוצ'יאנו ודאץ' שולץ. במגמה להלחם בשליטה של המאפיה ברבים מתחומי החיים של המדינה, התמנה תומס דיואי[3] לתובע הכללי ודוד מרכוס לסגנו. במשך 3 שנים פעלו השניים יחד למיגור הפשע שכרסם בכל חלקה טובה בעיר. לאחר הישגים רבים בתפקיד, צדה דמותו של מרכוס את עיניו של חבר הקונגרס פיורלו לה-גוארדיה,[4] וכאשר האחרון נבחר לראש עיריית ניו יורק בשנת 1934, הוא מינה, באופן מפתיע את מרכוס הצעיר, בגיל 33, לסגן נציב שירות-בתי-הסוהר (השב"ס) של ניו יורק.
כאשר מונה מרכוס לתפקיד שלטו במערכת בתי הסוהר של ניו-יורק שתי כנופיות פשע שניהלו את בתי הסוהר מבפנים. האסירים חיו בתנאים נוחים ביותר כאשר הסוהרים סרים בדרך-כלל למרותם. מרכוס, "שיחק אותה" תמים וטיפש תוך כדי הכנה חשאית של פשיטה רחבת-ממדים לכיבוש מחדש של בתי-הסוהר מהכנופיות. עבודת המטה המדוקדקת שלו הובילה לתוכנית מדוייקת וחסרת פגמים כמעט כפי שמעולם לא נראתה בעבר. כאשר הגיע נציב השב"ס החדש, אוסטין מקורמק (McCormack) הוא הוכנס בסוד העניינים. באחד הבקרים של ראשית חודש פברואר 1934 הוביל מרכוס התקפה על כלא "אי הסעד" (Welfare Island) בראש חבורת שוטרים וסוהרים שנבחרו במיוחד. הם הלמו בבית הכלא הסורר בעוצמה רבה ובהפתעה מוחלטת והצליחו לתפוס את ראשי הכנופיות לא מוכנים. מרכוס עצמו, במו ידיו, השתלט על אחד ממנהיגי הפושעים וכלא אותו בתאו. המאבק בתוך הכלא נמשך יום שלם, אולם כאשר הסתיים, מצאו עצמם הפושעים כולם מאחורי סורג ובריח ומאז המצב הפרדוקסלי לא חזר שוב לקדמותו. הפשיטה על הכלא לוותה בעיתונאים ומרכוס הפך בין לילה לדמות מפורסמת ואחד מפקידי הציבור המוערכים ביותר במדינת ניו-יורק. הוא הפך להיות המנהל בפועל של השב"ס כאשר מקורמק מתפקד כדמות ייצוגית רוב הזמן. מרכוס פיקד בפועל על אלפי סוהרים שניהלו את בתי הכלא ב"אי הסעד", ב"אי הלבבות" (Harts Island), כלא "הקברים", כלא רח' ריימונד ותריסר נוספים.[5] פעולתו של מרכוס כה הציתה את הדמיון עד אשר חברת האחים וורנר מהוליווד החליטה לעשות סרט על הפשיטה של מרכוס בשם: האי בלקוול (Blackwell's Island) – שמו הקודם של "אי הסעד" - כאשר ג'ון גרפילד משחק את דמותו של מרכוס ומרכוס, שקיבל חופשה מיוחדת, נסע להוליווד לשמש יועץ מקצועי בהפקת הסרט.[6]
בשנת 1937 מרכוס אף מונה ע"י לה גוארדיה, באופן זמני, כשופט שלום בעיר ניו יורק. פעילותו של מרכוס כסגן נציב שב"ס (והנציב בפועל) המשיכה תוך שיתוף פעולה הדוק עם תומס דיואי, שהמשיך בתפקידו כתובע הכללי של דרום מדינת ניו-יורק, תוך שעבודתם משלימה זו את זו וצוברת הישגים מרשימים במיגור שלטון המאפיה בניו-יורק בתקופה הסוערת ביותר. מרכוס הפך למומחה מהמעלה הראשונה בתחום אכיפת-החוק והוזמן לכנסים והרצאות רבים בנושא במסגרות היוקרתיות ביותר שעסקו בכך.
בחודש דצמבר 1939 הודיע מקורמק על פרישה מתפקיד נציב שב"ס ומרכוס הפך לממלא-מקומו עד אשר בחודש אפריל 1940 מונה דוד מרכוס לתפקיד נציב שירות-בתי-הסוהר של ניו-יורק, תפקיד אותו מילא למעשה בשש השנים האחרונות.

בחזרה לשירות צבאי – צבא ארה"ב מתכונן למלחמה

בעת בה הגיע דוד מרכוס לפיסגת הישגיו בחיים האזרחיים כנציב השב"ס של ניו-יורק החלה מלחמת העולם השנייה והתקדרו אף שמי הסערה מעל אמריקה.
עם פרוץ מלחמת העולם השנייה מנה צבא ארה"ב 174,000 חיילים (מהם 45,000 מעבר לים) היה זה הצבא השבע-עשרה בגודלו בעולם, לאחר רומניה. צבא זה כלל 3 דיביזיות מאורגנות בלבד ועוד כ- 6 דיביזיות "על הנייר". המשמר הלאומי מנה 200,000 חיילים שהספיקו בקושי להחזקת המסגרות של 18 הדיביזיות שרשומות היו בסדר כוחותיו.[7]
לצבא ארה"ב הייתה "תוכנית מגירה" להרחבת הצבא בשעת חירום ל- 1,244,000 חיילים,[8] אולם מרבית אזרחי ארה"ב, כפי שיוצגו בקונגרס, דגלו במדיניות של בדלנות ולא אוו להצטרף למלחמה באירופה כך שהקונגרס קפץ ידו ולא מוכן היה להגדיל את תקציב הביטחון או את מספר החיילים, שלא לדבר על גיוס חובה.
בשנת 1939, עם פרוץ המלחמה באירופה, מונה רמטכ"ל חדש לצבא ארה"ב, גנרל ג'ורג' ק. מרשל ((Marshal אשר תכנן להפעיל את "תכנית המגירה" להתרחבות והתייצב לא פעם בפני הקונגרס בניסיון לשכנע שהמלחמה לא תוכל לדלג על ארה"ב ויש לעשות לפחות הכנות מינימליות. אחד הצעדים הראשונים של מרשל היה להתאים את מבנה הדיביזיות שהיו מאורגנות כמו במלחמת העולם הראשונה במבנה מרובע בן 4 חטיבות ובעוצמה של 28,000 חיילים האחת, למבנה הגרמני המשולש בעוצמה של 15,000 חיילים. וכך בבת אחת הגדיל את הצבא הסדיר מ- 3 דיביזיות ל- 5. תוכניתו של מרשל הייתה לצייד את הצבא הסדיר כולו בציוד ונשק חדישים תוך השלמת פערים והוצאה משירות של ציוד ונשק מיושנים ממלחמת העולם הראשונה. אולם אירועי המלחמה באירופה "טרפו את הקלפים". הבסתם המהירה של צבאות צרפת ובריטניה על אדמת צרפת בחודשים מאי-יוני 1940 ותחילת הקרב על בריטניה מיד אחר-כך, הביאו לשינוי בהלכי-הרוח בקונגרס האמריקאי. כבר ב- 20 ליוני 1940, אישר הקונגרס, לראשונה בתולדות ארה"ב, גיוס חובה חלקי בעתות שלום (לשנה אחת).[9] פעולה שמגמתה הייתה להגדיל את צבא ארה"ב בבת-אחת. אלא שמרשל ידע כי תנאי בסיסי להצלחה בהגדלת הצבא הייתה גיוס מקדים של המילואים ו- 18 הדיביזיות של המשמר הלאומי, אשר חסרו חיילים רבים במצבתן, ויכלו לספוג את גלי גיוס החובה הצפויים בלא "להציף" את עוצבות הצבא הסדיר בהם.
הקונגרס, בהאמינו בשיטה האמריקאית, ש-60 ערבים בשנה של תרגולות על רחבת המסדרים יכולים לקיים את המשמר הלאומי ככוח לשעת חירום, אישר למשרד המלחמה לקרוא למשמר הלאומי לדגל, להקים את 4 מפקדות ארמיות-השדה שבתכניתו אשר כל אחת תארגן ותאמן את דיביזיות המשמר במרחבן, תוך הבאתן במהירות למוכנות מבצעית.
הדווחים שהגיעו מהאימונים המזורזים (לקראת תע"ם) של המשמר הלאומי עם קריאתו לשירות והפעלתו, בחודש אוגוסט 1940, הצדיקו את דרישתו של מרשל להוציאו מרשות המדינות ולהכפיפו למפקדה הכללית של הצבא הפדרלי. יחידות המשמר הלאומי צריכות היו לעבור אימון קצרצר לקראת תמרונים שיערכו ברמת הדיביזיות ולבסוף תרגילים דו-צדדיים של קורפוס-נגד-קורפוס. כאשר חיילי המשמר הלאומי התייצבו לשירות, צריכים היו לעבור אימון רענון בן 3 שבועות שתוכנן ע"י מפקדי הארמיות ואושר ע"י משרד המלחמה ואשר בעקבותיו יהיה מוכן למלחמה. תוכנית זו הקציבה 5 ימים לאימון מחלקה, פלוגה וגדוד, יומיים לאימון חטיבה ועוד יומיים לאימון דיביזיוני. מוכנות, או לא, צריכות היו הדיביזיות להתארגן לאחר אימון זה במסגרת הקורפוסים לתמרונים דו-צדדיים. ההתרחשויות בתקופה זו של אימוני הרענון אוששו את החששות הגרועים ביותר לגבי כשירותו של המשמר הלאומי. מרבית החיילים, כפרטים, שלא היו מאומנים למסעות וחיים בשדה פשוט התמוטטו מתשישות פיזית. כמו כן רשמו הצופים באימונים אלו ש"חיילי סוף-השבוע", שזה עתה נקראו לשירות, חסרו משמעת ואומנו באופן עלוב. מחלקות, פלוגות וגדודים שוטטו חסרי מטרה במרחבי האימונים תוך הוכחה שמספר ימי האימונים המועט ליחידות הטקטיות כלל לא הספיקו למשימות שהוטלו עליהן. ברמות הגבוהות יותר, כשלו הקצינים בהוצאת פקודות ברורות ולרוב לא מילאו פקודות שקיבלו בעצמם. מפקדי החטיבות והדיביזיות נתגלו בחוסר יכולתם לתאם את אמצעי הלחימה ואת היחידות הכפופות להם. מרבית הזמן הקשר היה במצב של קריסה ואף המנהלות וההספקה קרסו לרוב תוך השארת החיילים בשדה ללא ציוד ומזון.
חלק מהכשלים של תמרוני אוגוסט 1940 היו באשמת מפקדת המשמר הלאומי. אולם מרביתם נזקפו לחובתו של משרד המלחמה, אשר בין השאר, לא השכיל להעביר את ארגון דיביזיות המשמר מהמבנה המרובע לזה המשולש, כפי שעשה הצבא הסדיר, ולמעשה לא הכניס שינוי זה עד שנת 1942. כמעט כל סוגי הנשק והציוד ביחידות המשמר הלאומי לקו בחוסרים חמורים או אבד עליו הקלח או שניהם. חיילי המשמר הלאומי התלוננו שעם גיוסם שוכנו באוהלים ממלחמת העולם הראשונה וקיבלו מדים, נעלים ושמיכות בשלבים שונים של התפוררות. מדי החאקי שנופקו להם נראו ישנים ונקרעו עוד לפני שהחלו האימונים. מאות הכתבים הצבאיים והעתונאים שסיקרו את אימוני חודש אוגוסט 1940 דווחו, תוך התמקדות מיוחדת בסוגי ציוד ואמל"ח שכלל לא נופקו ליחידות המשמר הלאומי. במקום טנקים הן קיבלו משאיות ישנות עליהן נצבעה המילה טנק, רובי "ספרינגפילד" לא ראויים לשימוש וצינורות השקייה במקום תותחי נ"ט.[10]
אמריקאים רבים שהתנגדו לגיוס חובה בהאמינם שהמשמר הלאומי מהווה כוח זמין המוכן ללחימה, הוכו בהלם מתוצאות תמרוני אוגוסט 1940. תמרונים אלו הוכיחו לכל המפקפקים מעל ומעבר לכל ספק שהאומה האמריקאית חסרת הגנה למעשה בכל הנוגע לכוחות היבשה.
ב- 27 לאוגוסט, מייד עם סיום התמרונים, פורסמה לבסוף החלטה משותפת של כל חברי הקונגרס המאשרת למשרד המלחמה לגייס מיידית את 300,000 חיילי המשמר הלאומי והמילואים לשנת שירות אחת במסגרת הצבא הסדיר הפדרלי. שלושה שבועות לאחר מכן פורסם חוק בקונגרס המאשר לצבא לגייס 900,000 איש, במסגרת גיוס חובה חלקי, גם כן למשך שנה אחת בלבד.
דוד מרכוס אשר עבר, כאמור, לשירות המילואים בדרגת סגן-משנה, מיחידת החי"ר בה שרת (חטיבה 16 בדיביזיה 1) בשלהי שנת 1926 המשיך שירותו כקצין מילואים במסגרת חיל-התותחנים. במסגרת חיילית זו קודם לדרגת סגן, קצין סוללה, בשנת 1930. כל אותה תקופה הוא המשיך להתעדכן בהתפתחויות בצבא וביצע מפעם לפעם שירות-מילואים-פעיל כמדריך בקורסים שונים בהתאם לצרכי החיל וגדוד תותחי-שדה 442 בו שרת. מייד לאחר פרוץ מלחמת העולם השנייה, בנובמבר 1939, כאשר נראה היה שענני המלחמה שפרצה באירופה עלולים גם להגיע לאמריקה החליט מושל מדינת ניו-יורק שזה בזבוז להעסיק את מרכוס, נציב השב"ס, כקצין תותחנים זוטר והוא הועבר, עדיין כקצין מילואים, למשמר הלאומי של מדינת ניו יורק במחלקת הפרקליטות-הצבאית-הראשית של המדינה תוך שהוענקה לו דרגת סרן.[11]
כשלון תמרוני המשמר הלאומי בחודש אוגוסט 1940 הביאו להערכה מחדש של המצב במדינת ניו-יורק והובילו לסילוק מיידי של 14 קצינים בכירים בדרגות סא"ל ואל"ם משורותיו ב- 15 לאוגוסט[12] והחלפתם בקצינים חדשים המוכשרים יותר לתפקידם.
עם כל הצער שבדבר, תוך וויתור על נציב השב"ס המוצלח שלו, החליט מושל מדינת ניו-יורק הרברט להימן (Lehman) ב- 17 לאוגוסט 1940 להיענות להפצרותיו של מרכוס מאז פרוץ מלחמת העולם השנייה ולהחזירו לשירות פעיל כפרקליט-הצבאי-הראשי של המשמר הלאומי של מדינת ניו יורק. זאת במסגרת הצעדים להחזרת הסדר והמשמעת ביחידות והעלאת רמתן המקצועית שכה חסרה לחיילי המשמר הלאומי בתמרוני אוגוסט. החזרתו לשירות של מרכוס התבצעה שלושה חודשים בלבד לאחר מינויו, באופן רשמי, כנציב שב"ס ומעידה על המצוקה בה נמצא מושל ניו-יורק בעת ההיא בעקבות כשלון התמרונים. ההחזרה לשירות לוותה בהענקה מיידית של דרגת רס"ן[13] וזאת חודשים ספורים בלבד לאחר שקיבל את דרגת הסרן ובהודעה בתקשורת שנציב השב"ס יצא לשנת חופש מתפקידו על-מנת לחזור לשירות צבאי. כעבור כשבועיים אושרה העלאתו לדרגת סגן-אלוף ובחודש אוקטובר 1940 עזב סא"ל מרכוס את ניו-יורק, בפרידה מתוקשרת הייטב כאשר כל העתונים המרכזיים במדינה מפרסמים תמונה של אמה, אשתו, מנשקת אותו נשיקת "דרך צלחה" בתחנת הרכבת, בדרכו למפקדת דיביזיית המשמר הלאומי ה- 27 (הניו-יורקית) בפורט מקללאן, אלבאמה. שכתוצאה מתמרוני אוגוסט הוכפפה מעתה לצבא הסדיר (כמו שאר עוצבות המשמר הלאומי). שם עתיד היה לשמש כפצ"ר של הדיביזיה והיועץ משפטי של גנרל וויליאם האסקל (Haskell), מפקדה. הליווי המתוקשר לנסיעתו של מרכוס דרומה נועד לשכנע את אזרחי מדינת ניו יורק שהממשל עושה ככל יכולתו במגמה לשדרג את רמת הדיביזיה שלהם לאחר אידי אוגוסט.
בעת ההיא הוקמה המפקדה הכללית של צבא ארה"ב וכראש המטה והאחראי על האימונים וההבאה לכשרות של הצבא בכללו, מונה, מפקד פו"ם, בריג' גנרל לסלי מקנייר (McNair) שכונה "המוח של הצבא". מטרתו של מקנייר הייתה להצליח בתוך השנה שהוקצבה לו ע"י הקונגרס (להחזקת החיילים שגוייסו), לארגן צבא מוכן-למלחמה בן 1.4 מליון חיילים. ובתוך כך להטמיע בתוך הצבא הסדיר את עוצבות המשמר הלאומי. קליטת עוצבות אלו והמגוייסים הטריים הביאו את מספר החיילים כבר בסוף שנת 1940 ל- 620,000.
בפברואר 1941, פירסם מקנייר את תכנית העבודה (האימונים) השנתית. אחד הצעדים הראשונים היה הפעלת 4 מפקדות הארמיה ו- 9 מפקדות הקורפוס שקיימות היו עד אז "על הנייר" בלבד אשר תוך הקמתן כמפקדות אמיתיות יפקחו על אימוני היחידות, כל אחת בגזרתה. אולם תכנית זו נתקלה כבר בתחילתה במכשולים רבים ומרכוס, עם הגיעו למפקדת דיביזיית החי"ר ה- 27 באלאבמה בחורף 1940-1941 חזה בבעיות אלו מכלי ראשון. אחת הבעיות החמורות ביותר הייתה המחסור בקצינים מיומנים המוכשרים לתפקידם ובמיוחד בשורות הקצונה הבכירה. למעלה משני עשורים של הזנחה הביאו לתפקידי פיקוד קצינים רבים שלא התאימו. כך בצבא הסדיר ועל אחת כמה וכמה במשמר הלאומי. לאחר תמרוני אוגוסט, ההערכה של מפקדת המשמר הלאומי הייתה שכ- 20% מהקצינים בתפקידי פיקוד ומטה מהחטיבה ומעלה אינם מתאימים לתפקידם.[14]הסתבר כי פחות משליש מבעלי התפקידים עברו אי פעם הכשרה לתפקידי פיקוד או קורס כלשהו במנהיגות. היה ניסיון למלא פערים אלו בקצינים מהצבא הסדיר, אולם גם הוא היה, כאמור, חסר בקצינים מוכשרים. הסיבה בגללה לא קרסה כל תוכנית האימונים הנ"ל הייתה המצאותם של 106,000 קציני מילואים שעברו את הכשרתם במסלול המיוחד לקצונה באוניברסיטאות (Reserve Training Officers Corps ). קצינים אלו הוו 90% של הסגנים בכלל הצבא ו- 60% של הקצונה ביחידות השדה. מרכוס, שבצוק העיתים, קודם מדרגת סרן לסא"ל תוך פחות משנה, על אף היותו קצין מילואים שהוחזר לשירות היה מזן מיוחד ונדיר, לא בוגר המסלול המקוצר באוניברסיטאות, ה- ROTC, כמו רובם של קציני המילואים שנקראו לשירות, אלא בוגר "ווסט-פוינט" שעבר לשירות המילואים, לכן נחשב לנכס יקר ערך שיש להשתמש בכישוריו בתבונה.
דיביזיית החי"ר ה- 27 אשר מרכוס נמנה כעת על המטה המקצועי שלה צריכה הייתה לקלוט את המוני המגוייסים החדשים ולאמנם לפני שתפוג תקופת השנה שנקבעה ע"י הקונגרס. באם לפני כן היה מספיק זמן לאימונים אולם חסרו משאבים להגעה לכשרות הרי לאחר אוגוסט נפתחו חרצובות המשאבים אולם הזמן היה קצר ביותר. מצבת הדיביזיה עמדה על 10,389 חיילים ועתה היא עמדה לקלוט עוד 6,927 מגוייסים חדשים וכמעט להכפיל את מספר חייליה.[15] גם מגויסי המקור וגם החדשים צריכים היו להקלט ביחידות הדיביזיה ולעבור את תוכנית האימונים שנקבעה במגמה להפוך לעוצבת-יסוד בכוננות מבצעית מלאה.
גנרל האסקל, מפקד הדיביזיה ב- 15 השנים האחרונות, נחוש היה להפוך את דיביזיית המשמר הלאומי של ניו-יורק לעוצבה לוחמת מהמעלה הראשונה בזמן הקצר שעמד לרשותו ועל-פי תכנית האימונים שהותוותה ע"י המפקדה הכללית של כוחות היבשה. לרשותו עמדה כחצי שנה להשיג יעד זה, כיוון שלפי החלטת הקונגרס, ב- 15 לספטמבר 1941 תפקע השנה שהוקצבה ומגוייסי שעת החירום כמו המשמר-הלאומי והמילואים צריכים היו להתחיל את תהליך השחרור.
13 השבועות הראשונים של האימון הוקדשו לאימון הפרט תוך סיגול המגוייסים לחיי הצבא והענקת אימון בסיסי כמו אימון גופני, תברואה, עזרה ראשונה וקריאת מפות ואימון מקצועות (רובאי, תותחן, חובש, טבח, נהג...) תוך ביצוע אימונים ותרגילי כתה, מחלקה ופלוגה. מרבית פרק אימונים זה בוצע ע"י המש"קים כאשר הקצינים נשלחו להשתלמויות מקצועיות ופיקודיות ובכלל זה קורס של חודשיים למפקדים וקציני מטה בכירים (ברמת החטיבה והדיביזיה) במכללה לפו"ם של צבא ארה"ב.
בגמר האימון הבסיסי עברו לאימון מתקדם שנושאו היה הקרב המשולב שבמרכזו גופי התמרון הבסיסיים בדיביזיה – צוותי-הקרב-החטיבתיים (הצק"חים) אשר שילבו חי"ר, ארטילריה, הנדסה ולוגיסטיקה בצורות הקרב השונות. לשלב זה ניתנו בין 13-16 שבועות שהסתיימו בתרגילים דו-צדדיים בשדה בין החטיבות. עם סיום התרגילים החטיבתיים עברה הדיביזיה אימון דיביזיוני משולב בן 4 שבועות ובכך סיימה את תוכנית האימונים והחלה מכינה עצמה לתמרונים ברמת הקורפוס והארמיה שצפויים היו בקרוב.[16]
מינויו של מרכוס לתפקיד הפרקליט-הצבאי-הראשי והיועץ המשפטי של מפקד הדיביזיה חייב אותו לעסוק בכל העניינים החוקתיים שקשורים היו ביחסי-הגומלין בין המשמר הלאומי לצבא הסדיר, ובמיוחד לאחר ההחלטה להכפיף את הדיביזיה לצבא הסדיר, תוך הגדרת סמכויות מושל מדינת ניו יורק ומוסדותיה הנבחרים אל מול אלו של הדרגים הממונים בצבא הסדיר. בנוסף, היה צורך בהשלטת סדר ומשמעת ביחידות הדיביזיה שסבלו ממוראל נמוך כתוצאה מהעירוב של אנשי המשמר הלאומי הוותיקים עם המגוייסים החדשים, כשלון רבים מהקצינים ביחידות כפי שנצפו באימוני אוגוסט והציוד ואמצעי הלחימה המיושנים שקיבלו החיילים – מתקופת מלחמת העולם הראשונה. היה צורך לחזק את השליטה של מפקדת הדיביזיה על יחידותיה וחייליה תוך הפגנת עוצמה ואפס סובלנות להפרות משמעת. היה זה תנאי בסיסי להפיכת "אזרחי" הדיביזיה לחיילים בזמן הקצר שעמד לרשות מפקדיה. על רקע זה, כישוריו ונסיונו של מרכוס, החליט מפקד הדיביזיה למנותו, בנוסף על תפקידו, גם כקצין משטרה צבאית ראשי של הדיביזיה (Provost Marshal). כמו כן, בהכירו בכך שמרכוס קצין בעל איכות חריגה, מינה אותו גנרל האסקל לעוזרו ושלישו האישי (Aid de Camp) על מנת שיסייע לו בכלל הפעולות של הכנת הדיביזיה למלחמה.
אולם בכך האסקל לא הסתפק והפך את מרכוס לקצין המטה היחידי במפקדת הדיביזיה שמונה גם לתפקיד פיקודי. מרכוס מונה למפקד מחנה מפקדת הדיביזיה והיחידות המיוחדות שלה שכללו את פלוגת המשטרה הצבאית הדיביזיונית, פלוגת הקשר ופלוגת הרפואה.[17]אשר לא היו שייכות לאף גדוד או חטיבה ולכן עלולות היו "ליפול בין הכיסאות" בעת ביצוע תכנית האימונים.
מרכוס הוביל ופיקח על אימון הפרט והיחידה ביחידות אלה ובמיוחד תיאום פעולתן בארבע שבועות הקרב המשולב של האימון הדיביזיוני.
בתקופת התמרונים הגדולים של ספטמבר 1941, "תמרוני לואיזיאנה" בהם הוכפפה הדיביזיה ה- 27 לקורפוס ה- 6 ולארמיה ה- 2, "הכוח האדום" בתמרונים, הסתבר שמרכוס הצליח לאמן את היחידות המיוחדות שתחת פיקודו, טוב יותר מכל השאר, הוא הקים מתוכן כוח למבצעים מיוחדים, הסתנן אתו מעבר לקווי האויב ולקח בשבי גנרל "כחול" תוך פיזור מפקדתו.[18]
באוקטובר 1941, עם סיום כהונתו של גנרל האסקל כמפקד הדיביזיה ה- 27 (בהגיעו לגיל 63 – בעמדו לפני פרישה) וסיומה המוצלח של תקופת אימוני הדיביזיה והכנתה למלחמה, הוא שלח מכתב המלצה בדבר קידומו של מרכוס למפקד הארמיה ה- 2, גנרל בנג'מין ליאר (Lear), לימים מפקד צבא היבשה, המדבר בעד עצמו:
"הנושא: קידומם של קצינים יוצאי דופן (Outstanding officers)
אל: מפקד הארמיה ה- 2, ממפיס, טנסי (דרך הקורפוס ה- 7).
במענה למברקך מה- 6 לנובמבר 1941 המבקש להמליץ על קצינים יוצאי דופן הראויים לקידום, הנני מתכבד להעביר את ההמלצה שלהלן לקידומו של קצין לדרגת אלוף-משנה:
סא"ל דוד מרכוס מכהן כיום כפרקליט-צבאי דיביזיוני, מפקד הכוחות המיוחדים של הדיביזיה, מפקד מחנה המפקדה וקצין משטרה צבאית ראשי של הדיביזיה.
סא"ל מרכוס הינו בוגר המכללה הצבאית ב"ווסט-פוינט", מחזור 1924 ובוגר ביה"ס למשפטים של ברוקלין. (...כאן ממשיך האסקל בתיאור חייו האזרחיים לפני גיוסו מחדש).
סא"ל מרכוס הינו קצין אמין ויעיל. הוא ניחן בסטנדרטים הגבוהים ביותר של כבוד ומחויבות הבאים לידי ביטוי בהתנהגותו היום-יומית. הוא מכהן במספר תפקידים, בהם מפקד היחידות המיוחדות של הדיביזיה ה- 27, פצ"ר דיביזיוני וכשכזה ערך משאים-ומתנים מוצלחים תוך ניסוח חוזים רבים. ובכלל הינו מפקד וקצין בעל יכולות בתחומים רבים ומגוונים. סא"ל מרכוס נולד בחודש פברואר 1901 ולכן לא חורג מהגיל הנדרש לאלופי-משנה. אני ממליץ בחום לקדמו לדרגת אל"ם".[19]-
המלצה זו הועברה שנתיים בלבד לאחר שקיבל מרכוס את דרגת הסרן.

המושל הצבאי של הוואי ומקים כוח ה"רינג'רס" של זירת האוקיינוס השקט
כאשר סיים גנרל האסקל את תפקידו כמפקד דיביזיית המשמר הלאומי של ניו יורק בהצלחה ב- 1 לנובמבר 1941, התבקש ע"י גנרל מרשל לצאת לסיור בן 3 חודשים ביחידות צבא ארה"ב ולחבר דו"ח על כשירותן המבצעית. זאת בהיותו אחד הגנרלים הוותיקים בצבא ובעל ניסיון שנרכש גם בהיותו מסופח לצבאות אחרים. הוא ביקש מייד שדוד מרכוס יתלווה אליו לסיור זה כעוזר אישי שיסייע לו בעריכת הדו"ח וניסוחו. הבקשה אושרה, אולם זמן מועט אחר כך, עדיין במהלך חודש נובמבר 1941, ביקש מחליפו, רלף פנל (Penell) (מי שהיה קודם לכן מפקד חטיבת הארטילריה ה- 52 של הדיביזיה), שהאסקל ישחרר את מרכוס מתפקיד הליווי ויאפשר לו לשוב לדיביזיה כיוון שראה בו אחד הקצינים החיוניים בנבחרת המפקדים וקציני המטה שהרכיב. ואכן האסקל נענה לבקשת מחליפו ואפשר למרכוס לחזור.[20]
3 שבועות אחר כך, מייד לאחר ההתקפה היפנית על פרל-הארבור, בחודש דצמבר 1941, הועברה דיביזיית החי"ר ה- 27 מאלבאמה לקליפורניה תוך המתנה להוראות. בתקופה זו היא המשיכה להתעצם תוך השלמת פערי כוח-אדם עד שהגיעה למצבה של 21,314 חיילים ו- 1,012 קצינים. אולם אז הוחלט סופית על הסבתה למבנה המשולש (3 חטיבות במקום 4) המודרני והיא החלה בתהליך תוך הפחתת מספר חייליה עד ל- 14,000. לאחר תקופת המתנה בת כחודשיים וחצי, הדיביזיה קיבלה הוראה להפליג להוואי וב- 27 לפברואר 1942 החלו ראשוני חייליה להגיע לשם, בהיותה הדיביזיה הראשונה שעזבה את חופי ארה"ב לאחר פרל-הארבור.
דוד מרכוס נחת בהוואי חודש אחר כך, ב- 27 למרץ 1942 והחל את שירותו במפקדת הדיביזיה בהונולולו ב- 1 לאפריל, 4 חודשים לאחר כניסתה של ארה"ב למלחמה.
הרפובליקה של הוואי הפכה לטריטוריה אמריקאית בשנת 1898, בעת מלחמת ארה"ב-ספרד וסופחה לארה"ב. בשנת 1934 יוסף פוינדקסטר מונה מושל הוואי וניתנו לו סמכויות להכריז בשעת חירום של הפיכה, פלישה או איום חיצוני ממשי, על ממשל צבאי במושבה. בתוך שעות מתחילת ההתקפה היפנית על פרל-הארבור ב- 7 לדצמבר 1941, הוכרז ממשל צבאי בהוואי, שנמשך עד סוף המלחמה, ו- 470,000 אזרחיה הוכפפו לחוק-השיפוט-הצבאי. מעולם עד אז ומאז לא הוכפף מספר כה גדול של אזרחי ארה"ב לתקופה כה ממושכת לממשל צבאי.
דיביזיית חיל הרגלים ה- 27, עם הגעתה להוואי, החליפה את הדיביזיה ה- 25 (שיצאה להלחם בגוואדלקנל)ומפקדה הפך למושל הצבאי של הוואי. אולם מתחילת הפעילות בהוואי הודיע גנרל פנל שהוא מאציל את סמכויותיו בנושא הממשל הצבאי לדוד מרכוס, פצ"ר הדיביזיה והקמצ"ר שלה, אשר היה בעל תואר ד"ר למשפטים ורקע בתחום אכיפת החוק והממשל מתקופת שירותו בתביעה הכללית ובשב"ס ניו-יורק, והוא, המפקד, מתרכז בהשלמת תהליך הסבת הדיביזיה למבנה המשולש והגנת איי הוואי מפלישה יפנית צפויה, שנראתה אז כאיום ממשי לאחר הצלחותיהם בכל מזרח אסיה ובעיקר כנגד צבא ארה"ב בפיליפינים.
עם מינויו של מרכוס, הוא הוכר מיידית כסמכות העליונה בתחום וקודמו בתפקיד, סא"ל וויליאם פלאניגן (Flanigen), הפך להיות סגנו.
הממשל הצבאי בהוואי היה מורכב במיוחד בשל כמות האוכלוסייה היפנית באיים. בהוואי היו בשנת 1941 121,000 אזרחי ארה"ב ממוצא יפני ועוד 37,000 יפנים בעלי אזרחות זרה. 158,000 היפנים בהוואי הוו 37% מהאוכלוסייה והיה חשש רב שיהפכו לגייס חמישי ויסייעו לאויב בעת פלישה יפנית. הממשל הצבאי בהוואי, בראשותו של מרכוס, ריכז תחת כנפיו את סמכויות הרשות המחוקקת, המבצעת והשופטת גם יחד תוך שליטה מוחלטת בחיי היום-יום של תושבי האיים. תקנות האפלה ועוצר פורסמו. הצבא הטיל צנזורה על העתונים, הרדיו, המברקים, הטלפונים והדאר. מערכות הבריאות והחינוך על כלל מוסדותיהם: בתי חולים, בתי ספר וכו' פעלו בפיקוח צבאי הדוק.[21]
מרכוס פרסם את מדיניותו, בגיבוי מלא של מפקדו פנל, לאמור: המלחמה כיום הנה מלחמה טוטאלית ולכן על כל חלקי האוכלוסייה לשאת בנטל. מכאן שהתעסוקה וניצול כוח העבודה היו חשובים במיוחד. הממשל הצבאי קבע את המפעלים החיוניים והעבודות הנדרשות ובהתאם לכך חילק את העובדים ובעלי המקצוע תוך פיקוח על השכר ותנאי העבודה. המשך קיום השגרה והתוצר החקלאי, המסחרי והתעשייתי עמדו בראש סולם העדיפויות כתרומה למאמץ המלחמתי ולכן מרכוס הצליח לשכנע לא לכלוא את האזרחים היפנים במחנות ריכוז (כפי שעשו ל- 110,000 יפנים ביבשת האמריקאית) כיוון שהוו חלק נכבד מכוח-העבודה בהוואי. מרכוס, ניהל ממשל צבאי תוך הדברות עם כל חלקי האוכלוסייה אולם גם תוך ניהול מערכת בתי המשפט הצבאיים והקפדה מדוקדקת על שמירת החוק והסדר החל מעברות תנועה ועד למעשים פלילים וכאלו שנחשדו בבגידה. מרכוס עצמו שימש שופט ופוסק ראשי בבית-הדין הצבאי המרכזי.[22]
מדיניותו של מרכוס בתחום הממשל הצבאי כה הצליחה שכעשרה חודשים לאחר הגעת הדיביזיה ה- 27 להוואי, הוענק למפקדה, גנרל פנל, עם סיום תפקידו, עיטור-השירות-המצויין (DSM). בעיטור צויין בין השאר: "...בתקופה אשר בין 15 למרץ 1942 ו- 1 לנובמבר 1942 ...כמושל הצבאי של איי הוואי, הוא, באופן אישי, פתר בעיות ממשל של איים אלו המאוכלסים במספר רב של זרים, וכאלו ממוצא זר (יפני). בשל מעלותיו כקצין הוא הצליח לטפל במצב קשה במיוחד באפן ראוי לציון תוך שיפור משמעותי של היחסים בין הצבא לאזרחים."[23]
אלא שפנל עצמו, מפקד הדיביזיה, שעוטר וקיבל הערכה זו, המליץ על קידומו של דוד מרכוס פעמיים לפני כן מאותה סיבה ממש - בחודש אוגוסט 1942:
"סא"ל דוד מרכוס, פצ"ר הדיביזיה, המשמש בשמי כמושל הצבאי, ביצע את תפקידיו במשך כמעט ששה חודשים בהצטיינות. הצטיינותו היתרה בתפקידי הממשל המגוונים, שחררו אותי מטיפול בכל העניינים הכרוכים בממשל ואיפשרו לי להתמסר למשימתי העיקרית – הכנת הגנת איים אלו באמצעות כוחות הצבא שהועומדו לרשותי.
סא"ל מרכוס, כפצ"ר הדיביזיוני, הינו בעל הדרגה הקבועה לתפקיד זה על-פי התקן ועל כן אין ביכולתי לקדמו. אני ממליץ לקדמו מיידית לדרגת אל"ם כמושל הצבאי בפועל".[24]
ופעם שנייה בחודש נובמבר 1942, רגע לפני שסיים פנל את תפקידו:
"במשך הזמן בו אני משמש כמפקד המחוז של הוואי, סגן אלוף דוד מרכוס, הפרקליט הצבאי של הדיביזיה ה- 27, שימש, בשמי, כמושל הצבאי תוך מילוי כל התפקידים הכרוכים בכך.
בתקופת מילוי תפקידו הנ"ל שימש רס"ן צ'רלס נסט (Nest) כממלא מקומו בתפקיד הפרקליט הצבאי בפיקוחו ההדוק של סא"ל מרכוס.
סא"ל מרכוס ביצע את תפקידיו כמושל צבאי בהצטיינות. כשופט צבאי, פסיקותיו היו הוגנות וצודקות. הוא ארגן מחדש באופן היעיל ביותר את שירותי החירום באיים, בהם מכבי האש, המשטרה וכל שאר הגופים שנועדו לפעול בשעת חירום.
באם ניתן למצוא תקן על מנת לקדמו, במפקדת הממשל הצבאי או במפקדת הפרקליט-הצבאי-הראשי אני ממליץ לקדמו מיידית ולהציבו בתפקיד כזה."[25]
בנוסף לתפקידיו הנ"ל אשר איפשרו למפקד הדיביזיה להתרכז בהכנת עוצבתו למלחמה כנגד היפנים בזירת האוקיינוס השקט, לא ראה עצמו מרכוס פטור מתרומה אף למאמץ זה שהיה אחד התפקידים המרכזיים של דיביזיית חיל-הרגלים ה- 27.
בשלהי חודש נובמבר 1942 החליף רלף סמית (Smith) את פנל כמפקד הדיביזיה ה- 27 בהוואי. בעת הזו, לאחר הניצחון האמריקאי במערכת מידוואי, ירד מאד האיום של פלישה יפנית לאיי הוואי והיה ברור למפקד החדש כי דיביזיית החי"ר ה- 27 תעזוב את הוואי ותישלח בקרוב להשתתף במשימות במסגרת מעבר צבא ארה"ב למתקפה וכיבוש איים באוקיינוס השקט. על כן יש להעביר את מרכז הכובד של פעילות הדיביזיה ממאמץ ביצור האיים והגנתם להכנתה לצורת הקרב התקפה.
מרכוס החל במסע שיכנוע של מפקד הדיביזיה החדש בצורך להקים יחידה-למבצעים-מיוחדים "רינג'רס" (Rangers) בדיביזיה אשר תפקידה העיקרי יהיה הובלת העוצבה והתמחות בלוחמת-ג'ונגל, לקראת הצפוי, כאשר תוטל ללחימה בזירת האוקיינוס השקט. אולם אין להסתפק בכך אלא להקים על בסיס יחידה זו בית-ספר ל"רנג'רס" בו יאומנו מאות מקציני הדיביזיה בלחימה זעירה בג'ונגל. ואכן בחודש פברואר 1943 מונה דוד מרכוס, בנוסף על תפקידיו הקודמים, למפקד ביה"ס ללוחמה-זעירה-בג'ונגל שהוקם בהוואי לצורכי אימוני "רינג'רס". השיקול למנותו לתפקיד נבע לא במעט מהצלחתו באימון היחידות המיוחדות של הדיביזיה בשנה הקודמת וביצועיהן במהלך "תמרוני לואיזיאנה".
יש לציין שיחידות ה"רינג'רס" בצבא ארה"ב הוקמו רק ביוני 1942 כתוצאה מביקור של גנרל מרשל ביחידות ה"קומנדו" הבריטיות בסקוטלנד והוחלט להקים כוח דומה לזה בצבא ארה"ב שיכונה "רינג'רס". היחידה הראשונה הוקמה בצפון אירלנד.[26]
במקביל לפעילות המבצעית הראשונה של ה"רינג'רס" במהלך הנחיתה האמריקאית בצפון-אפריקה, במבצע "לפיד", הקים מרכוס את יחידת ה"רינג'רס" הראשונה ואת ביה"ס ל"רינג'רס" בזירת האוקיינוס השקט. אין לדעת באם מרכוס ידע אודות הקמת כוח זה למבצעים מיוחדים בזירה האירופית במקביל לפעילותו. בכל מקרה, בשונה ממנו, לא יכול היה מרכוס להעתיק את שיטות האימונים של ה"קומנדו" הבריטי כיוון שלא היה לו כל מגע אתם (היו בקצה השני של העולם), האקלים האירופאי קר בהרבה והאימונים שם, בסקוטלנד, לא נועדו ללחימה בג'ונגלים אלא בשטח הררי ומצוקי המאפיין את פני השטח שם.
משימת יחידת ה"רינג'רס" וביה"ס הוגדרה ע"י מרכוס (ואושרה ע"י המפקד) כ: הכשרת קבוצת אנשים שישאו בתפקיד כפול של: היותם מאומנים ובעלי ידע בכל הקשור בלחימת-ג'ונגל, בעלי יכולת לשהות בג'ונגל ולחיות בו תוך התמודדות עם כל האתגרים הנובעים מכך, לדאוג לעצמם ולאחרים בסביבה ייחודית ומאתגרת זו ולהוות מדריכים בנושא לחימת הג'ונגל בכל היחידות אליהן יחזרו.
היחידה אורגנה ממפקדה ושלוש מחלקות כאשר בכל מחלקה שני צוותי-לחימה. האיוש הגיע מגורמי הסיור ב- 3 מחטיבות הדיביזיה, ה- 105, ה- 106 וה- 165.
מרכוס התמנה למפקד היחידה ומפקד ביה"ס ולסגנו מונה סרן יעקב הרצוג (Herzog), קצין מצטיין מגדוד הסיור הממונע הדיביזיוני.
קורס ה"רינג'רס" תוכנן להמשך ששה שבועות כאשר הנושאים העיקריים:
מסעות מאומצים וכושר גופני עילאי הדרוש ללחימה בג'ונגל – 96 ש'.
הכרת נשק החי"ר, הפעלתו (פירוק והרכבה, התגברות על תקלות), וירי – 48 ש'.
החיים בג'ונגל, מה ראוי למאכל (אוכל מקומי ופירות) ובישול בשדה – 16 ש'.
– האימונים בוצעו, ככלל, ללא סממנים פורמליים וריחוק (מהמדריכים). "משמעת" בקורס הוגדרה כ"רצון מושכל לבצע בדייקנות ובחדוה את מאביי המפקד". המשמעת חשובה במיוחד במסעות בג'ונגל – תוך המנעות מהתקלות באויב – ושתיית מים לא מטוהרים. במצבים כאלו האימון למשמעת הינו מוגבל ביותר ואינו תחליף להפעלת שיקול דעת.
מרכוס הספיק להעביר קורס אחד בדיוק, כאשר, בתחילת חודש אפריל 1943 הודיעו לו שסוף-סוף נמצא תפקיד בתקן אל"ם עבורו באגף תיאום-הפעולות-בשטחים הכבושים, שזה עתה הוקם במשרד המלחמה, בוושינגטון. מאמציהם והמלצותיהם של כל מפקדיו בשנתיים האחרונות נשאו פרי והוא עמד בפני קידום לדרגת אלוף-משנה.
עם עזיבתו את הוואי ואת דיביזיית החי"ר ה- 27 בה שרת בהצטיינות כשנתיים ימים, מצא לנכון מפקד הדיביזיה לכתוב לו את הדברים הבאים:
"קולונל מרכוס היקר,
עזיבתך לצורך שירות חשוב אחר, משאירה תחושה מסויימת של אובדן בקרב עמיתיך בדיביזיה ה- 27. אתה היית חלק מיחידה זו בתקופת התפתחותה לצוות טקטי מהמשובחים. תרומתך האישית לתוצאות המצויינות שהושגו הינה משמעותית ביותר.
עבודתך כפרקליט צבאי הייתה מהמעלה הראשונה. למדתי לסמוך לחלוטין על שיקול דעתך, ההיגיון שבהחלטותיך ויכולתך המקצועית.
הישגך הראוי לציון ביותר הינו בעבודה המעולה שעשית בארגון וניהול ביה"ס ל"רינג'רס" של הדיביזיה ה- 27. מנהיגותך הנהדרת והדוגמא האישית ששימשת כמו בנושא האימון הגופני, הפכו בית-ספר זה להצלחה מסחררת. אתה ניהלת קורס בן 6 שבועות בו אומנו 200 איש מחיילי הדיביזיה שהפכה אותם ללוחמי ג'ונגל קשוחים המשמשים דוגמא ונותנים השראה לכל עמיתיהם. אתה הוכחת שאתה יודע הייטב את המקצוע הצבאי ומלאכת הובלת גייסות בשדה-הקרב.
אני מאחל לך הצלחה בשם הדיביזיה כולה בתפקידך בעתיד".[27]
ימים מספר אחר-כך החליט גנרל סמית כי מגיע גם למרכוס לקבל תעודת הסמכה כ"רינג'רס" מביה"ס עליו פיקד, על אף שכבר היה בתפקיד בוושינגטון וכך כתב לו:
"מיקי היקר,
רצ"ב כתב ההסמכה מביה"ס עליו פיקדת (ראה נספח א'). אולי זה יראה לא במקום, אבל אני די בטוח שגם אתה ספגת דברים רבים שלא היית מודע אליהם לפני פתיחת ביה"ס ומינוייך כ"רוג'ר הרינג'ר".[28] בכל אירוע שאתה עלול להיקלע אליו בעתיד דע שיש לך יכולות העשויות לגרור אותך מכסאך הנוח לארץ התמר בה אור השמש מעורב בגשם, בוץ באבק ויזע בהנאה". ועוד הוסיף לו בכתב יד: "אני מאחל לך דרך צלחה, תהיה אתה עצמך ובטוחני שתמלא גם את תפקידך הבא באופן הטוב ביותר (צר לי שהחמצתי אותך כשהמראת ליבשת)".[29]
מאמציו של מרכוס השתלמו הייטב כאשר הדיביזיה ה- 27 תחת פיקודו של סמית הייתה לעוצבת הצבא הראשונה שתקפה את היפנים במרכז האוקיינוס השקט חצי שנה אחר כך בכובשה את האי מקין, שטח מפתח בזירה, מקבוצת איי ג'ילברט, בחודש נובמבר 1943. לאימוני הדיביזייה והכנתה למלחמה שלמרכוס היה חלק נכבד בכך ובמיוחד לאימוני ה"רינג'רס" שהעביר היה משקל משמעותי בכניסתה ללחימה והישגיה. כמו כן ללחימתה הקשה בשנת 1944 בכיבוש האי סאיפן שהיה בטווח טיסה של מפציצי B-29 מיפן.

רמ"ח תכנון ורע"ן ממשל באגף תיאום-הפעולות-בשטחים של משרד המלחמה
ב- 8 בנובמבר 1942 נחת צבא ארה"ב בצפון אפריקה במבצע "לפיד". הייתה זו הפעם הראשונה במלחמת העולם השנייה בה צריך היה צבא ארה"ב להתמודד עם בעייה של שליטה בשטח כבוש. בהיעדר ניסיון קודם, הורה המפקד העליון, נשיא ארה"ב פרנקלין דלנו רוזוולט, למשרד החוץ להיות אחראי על המנהל האזרחי של השטחים בצפון אפריקה. הנחייה זו נבעה לא במעט מאמונתו של רוזוולט שהצרפתים בצפון-אפריקה רק ממתינים להגעת האמריקאים על מנת להשתחרר מהברית עם גרמניה, ולאחר הכיבוש ינהלו את השטחים בעצמם.
אולם הכשלים הפוליטיים במגעים עם הצרפתים, אי הכרת הזירה על אוכלוסייתה מחד גיסא והעדר מנגנון תיאום בין משרד החוץ למשרד המלחמה מאידך גיסא, אילצו את המפקד העליון של חיל המשלוח האמריקאי בצפון אפריקה, הגנרל דוד אייזנהאואר (Eisenhower) להתמודד עם אין ספור בעיות אזרחיות, פוליטיות וכלכליות, שאליהן לא היה ערוך ואשר משרד החוץ לא יכול היה לסייע בהן. התוצאה הייתה עגומה ביותר, והחל שטף של תלונות מהמפקדים בשטח להציף את משרד המלחמה האמריקאי.
בחודש מרץ 1943, החליט משרד המלחמה להקים אגף לתיאום-הפעולות-בשטחים הכבושים (Civil Affairs Division) כמענה לבעיות שהתעוררו ובראשו הועמד מיג'ר גנרל ג'ון הילדרינג (Hilldring). תפקיד האגף החדש היה: "לידע וליעץ לשר המלחמה בכל הנוגע לענייני המשרד בכלל - מלבד בענייני צבא טהורים (עליהם היה מופקד מטכ"ל הצבא) - בשטחים שייכבשו כתוצאה ממבצעים צבאיים". בחודש אפריל, נאלץ רוזוולט לשנות את דעתו בלחץ המפקדים בשטח ולהסכים שהשטחים הכבושים יהיו באחריות משרד המלחמה ולא ינוהלו ע"י משרד החוץ. החלטה זו הרחיבה באחת, את תפקידי אגף המתפ"ש שכללה מעתה קבלת אחריות כוללת ל"תכנון וביצוע ממשל צבאי בזירות הים התיכון, צפון-מערב אירופה והאוקיינוס השקט".
הקמת האגף החדש נבעה משלוש בעיות מרכזיות שהתעוררו בצפון-אפריקה: כשלון הצבאות המשחררים לספק שירותי ממשל סבירים, כולל הספקת מזון וציוד, לאוכלוסייה המשוחררת וכתוצאה אילוץ המפקדים לעסוק בתפקידים אזרחיים רבים אשר לא איפשרו להם להתמסר ללחימה, תוך הפרשת חלק מהאספקה הצבאית לתחומים האזרחיים והעדר "אחדות הפיקוד" בתחום הממשל בין הצבא לסוכנויות משרדי הממשלה האזרחיים למיניהם, שגרם לכאוס בתחום.
הילדרינג, בהופיעו לפני הקונגרס הגדיר בפשטות כי תפקידי האגף בראשו הוא עומד הנם, מחד גיסא להבטיח את שלום תושבי השטחים הכבושים (תוך השלטת חוק-וסדר) ומאידך גיסא למנוע מהעניינים האזרחיים להפריע לניהול המלחמה (ולשחרר את המפקדים להתמקד בתפקידם העיקרי – להלחם).[30]עם הקמת האגף החדש, מייד צץ שמו של דוד מרכוס כמועמד לתפקיד בכיר במסגרתו. בראשית חודש אפריל 1943, נקרא מרכוס לוושינגטון והתייצב לתפקיד ראש מחלקת תכנון וראש ענף ממשל-צבאי באגף החדש. זמן קצר לאחר הגעתו הסביר הילדרינג את המניעים לבחירתו של מרכוס ומינויו במסגרת חוות-דעת שהיה עליו למלא עבור השליש הראשי של הצבא על מנת להעניק למרכוס את דרגת האלוף-משנה (Colonel) שזכאי היה לקבלה על פי התקן:"מומלץ שסא"ל דוד מרכוס, מ.א. 0235897, רמ"ח תכנון המוצב לתפקידו הנוכחי מתאריך 19 לאפריל 1943, יועלה לדרגה זמנית של אלוף-משנה.
תאריך קבלת דרגתו הנוכחית של הקצין (סא"ל) הנה 15 לאוקטובר 1940.
התפקיד אותו ממלא הקצין כרגע הוא קצין המבצעים האגפי הממונה על הממשל הצבאי באגף תיאום הפעולות בשטחים במטכ"ל. לתפקיד זה יש תקן של אל"ם ובמצבת האגף מופיע פער אל מול התקן הנדון.
באיוש התפקיד ע"י קידומו של קצין זה, ואחרים, כפי שאושרו ע"י השלישות הראשית לא תהיה חריגה במספר האל"מים באגף עליו אני מופקד.
דרגת הקצין המיועד נשקלה בכובד ראש, וביחס לאחרים, ולמיטב הבנתי ואמונתי הוא הקצין הטוב ביותר בנמצא לאיוש התפקיד והדרגה המומלצים.
יש לציין כי במשך למעלה משנה שימש סא"ל מרכוס כמושל הצבאי בפועל של איי הוואי. בשרתו בתפקיד זה הוא כבר הוכיח שביכולתו למלא תפקידי מנהל אזרחי בהצטיינות, ומסיבה זו הוא נבחר מלכתחילה לשרת באגף זה. מאז התייצבו לתפקיד, הצדיק סא"ל מרכוס את בחירתו לתפקיד אותו הוא ממלא כיום והרוויח בזכות (ולא בחסד), את ההמלצה לקידום."[31]
בעת הגעתו של מרכוס, היה האגף בשלבים הראשונים של הקמתו והיה עליו לצקת תוכן לתפקידי האגף בתחומי התו"ל, הארגון, עבודת-המטה והנהלים. מרכיבי היסוד של בניין הכוח לתחום התכנון עליו הופקד, גובשו ע"י מרכוס תוך כדי עבודה כלהלן:
להכין מחקרים והנחיות מנהל אזרחי לשטחים המשוחררים או לממשל צבאי בשטחים שייכבשו מידי האויב.
להכין ולפקח על ניסוח תנאי כניעה ומנגנון לאכיפתם כאמצעי לשליטה בארצות האויב.
לתאם עם הרשויות האזרחיות הכנת מחקרים בתחום הממשל הצבאי והמנהל האזרחי.
להשתתף, בקבוצות עבודה משותפות לליבון ופתרון בעיות הנובעות מהבדלי גישה בין ארה"ב לבריטניה.
לייצג את משרד המלחמה בוועדת הביטחון, המהווה סוכנות של משרד החוץ בוושינגטון, בכל הנוגע לעניינים שעל הפרק עבור המועצה המייעצת לזירה האירופאית בלונדון.
למעשה, מרכוס, כמתכנן הראשי של האגף, צריך היה לאפשר לראש האגף לבצע את כל היבטי התכנון שבמסגרת ייעודו ותפקידיו תוך תיאום עם ענפי הכלכלה, שירותי החירום, הממשל הצבאי, כוח האדם וענף ההדרכה. כיוון שגנרל הילדרינג סבל מבעיות בריאות תכופות,[32] מצא מרכוס פעמים רבות את עצמו כממלא-מקום ראש האגף תוך השתתפות בפורומים הבכירים ביותר של הפיקוד העליון.
מרכוס נשא באחריות לכל נושאי והיבטי התכנון שבאחריות האגף תוך ניהול כולל של התוכניות שהוכנו בענפים השונים ובמיוחד יזם להביא לראש האגף נושאים חדשים שנדרשו לתכנון מלמפרע, והוצאת הנחיות לגבי תוכניות חדשות שיש לבצע בענפים. כמו כן היה עליו לתאם ולפקח על ביצוע מחקרי-מטה והכנת ניירות מטה אחרים בענפים השונים ולדווח לראש האגף על לוחות הזמנים של התקדמות המחקרים והכנת התכניות.
כל אחד מהענפים באגף הווה אמנם סמכות תכנון בפני עצמו, בתחום התמחותו הספציפית, אולם הכוונת התכניות ואישורן נעשו ע"י המתכנן הראשי (מרכוס). כמו כן היה כל ענף אחראי על עיבוד מידע והכנת מחקרי-מטה וניירות-מטה בנושאים שבאחריותו וביצע את כל ההנחיות שפורסמו ע"י המתכנן הראשי תוך התחשבות במידע, בהכוונה, בהערות ובתיקונים שהתקבלו ווידוא שהחלטות המתכנן הראשי מבוצעות ומוכלות בתוכניות השונות.[33]

המערכה בסיציליה והפתעת כניעתה של איטליה.
אחד הלקחים מצפון-אפריקה היה שבכל מבצע צבאי שידרוש כיבוש שטח מאוכלס משמעותי, צריך התכנון הצבאי לכלול פתרון בעיות אספקה ורווחה לאוכלוסייה האזרחית. התוכנית הצבאית צריכה להתחשב בנושאים הבאים:
הספקת מזון לאוכלוסייה האזרחית.
הפעלת מערכת בריאות עבור האוכלוסייה האזרחית.
פתרונות דיור לאוכלוסייה האזרחית.
השלטת חוק-וסדר.
רכש מצרכי יסוד וחומרי גלם.
החזרת תפקודו של השלטון האזרחי בשטח שנכבש.[34]
סעיף אחרון זה היה רגיש ביותר וניתן היה לביצוע באופנים מספר: החזרת הריבונות לאוכלוסייה המקומית; האצלת הריבונות לרשויות המוסמכות-האזרחיות של כוחות הכיבוש או ביצוע מטלות השלטון האזרחי ע"י מושלים צבאיים.
צבאות בעלות הברית, בריטניה וארה"ב, נחתו ב- 10 ביולי 1943, בסיציליה. שלושה חודשים בלבד לאחר הקמת אגף המתפ"ש וכניסתו של מרכוס לתפקיד. בתקופה קצרה זו הספיק מרכוס לתכנן את ארגון הממשל הצבאי בשטח הכבוש ולנסח את מדיניותו.
כוחות בעלות הברית שפלשו לסיציליה כללו את הארמיה ה- 8 הבריטית בפיקודו של ברנרד מונטגומרי (Montgomery) והארמיה ה- 7 האמריקאית בפיקודו של ג'ורג' פאטון (Patton). אמנם המפקד העליון היה אייזנהאואר האמריקאי אולם שתי הארמיות אוגדו בקבוצת הארמיות ה- 15 תחת פיקודו של הגנרל הרולד אלכסנדר (Alexander) הבריטי. ארגון זה הצריך תיאום ועבודת-מטה משולבת בין שתי המדינות ושני הצבאות. המלצתו של מרכוס התקבלה והוקמה וועדת ממשל צבאי משותפת אשר גיבשה את עקרונות וקווי הפעולה של הממשל הצבאי בשטח. תוכנית זו עובדה ע"י מרכוס תוך מציאת המכנה המשותף לשתי המעצמות, מה שהצריך כישורים דיפלומטיים ורגישות, ופורסמה ע"י אלכסנדר (ומפקדו אייזנהאואר), שבשל תפקידו הוכרז כמושל הצבאי של סיציליה, עם הנחיתה לאמור: כל מוסדות המפלגה הפשיסטית בטלים ומבוטלים. זכויות הפרט על חייו ורכושו יכובדו, כל חוקי האפליה יבוטלו וכן הזהיר את האוכלוסייה מהתנהגות אלימה והתנגדות לכיבוש. באשר לניהול חיי האזרחים בשטח הכבוש הודיע אלכסנדר (על פי תכנית מרכוס) כי כל עובדי הממשלה, העיריות והמועצות המקומיות כולל בתי המשפט, מלבד אלו שיועברו מתפקידם ע"י המושל הצבאי (הפשיסטים המוצהרים) נדרשים לשוב למשרותיהם ולהמשיך בעבודתם.
בתחום הארגון, אף על פי שבראש הממשל הצבאי (תחת אלכסנדר) הועמד בפועל לורד פרנסיס רוד רנל (Rennell) הבריטי, דאג מרכוס, שהמושל לשעבר של מדינת ניו-יורק צ'רלס פולטי (Poletty), שידע איטלקית על בוריה, יחד עם בכירים אחרים מהקהילה האיטלקית של מדינת ניו-יורק, אותם הכיר מרכוס אישית מתפקידיו הבכירים שם, יגיעו וימונו למשרות מפתח ממשליות באזור הכיבוש האמריקאי.[35]
פלישת בעלות הברית לסיציליה תוכננה כמבצע מוגבל להשגת עליונות מוחלטת בים התיכון ולא כצעד מקדים לפתיחת חזית-רבתי באירופה. אף על פי שראש ממשלת בריטניה תמך באסטרטגיה זו, צבא ארה"ב לא מוכן היה להסיט כוחות ואמצעים משמעותיים מהמאמץ העיקרי אותו תכנן לשנה הבאה – הפלישה לצרפת. הכוונה הייתה לנצל למזער את ההצלחה בסיציליה להמשך התקדמות לאורך ה"מגף" האיטלקי עד לרומא לערך. לכן כאשר ב- 23 ליולי, כשבועיים לאחר הנחיתה בסיציליה (וכאשר הקרבות עדיין מתנהלים על אדמתה), בוצעה הפיכה באיטליה, מוסוליני נעצר ע"י הצבא והודח ע"י המועצה-הפשיסטית-העליונה, נתפסו בעלות הברית בהפתעה. למודיעין לא היה כל מידע על העומד להתרחש, עם כי "הכתובת הייתה על הקיר".
לאחר התבוסה הגרמנית-איטלקית בתוניסיה ב-8 לחודש מאי, כיבושי האיים האיטלקיים פנטלריה ולמפדוזה (8-13 יוני), התפתחות המערכה בסיציליה ובנוסף ההפצצה של רומא ע"י בעלות הברית בעת כשלון הפגישה בין מוסוליני להיטלר בפלטרה ב- 19 ליולי. על אף כל האירועים האלה שבעיני חוגי ממשלת איטליה והמלך נראו כמבשרי הקץ, הערכת המודיעין הבריטית והאמריקאית לא צפתה את הכניעה האיטלקית שהתרחשה בפתאומיות. על כן כאשר הגיעו נציגי ממשלת איטליה בחשאיות לליסבון ב- 1 לאוגוסט 1943, בבקשה לדון בתנאי הכניעה לבעלות הברית, לא הייתה כל תוכנית מגירה להתרחשות כזו, לא בהיבט המדיני, לא בזה הצבאי ובוודאי לא בתחום הממשל.[36]
מרכוס, שהיה רק ארבעה חודשים בתפקיד והיה עסוק כל כולו בתכנון הממשל הצבאי בסיציליה ופתרון בעיות שהתעוררו לאחר הנחיתה, קיבל את הידיעות על הפניה האיטלקית לבעלות הברית ב- 4 לאוגוסט והזדרז עתה להכין מסמך ראשוני של תנאי כניעה עבור איטליה שצריך היה להיות מוכן לקראת וועידת קוויבק ( QUADRANT) ב- 11 לאוגוסט. דהיינו, עמדו לרשותו 6 ימים בלבד לעבודת-המטה הענפה המשולבת והבין-מדינתית לכתיבת המסמך אשר היה בעל חשיבות עליונה להתווית עקרונות השליטה בשטח האיטלקי העומד להכבש.
באותה עת, לאחר שמשרד החוץ השתכנע שלמשרד המלחמה תהיה "המילה האחרונה" בתכנון הטיפול בשטחים הכבושים (ומשרדי הממשלה האחרים הסכימו לכך אף הם), התחילו להתגבש דפוסי עבודת המטה והנהלים של הגוף החדש כלהלן: אגף המתפ"ש יתכנן את הממשל הצבאי לשטח העתיד להכבש, לאחר התיעצות עם כל הרשויות ומשרדי הממשלה הנוגעים בדבר ובעלי-הברית הבריטים, יעביר את טיוטת התוכנית למפקד הזירה (אייזנהואר במקרה האיטלקי), לקבלת התיחסותו והמלצותיו. לאחר בחינת התיחסות מפקד הזירה, יפרסם האגף, בשם משרד המלחמה, תוכנית אב עם הנחיות לתכנון. מפקדת הזירה תהפוך תכנית זו לתכנית מפורטת ותעביר אותה חזרה לוושינגטון על מנת שמשרד המלחמה יציג אותה למטכ"ל המטות-המשולבים (והמשותפים עם הבריטים) לאישור סופי.[37]
בעייתו של מרכוס הפכה למורכבת ביותר עם כניעתה של איטליה: באם הגרמנים יעזבו מדינה זו לאחר הכניעה אזי בעלות-הברית יצטרכו בבת-אחת להשתלט על כל המדינה ואין להן מספיק כוח אדם לקיום מנהל אזרחי בכל איטליה, אולם באם הגרמנים יילחמו בנחישות רבה אזי גם השטח המצומצם שנועד לכיבוש, עד רומא, יחסר בעלי תפקידים מאומנים לממשל הצבאי ולו בשטח קטן זה. מפקד חיל המשלוח לאירופה, הצביע כבר בחודש יוני על בעיית השליטה בשטח כבוש שעלולה לנבוע מהמתקפה על איטליה ושאף להשקיע פחות ככל האפשר ממשאבי הזירה למטרה זו.
ב- 25 ליולי, החליף, כאמור, המרשל האיטלקי בדוליו (Badoglio) את מוסוליני כראש ממשלת איטליה. על אף שכלפי חוץ הצהיר על המשך המלחמה לצד גרמניה, החל, כאמור, במגעים חשאיים עם בעלות הברית. לאחר תחילתה של וועידת קוויבק, ב- 13 לאוגוסט, התבשרו השליחים האיטלקיים שהם חייבים להסכים לתנאי הבסיסי של בעלות הברית כניעה-ללא-תנאי. יומיים אחר-כך, הודיע הגנרל האיטלקי ג'וסיפה קסטלנו (Castellano), שעמד בראש השליחים האיטלקיים, שאיטליה מקבלת תנאי זה והם מבקשים להפגש ולדון בנושא. הסכמה איטלקית מהירה זו הגיעה במועד בעייתי במיוחד. בעת וועידת קוויבק התעורר שוב והפעם בחריפות יתרה, ויכוח בין ראש ממשלת בריטניה וינסטון צ'רצ'יל שרצה לנצל את הפנייה האיטלקית להפניית המאמץ העיקרי של בעלות-הברית באירופה לכיבוש איטליה לבין גנרל מרשל שדבק בתכנית למאמץ פלישה עיקרי בצרפת בשנה העוקבת (שרוזוולט הבטיח לו לפקד עליו). התוצאה הייתה שהוחלט כי בפגישה עם האיטלקים יועבר להם המסמך הראשוני של מרכוס שעסק בתנאי הכניעה הצבאיים בלבד וכיוון שהוא לא הספיק להכין את תנאי הכניעה המדיניים והכלכליים, בשל הזמן הקצר שעמד לרשותו, וייאמר להם שיקבלו מסמך ארוך יותר ומשופר בהמשך. החיפזון נבע לא מעט משאיפתו של אייזנהואר להחתים את האיטלקים על מסמך כניעה עוד לפני נחיתת כוחות בעלות הברית ב"מגף" האיטלקי עצמו שנועדה ל- 9 לספטמבר. ב- 20 לאוגוסט נפגש ראש המטה של אייזנהואר, הגנרל ולטר בדל-סמית (Bedell Smith) עם קסטלנו בליסבון והעביר לו את מסמך 11 הנקודות (הקצר) הצבאי, של מרכוס תוך הודעה שאיטליה חייבת לחתום עליו עד ה- 30 לאוגוסט. בשל עיכובים בתנועת הרכבות הצליח קסטלנו להגיע לרומא רק ב- 27 לאוגוסט. בינתיים הצליח מרכוס לסיים את עבודת המטה וב- 26 לאוגוסט העביר את המסמך הארוך שכלל גם את התנאים הכלכליים והמדיניים למפקדת חיל-המשלוח האירופאי באלג'יר. אולם אייזנהואר שהתרשם מהעבודה המקיפה והכוללנית של המסמך המשופר ביקש לא להעביר אותו לאיטלקים עד ה- 9 לספטמבר כי חשש שכשיראו אותו לא יסכימו לחתום על הסכם הכניעה. ההנחיות שהגיעו מוושינגטון היו להחתים את האיטלקים על ההסכם הצבאי, הראשוני ורק לאחר החתימה להעביר להם את המסמך הכולל.
ב- 30 לאוגוסט הודיעו האיטלקים על הסכמתם לחתום על תנאי הכניעה וגנרל קסטלנו הגיע לקסיבילה בסיציליה לפגישה עם בדל-סמית. אולם בפיו הייתה דרישה של המרשל בדוליו להנחית 15 דיביזיות של בעלות הברית במרכז איטליה על מנת להשתלט על שטחה לפני שהגרמנים יעשו זאת ולפרסם את הכניעה האיטלקית רק לאחר נחיתת בעלות הברית באיטליה. דרישה זו פתחה מחדש את הויכוח צ'רצ'יל-מרשל לגבי מיקום המאמץ העיקרי של בעלות הברית שזה עתה הסתיים בקוויבק עם הסכמה בריטית לגבי צרפת בשנה הבאה. לכן אייזנהואר, הורה מייד לבדל-סמית לדחות דרישה איטלקית זו מכל וכל. אולם לאחר הערכה מחדש של המצב הסכים אייזנהואר להטיס את הדיביזיה המוצנחת ה- 82 לחמישה שדות תעופה סביב רומא, ב- 9 לספטמבר, במקביל לנחיתה מהים, להשתלט על מרכזי השלטון בעיר ולסייע לאיטלקים להתגונן בפני מתקפת-הנגד הגרמנית הצפויה.
מייד לאחר החתימה, ב- 3 לספטמבר, החלה הארמייה ה- 8 הבריטית בהתקדמות לאורך המגף האיטלקי, לאחר שחצתה את מייצר מסינה וסוכם שההודעה על החתימה תפורסם בערב הנחיתה העיקרית באיטליה - באלג'יר וברומא במקביל ונמסר לקסטלנו מסמך תנאי הכניעה השלם שלא ידע על קיומו. הוא הוכה בהלם ושלח את המסמך עם עוזרו לרומא. האיטלקים הופתעו, אולם כיוון שלא נדרשו לחתום על כלום, פשוט התעלמו ממנו.[38]
בבוקר ה- 8 לספטמבר, 5 ימים לאחר שהצבא הבריטי כבר היה על אדמת איטליה, הסתבר לאיטלקים לראשונה שבעלות הברית עומדות להנחית מאמץ עיקרי, ברובו אמריקאי, בדרום איטליה למחרת עם שחר. הם, משום מה, האמינו שהנחיתה תהיה רק ב- 12 לספטמבר ולכן שדות-התעופה בקרבת רומא, אליהם אמורה הייתה לטוס הדיביזייה ה- 82 לא נתפסו, וכוחות צבא איטלקיים מסויימים רק התחילו לנוע בדרכם אליהם. לכן הם ביקשו לדחות את ההודעה המשותפת על הכניעה רק לאחר הנחיתה בסלרנו. אולם כיוון שהכוחות הנוחתים היו כבר בדרך החליט אייזנהואר לא לדחות את ההכרזה על הכניעה וגם לא להטיס את הדיב' ה- 82 לשדות שעלולים להיות תפוסים ע"י הגרמנים. ואכן ב- 8 לספטמבר בשעה 1830 הודיע אייזנהואר מאלג'יר על הסכם שביתת-הנשק עם האיטלקים, לבדוליו לא הייתה בררה וגם הוא הודיע מצדו על כך כשעה אחר-כך מרומא. הגרמנים, אשר צפו את הכניעה האיטלקית הוציאו לפועל תוכנית מוכנה מראש באמצעותה כבשו בזמן קצר את מרבית איטליה. בינתיים, באדוליו ומלך איטליה ויקטור עמנואל ה- 3 הצליחו לחמוק דרך אורטונה לדרום איטליה ולהקים את ממשלתם בברינדיזי.
אייזנהואר הבין שלאור הנסיבות החדשות וכוונת ממשלת איטליה (מברינדיזי) להצטרף לבעלות הברית ולהכריז מלחמה על גרמניה, יש לשנות את תנאי הכניעה כפי שמופיעים במסמך הארוך כיוון שלממשלת איטליה לא הייתה היכולת לעמוד במרביתם (המצויים בשליטת הגרמנים) מחד גיסא אולם יש חשיבות רבה לשיתוף הפעולה שלה בשטחים המשוחררים (ושעומדים להשתחרר) מאידך גיסא . מרכוס הסכים לחבר מסמך חדש אולם הבריטים התנגדו ובאדוליו חתם על המסמך המקורי ב- 29 לספטמבר על סיפון ספינת המערכה הבריטית נלסון בנמל ולטה שבמלטה.
אולם לחתימת האיטלקים על ההסכם הכולל התלוו מספר מגבלות וסייגים ששינו אותו למעשה מהסכם של "כניעה ללא תנאי" להסכם שביתת-נשק אשר הפך לנדבך לקראת הצטרפות איטליה ככוח לוחם לצד בעלות הברית.
המגמה של ארה"ב לאחר כניעת איטליה הייתה להשקיע מינימום משאבים ובעיקר כוחות צבא לשליטה בשטחה הכבוש/המשוחרר של איטליה על ידי עידוד איטליה להכריז מלחמה על גרמניה ותמיכה בממשלת בדוליו לאכוף את השלטון בשטחי איטליה תוך שחרור כוחות צבאיים, ובהם קציני ממשל, לזירות לחימה אחרות.
להשגת מטרה זו שונתה הכותרת של הסכם הכניעה הכולל מ"כניעה ללא תנאי" ל"תוספת להסכם שביתת הנשק וכניעת הכוחות האיטלקיים". כמו כן נוסף מכתב מהמפקד העליון של כוחות בעלות הברית, הגנרל אייזנהואר למרשל בדוליו בו נכתב בין השאר: ..."אני מודע לכך שמאז שחובר מסמך ה- 3 בספטמבר, השתנו הנסיבות וחלק מהדרישות במסמך שביתת-הנשק ההוא כמו בזה שזה עתה חתמנו עליו כבר מולאו או לא ניתנות למילוי ע"י הממשלה האיטלקית. יחד עם זאת אנו רואים במסמכים הנ"ל מסגרת לנושאים שממשלת איטליה תמלא בעתיד כאשר יתאפשר והנסיבות תשתננה".[39]
בעת הזו, כוחות בעלות הברית כבשו רק חלק מדרום איטליה ולכן לממשלת בדוליו והמלך הייתה אפשרות לשלוט רק בארבעה ממחוזות המדינה. וגם זאת תוך סיוע כלכלי מסיבי שהחל לזרום מארה"ב. אולם העברת הממשל בשטח הכבוש לידי האיטלקים על-מנת לשחרר מקסימום כוחות צבא אמריקאים ובריטים הצריך עוד זמן ומאמצים רבים. כך נוצר מצב שבשלהי שנת 1943 המשיך לפעול ממשל צבאי בשטחי איטליה המשוחררים. לאחר לחץ נוסף מוושינגטון, הכריז מלך איטליה ויקטור עמנואל ה- 3, ב- 13 לאוקטובר 1943, מלחמה על גרמניה. החל מרגע זה הפכה איטליה למדינה-חברה בבעלות הברית וועדת הממשל הצבאי המשותפת של בעלות הברית, אשר מרכוס היה אחד הפעילים הראשיים בה, השקיעה עצמה בהקניית יכולות שלטון ריבוני ומנהל ציבורי לממשלת ברינדיזי עם סיוע אמריקאי צמוד.[40]
הן בעלות הברית והן איטליה הציבו את תאריך ה- 20 לדצמבר כיעד להעברת השלטון מידי כוחות הכיבוש לידי ממשלת איטליה. כבר קודם הוחל בהעברת סמכויות השלטון המקומי לידי האיטלקים, אלא ששנים רבות של ממשל פשיסטי בו פקידי ממשל קיבלו הוראות מגבוה ואותן ביצעו הצריכו שינוי מנטלי בבחירת בעלי התפקידים תוך חניכה צמודה של קציני הממשל של בעלות הברית בדבר עקרונות המנהל הציבורי הליברלי והדמוקרטי בו הם יכולים לקבל החלטות ולשאת באחריות להחלטותיהם.
במהלך חודש דצמבר 1943, לאחר שובו של מרכוס מטהרן (וועידת טהרן – 28 נובמבר – 2 לדצמבר 1943), שהה דוד מרכוס חודש ימים בזירת הים התיכון, נע בין מפקדות בעלות הברית בקהיר, אלג'יר, סיציליה ואיטליה במאמצים לארגן את העברת השלטון לידי האיטלקים. חלק מהזמן הוא התלווה לתת-שר ההגנה ג'ון מקלוי (McCloy) שעסק גם הוא בנושא מבחינה פוליטית.[41] הייתה זו כאמור, משימה קשה ביותר ומורכבת. רק ב- 9 לפברואר 1944 הועברו לבסוף סמכויות המנהל והשלטון בשטחי איטליה לידי ממשלת בדוליו. גם לאחר העברה זו לא נגמרו בעיות הממשל בחצי האי האפניני[42] אולם מעתה העביר מרכוס את עיקר מאמציו להכנות לפלישה לצרפת הממשמשת ובאה ואשר עליה דנו והתקבלו החלטות בוועיד טהרן.

מרכוס נוחת בצרפת – שאלת השליטה בשטח המשוחרר
החלטות ועידת "שלושת הגדולים" (צ'רצ'יל, רוזוולט וסטלין) בטהרן שפורסמו בדצמבר 1943, הוו את הטריגר לעבודת מטה רחבת היקף בתכנון המאמץ העיקרי של בעלות הברית המערביות במלחמה – הנחיתה בנורמנדי שבצרפת שצפויה הייתה בחודשים מאי-יוני 1944, מבצע "אוברלורד". כמו כן, תוכנן מאמץ משני – נחיתה בדרום צרפת, מבצע "אנוויל" ("דרגון"). שני מאמצים אלו נועדו לפעול באופן מתמקד ולהכריע את הצבא הגרמני בצרפת במהירות האפשרית. אחת הבעיות שעלו מייד על הפרק הייתה תכנון הממשל הצבאי/מנהל אזרחי בשטח המשוחרר כאשר הלקח השלילי מהניסיון שנרכש בצפון אפריקה בשטח כבוש צרפתי עמד לנגד עייני כולם.
עם שובו של מרכוס מועידת טהרן והסיור בזירת הים התיכון, החל במאמצים קדחתניים של עבודת מטה לתכנון המדיניות בשטחה העומד להשתחרר של צרפת וארגון מערכת הממשל הצבאי שם. ממשרד המלחמה בוושינגטון, צריך היה מרכוס לתאם בין שתי מפקדות זירתיות שונות שעתידות היו לפעול כנגד צרפת: המפקדה העליונה של חיל המשלוח של בעלות הברית באירופה (SHAFE) בפיקודו של הגנרל ד. ד. אייזנהואר שאחראית הייתה על הנחיתות בנורמנדי ובראשה מפקד אמריקאי, ומפקדת כוחות בעלות הברית במזרח התיכון ובאגן הים התיכון (AFHQ) בפיקודו של גנרל מייטלנד ווילסון (Wilson) שאחראית הייתה על הנחיתה בדרם צרפת ובראשה גנרל בריטי. מרכוס צריך היה לדאוג ששתי המפקדות ינהלו מדיניות זהה לגבי השטחים המשוחררים והיחידות הצבאיות של המנהל האזרחי יאורגנו בהתאמה. תנאי יסוד לתכנון-על מסוג זה הצריך השגת שיתוף פעולה מלא עם עמיתיו הבריטים. אולם למצב המורכב נוסף גורם שלישי, משמעותי, שהיה המדיניות כלפי ממשלת צרפת-החופשית של הגנרל שרל דה-גול. לא היה ברור כלל שממשלה זו תתקבל באהדה ע"י אזרחי צרפת אשר מרביתם הביטו עליו, בתקופת ממשל ווישי, כבוגד ובמערכת צפון-אפריקה, רק שנה קודם לכן, נוכחותו נראתה כיוצרת יותר בעיות מפתרונות.
הבריטים, אשר גם הם למדו את לקחי צפון אפריקה, המליצו בחום לתת לגיטימציה מוחלטת לדה-גול ולאפשר לו קבלת שליטה בשטחים שישוחררו מוקדם ככל האפשר. אולם בשלב זה, האמריקאים ובתוכם מרכוס, המליצו לא להתחייב מראש לדה-גול.[43] הנושא נדון ברמת ראשי המדינות, נשיא ארה"ב רוזוולט וראש ממשלת בריטניה צ'רצ'יל כשכל אחד מתבצר בעמדותיו. עמדת האמריקאים נבעה לא במעט מעמדתו של סטלין אשר תמך במפלגה הקומוניסטית הצרפתית ולכן ניסה למנוע מחוייבות מוקדמת של בעלות הברית לדה-גול.
לבסוף הצליח מרכוס לנסח הסכם פשרה בין בעלות הברית, על פיו המדיניות תקבע לפי ההתפתחויות בשטח. באם יסתבר לאחר שחרור הערים הגדולות הראשונות כי לדה-גול יש אכן תמיכה משמעותית בקרב אזרחי צרפת, אזי יועברו לידי ממשלתו סמכויות השלטון והאחריות למימושו מהר ככל האפשר. אולם באם ייראה כי דעת הקהל הצרפתית לא אוהדת ברובה את ממשלת צרפת החופשית אזי ינוהלו השטחים המשוחררים, לפחות בתקופה הראשונה, ע"י יחידות מנהל אזרחי צבאיות של בעלות הברית. לשם כך הוקמו יחידות ממשל ואגפי מטה כאלו שכללו מעל 8,200 קצינים ובד"א (בעוצבות נורמנדי בלבד) ברמות הקורפוסים והדיביזיות כמרכיב אינטגרלי בעוצבות הלוחמות ומתואמות ע"י אגף המטה G-5 (ממשל צבאי) במפקדות השונות.[44] תכנון הקמת יחידות המנהל האזרחי, איושן, ציודן והכשרתן בוצע ע"י מרכוס במסגרת ההכנות לפלישה לצרפת.
עם התקדמות ההכנות לפלישה נראה היה כי ההיקף העצום של ההכנות למנהל השטחים המשוחררים והבעיות שזקוקות לפתרון בזירה האירופאית מחייבות נציגות של המתפ"ש במפקדת הזירה בלונדון. ומרכוס שיכנע את מפקדו הילדרינג לאפשר לו לעבור ללונדון כקצין קישור של משרד המלחמה במפקדת אייזנהואר בכל הקשור לתיאום פעולות הממשלה בשטחי צרפת. מרכוס, אשר לאורך כל דרכו הצבאית חתר להגיע לשדות הקרב, ראה כאן הזדמנות להתקרב למוקד העניינים, אולם גםהיה ברור לכל שנחוצה נוכחות קצין בכיר מהמתפ"ש במפקדת הזירה האירופית.
ב- 10 למאי 1944 יצא דוד מרכוס למפקדת הזירה האירופית בלונדון לשמש באופן זמני כקצין קישור של המתפ"ש.[45]במשך יותר משבועיים פעל ממשרד זמני בלונדון תוך מתן פתרונות לבעיות רבות ומגוונות והשתלב בנוהל הקרב הזירתי לפלישה.
עם התקרב מועד הפלישה, החל מרכוס לחפש דרך להתקרב ככל האפשר לשדה הקרב על מנת להתרשם באופן בלתי אמצעי מהאווירה בה יתקבלו חיילי בעלות הברית המשחררים והיחס לממשלתו הגולה של דה-גול, כמו כן לבחון את התארגנות מערכת הממשל הצבאי בימים הראשונים שלאחר הנחיתה והאם התוכנית שנהגתה עונה על הצרכים. בהכירו את התוכנית הזירתית לפרטיה למד שהדיביזיה המוטסת ה- 101 בפיקודו של הגנרל מקסוול טיילור (Taylor), שנתיים מעליו בווסט פוינט, תהיה מהעוצבות הראשונות שינחתו על אדמת צרפת. דיביזיה זו הוכפפה לקורפוס ה- 7 של הארמיה ה- 1 האמריקאית, בפיקודו של גנרל עומר ברדלי (Bradly) ועל כן ב- 26 למאי, בחתירתו לשדה הקרב, הוא סידר לעצמו הצבה במפקדת הקורפוס שמפקדו היה גנרל לאוטון קולינס (Colins).[46]
בהגיעו למפקדת הקורפוס ה- 7, כעשרה ימים לפני הפלישה, הצטרף מרכוס ליחידת הממשל הצבאי של הדיביזיה ה- 101. ב- 8 ליוני 1944, הצטרף מרכוס לנחיתה בחוף "יוטה" ויחד עם יח' הממשל הצבאי אליה הצטרף, נע במהירות למפקדת הדיביזיה ה- 101, אשר אמורה הייתה להיות הראשונה שתכבוש עיר צרפתית חשובה – קרנטן, אליה רצה מרכוס להגיע.
כשלושה שבועות סייר מרכוס בגזרת הארמיה האמריקאית הראשונה תוך בחינת פעולת יח' הממשל הצבאי ומערכת זו בכללה בתקופה הראשונה לשחרור, כפי שתכנן מלכתחילה. במהלך סיוריו מצא עצמו לא פעם תחת אש ארטילרית של האויב ואף אש בכינון ישיר, זאת בעיקר במהלך הקרב של הדיביזיה המוטסת ה- 101 לכיבוש קרנטן, עיר היעד אליה רצה להגיע, אשר בשלב מסוים כמעט וכותרה ע"י הגרמנים וכל הנמצאים שם (כולל מרכוס) נמצאו תחת אש.[47]
ממצאיו היו שמערכת הממשל הצבאי פועלת הייטב והאווירה בקרב הצרפתים להגעתו של דה-גול אוהדת. ב- 25 ליוני הוא נקרא לשוב בהקדם לתפקידיו בוושינגטון במגמה להכין את הקרקע לקראת בואו של הגנרל דה-גול לבירה האמריקאית. הסתבר כי המידע שאסף בצרפת בימים הראשונים של הפלישה לנורמנדי, ולא פעם תחת אש האויב, לא סולא בפז לתהליכי קבלת ההחלטות בפיקוד העליון.
הערכותיו של מרכוס לגבי היחס לדה-גול קיבלו חיזוק משמעותי עקב המאורעות בחודשים העוקבים, ובעיקר חלקם של כוחות דה-גול בנחיתה בדרום צרפת.
כמפקד כוח בעלות הברית הנוחת בדרום צרפת – הארמייה ה- 7 האמריקאית - מונה הגנרל האמריקאי אלכסנדר פאץ' (Alexander M. Patch), שהגיע זה לא מכבר מהמערכה בגוואדלקנל (באוקיינוס השקט). זאת על אף שעיקר כוחו הורכב מכוחות צבא צרפת בפיקודו של הגנרל דה-לטר דה-טאסיני. בעת הזו, העריך הפיקוד העליון של בעלות הברית כי לצרפתים אין עדיין מספיק ניסיון לחימה בעוצבות גדולות ועל כן הוסכם שהכוח המוביל של הארמייה ה- 7 בנחיתה יהיה קורפוס אמריקאי, ה- 6, בפיקודו של גנרל לוסיאן טראסקוט (Lucian Truscott).
התוכנית האסטרטגית בפיקוד העליון של בעלות הברית הייתה כי לאחר החבירה בין הכוחות שנחתו בדרום צרפת לאלו שנחתו בנורמנדי ישונו סדרי הפיקוד והשליטה והצבא הצרפתי לא יימצא יותר תחת פיקוד כוח אמריקאי הקטן ממנו בהרבה. ב- 11 בספטמבר 1944, מעט פחות מחודש מתחילת המערכה, בוצעה החבירה בין כוחות הארמייה ה- 7 של פאץ' שהתקדמו מדרום צרפת לארמיה ה- 3 של פאטון שהגיעה מנורמנדי. עם התרחשות אירוע זה (ועל פי המתוכנן) עברו כוחות הארמיה ה- 7 מפיקודו של מפקד זירת המזרח-התיכון והים התיכון, מייטלנד ווילסון לפיקודו של מפקד חיל המשלוח של בעלות הברית באירופה הגנרל ד. ד. אייזנהאואר. הארמייה הצרפתית ה- 1 של גנרל דה-טאסיני, שעמדה למרותו של דה-גול, קיבלה סוף-סוף, ב- 25 לספטמבר, הכרה רשמית כארמייה עצמאית וקבלה גזרת פעולה משלה. בעלות הברית יצרו למעשה קבוצת ארמיות חדשה (בנוסף ל- 21 של מונטגומרי וה- 15 של ברדלי) ה- 6 של גנרל דווארס (Jacob L. Devers) שכללה כעת את הארמיות ה- 7 האמריקאית (12 דיביזיות) וה- 1 הצרפתית (15 דיביזיות).
עם חזרתו של דוד מרכוס לוושינגטון הוא זכה להערכה רבה מחבריו בפנטגון כקצין בכיר שזכה לשהות בשדות הקרב באירופה במסגרת מערכת נורמנדי. בתחילת יולי הוא התבקש להרצות בפני פורום פנימי של קציני המטכ"ל ומשרד ההגנה בפנטגון על רשמיו ממסעו לאירופה. להרצאתו היה ביקוש כה רב שיצאה פקודה מפורשת להשאיר תורנים במחלקות השונות בעת ההרצאה.[48]בסקירתו ציין מרכוס כי על פי ממצאיו, ממשלת צרפת של דה-גול הכינה תכנית של אישים ראויים כמושלי מחוזות (פרפקטים של הרפובליקה) וראשי ערים מקרב היסודות שלא שיתפו פעולה עם ממשלת וישי. אמנם צרפת הייתה במצב כלכלי גרוע לאחר 4 שנות המלחמה, ההרס ואבדן כוח האדם אולם הסיוע האמריקאי במסגרת תכנית "החכר והשאל" שתואם ע"י מרכוס הוערך כמספיק על מנת לאפשר לממשלת דה גול להחזיר את השלטון ברחבי המדינה והמצב נראה מבטיח הרבה יותר מאשר באיטליה.
ב- 6 ביולי 1944 הגיע דה גול לביקור בן כמה ימים בוושינגטון לאחר פנייתו של בדל-סמיט. במסגרת זו קיים פגישות מספר עם הנשיא רוזוולט ועם בכירי הממשל האמריקאי בהן הובטחה סופית תמיכתו של רוזוולט (שהוכן הייטב ע"י הצמד הילדרינג-מרכוס) בדה גול ונסללה הדרך לסיוע אמריקאי למנהל הצרפתי בשטחים המשוחררים, כל זאת עם הזהירות הנדרשת במגעים עם הרוסים עקב תמיכתו של סטלין במפלגה הקומוניסטית הצרפתית ששאפה גם היא לשלטון.[49]
על השתתפותו של מרכוס במערכת נורמנדי הוענק לו עיטור כוכב הארד הקרבי לענידה על אות המערכה באירופה אפריקה והמזה"ת.

שיחות דמברטון-אוקס – הקמת ארגון האו"ם

במחצית השנייה של שנת 1944 נראה היה שגרמניה עומדת בפני תבוסה עד סוף השנה. צרפת כולה נכבשה בתוך ששה שבועות, פריז שוחררה בשלהי חודש אוגוסט, רומניה עברה גם היא לצד בעלות הברית באותה עת וצבאות בעלות הברית נערכו בשערי גרמניה. בחזית האיטלקית נפרץ "קו גוסטב", נכבשה מונטה-קסינו ורומא שוחררה בחודש יוני, כאשר צבאות בעלות הברית המשיכו בתנועתם צפונה לעבר עמק הפו ו"הקו הגותי". הניצחון הגדול ביותר הושג בחזית המזרחית עת הצבא הסובייטי כבש במערכת בזק (מבצע "בגרטיון") את כל בילורוסיה, השמיד את קבוצת-הארמיות-מרכז הגרמנית ונעצר במבואות ורשה.
על רקע זה החלה ארה"ב, בניצוחו של הנשיא רוזוולט, לפעול לקביעת הסדר העולמי שלאחר המלחמה. הרעיון היה שארגון דומה לחבר הלאומים יוקם שוב כאשר המעצמות הגדולות: ארה"ב, ברה"מ, בריטניה וסין יהוו מועצה עליונה בארגון החדש בו תהיינה חברות מרבית מדינות העולם, אם לא כולן. להשגת מטרה זו צריך היה לנסח הסכם בינלאומי עם אמנה תואמת אשר המדינות תתחייבנה אליהן. בשלהי חודש אוגוסט 1944 החלה סדרת שיחות בינ"ל באחוזת דמברטון-אוקס (Dumbarton Oaks) שבוושינגטון הבירה להקמת ארגון זה שהפך לימים לארגון האומות המאוחדות – האו"ם.
הייתה זו יוזמה שאפתנית ביותר בה היה צורך לתכנן הסכם מורכב מאד בעל מכנה משותף לכל אומות העולם לצורך השכנת שלום וביטחון בעולם שלאחר המלחמה. אולם מיד צצו בעיות רבות בשל קונפליקטים בין המעצמות; למשל ברה"מ לא רצתה לשבת לאותו השולחן עם סין של צ'אן-קאי-שק בשל תמיכתה בתנועה הקומוניסטית הסינית של מאו-טסה-טונג. על רקע זה יש גם לראות את הזהירות האמריקאית בתמיכה בדה-גול אל מול המפלגה הקומוניסטית הצרפתית במגמה להביא את הרוסים לשולחן המו"ם בוושינגטון. דוד מרכוס נקרא אל הדגל ומונה למזכיר הכללי של שיחות דמברטון-אוקס.
מרכוס הציע מיד לחלק את השיחות לשני שלבים כאשר בשלב הראשון יפגשו הנציגים האמריקאים, הבריטים והרוסים ובשלב השני האמריקאים הבריטים והסינים. כך שהרוסים והסינים לא ישבו יחד. הצעתו התקבלה ואכן בין ה- 21 לאוגוסט ל- 28 לספטמבר התקיימו השיחות בין המשלחת האמריקאית בראשותו הרשמית שר החוץ קורדל האל אשר עקב בריאותו הרופפת העביר בעצם את ניהול השיחות למשנהו אדוארד סטטיניוס (Stettinius), למשלחת הרוסית בראשות שגריר ברה"ם בארה"ב אנדריי גרומיקו למשלחת הבריטית בראשות שגריר בריטניה בארה"ב, הלורד האליפקס. ואילו עם הסינים בראשות שגריר סין בארה"ב וולינגטון קו (Koo) התקיימו השיחות באותו מקום בין ה- 29 לספטמבר ל- 7 באוקטובר.[50]המזכירות הכללית של השיחות, בראשותו של מרכוס, הפכה למוקד אשר ריכז את תוצאות השיחות בשני השלבים עיבדה את החומר שתועד וניסחה את הסיכומים.
עקב מחלתו של שר החוץ ובריאותו הרופפת של הילדרינג, יצא שהניהול המעשי של שיחות דמברטון-אוקס היו בידי תת-שר החוץ (שגם החליף את הול כשר החוץ בדצמבר) ובידי מרכוס. בסיום השיחות הצליח מרכוס לנסח אמנה שהייתה מוסכמת על כל הצדדים מלבד בשני סעיפים: סדר ההצבעה במועצת הביטחון ודרישתה של ברה"מ לכלול את כל 16 החברות (המועצות) של מדינתם כבעלות זכות הצבעה בעצרת הכללית. נושאים אלו הצריכו המשך מו"ם ונקבעו למעשה בועידת יאלטה. אמנה זו, שנוסחה ע"י מרכוס, הפכה לאמנת היסוד של האו"ם שנה אחר-כך, בועידת סן פרנסיסקו בשנת 1945. על מעורבתו של מרכוס, אשר עמד בראש מזכירות השיחות ותרומתו להצלחת השיחות תוך התחשבות ברגישויות הלאומיות למיניהן, קיבל מכתב הערכה מסטטיניוס לאמור: "ברצוני שתדע עד כמה אני מעריך את עזרתך במהלך השיחות לביטחון העולם בדמברטון-אוקס. הארגון היעיל ושיתוף הפעולה המעולה של המזכירות הוו תרומה חשובה להצלחת השיחות. רב תודות ואיחולים לבביים".[51]
ועידת "אוקטגון" (קוויבק 1944) ושאלת כיבוש גרמניה
במקביל לפעילותו של מרכוס בשיחות דמברטון-אוקס הוא עסק בהכנות לועידת "אוקטגון" שהחלה בקוויבק שבקנדה ב- 15 לספטמבר 1944, בהשתתפות נשיא ארה"ב רוזוולט, ראש ממשלת בריטניה צ'רצ'יל וראש ממשלת קנדה מקנזי קינג ומטותיהם. ועידה זו הייתה מצומצמת יחסית ועסקה בנושאים הקשורים לסיום מלחמת העולם השנייה. בעיקר דובר בה על האסטרטגיה בזירות האוקיינוס השקט ודרום-מזרח אסיה. כייצד מעבירים את המאמץ העיקרי מאירופה למלחמה כנגד יפן לאחר הבסת גרמניה ובעיקר שילובו של הצי הבריטי במערכה באוקיינוס השקט. יומיים לפני התכנסות הועידה כבר חצתה דיביזיית השריון ה- 3 של צבא ארה"ב בפיקודו של הגנרל היהודי מוריס רוז את גבול גרמניה והבקיעה את "קו זיגפריד" (לראשונה מאז נפוליון שכוח זר פלש לאדמת גרמניה).[52] לא ניתן היה לדחות יותר את ההחלטה הסופית לגבי מדיניות השליטה בשטחי גרמניה הכבושים. כך שנושא זה הפך לדחוף וגם הוא, הובא להכרעה בועידת "אוקטגון" בקדימות עליונה. 
מרכוס עסק בתכנון הממשל הצבאי של גרמניה הכבושה מאז היכנסו לתפקיד תוך התחשבות בהנחת היסוד שיצאה כהנחייה מועידת קזבלקה בינואר 1943 בדבר הדרישה הנחרצת ממדינות הציר של כניעה ללא תנאי. כבר ראינו כייצד דרישה זו השפיעה על הכניעה האיטלקית וכיצד הוסרה מעל הפרק כאשר השלטונות האיטלקיים הודיעו על הצטרפות לבעלות הברית והכריזו מלחמה על גרמניה. כך שגם במקרה האיטלקי ועוד יותר במקרה של צרפת ההתיחסות לשטחי מדינות אלו הייתה כאל שטחים משוחררים שבהם הועבר הממשל לידי השלטונות הלאומיים מוקדם ככל האפשר, באיטליה, בפברואר 1944 ובצרפת (לא מעט ביוזמה צרפתית) כבר באוגוסט, כחודש לאחר הנחיתה בנורמנדי. רומניה, כאמור, פרשה מהסכמי הציר והצטרפה לבעלות הברית תוך הכרזת מלחמה על גרמניה ב- 23 לאוגוסט 1944 ופינלנד חודש אחר כך – בספטמבר, לכן גם הן הפכו לשטחים משוחררים. אמנם צריך היה לסייע לממשלות איטליה וצרפת בנדיבות רבה מהתקציב האמריקאי על מנת לשקם את מערכות השלטון במדינות אלו, אבל הנושא ניתן היה לביצוע במסגרת הסכמי "החכר והשאל" ובלא צורך (כמעט) להשקיע קציני צבא אמריקאים בתהליך.
לגבי גרמניה תכנן מרכוס את השליטה בשטחיה הכבושים תוך הדגשה שהפעם מדובר בכניעה ללא תנאי הלכה למעשה והגדיר את שטחיה כשטחים כבושים ולא משוחררים. המשמעות לצבאות בעלות הברית הייתה ברורה: במקרה זה יש להחיל ממשל צבאי המאוייש בקצינים של בעלות הברית בכל השטח שייכבש ולזמן ממושך. חשיבות הכרעת הנושא בועידה הייתה כה רבה שמרכוס צורף לצוות הקצינים המצומצם (37 בסה"כ) שנסעו לקוויבק. ובסיום הועידה, החלטותיה, שהיו מסווגות ביותר, הועברו מיידית לששה בעלי תפקידים בלבד: אדמירל ליהי, יו"ר המטות המשולבים; גנרל מרשל, הרמטכ"ל; אדמירל קינג, ראש מבצעי הצי; גנרל ארנולד, מפקד חיל-האוויר, גנרל הנדי, סגן הרמטכ"ל ודוד מרכוס.[53]
צ'רצ'יל מספר בזכרונותיו שהופתע כאשר הגיע לועידה ופגש שם את שר האוצר האמריקאי הנרי מורגנטאו. רוזוולט הביא אתו את ידידו זה (היהודי) בשל תוכנית שהגה האחרון וזכתה לכינוי "תוכנית מורגנטאו" לפיה צריך היה "להחזיר את גרמניה לתקופת האבן" או באופן מעשי להוריד באופן משמעותי את רמת החיים של אזרחי גרמניה עד למינימום ולחסל את התשתית הכלכלית-תעשייתית הגרמנית על מנת שלא תוכל ליזום שוב מלחמה בעתיד. התוכנית נדונה בהרחבה במסגרת תוכנית מדיניות בעלות הברית בשטחי גרמניה הכבושים ולאחר ויכוחים רבים, בין מורגנטאו, לסטימססון, שר ההגנה ושר החוץ האל, התוכנית לא התקבלה. בסיכום הועידה ניסח מרכוס הנחיית פשרה צבאית בלבד, בת חמש נקודות, שהייתה מקובלת על שלושת השרים ומנהיגי בעלות הברית ויצאה מטעם ראשי המטות המאוחדים (של שתי המדינות) לאייזנהואר, המפקד העליון של חיל-המשלוח באירופה לאמור:

ביטול המפלגה הנאצית.
פירוק החימוש של גרמניה.
שליטה בתקשורת, בעתונות, בתעמולה ובחינוך.
סיוע בשיקום מדינות אחרות במערב אירופה (שירצו בכך), כמו בלגיה, לוקסמבורג והולנד.
פירוק מערכת השלטון הגרמנית.
אל המסמך התלוותה מפה (אותה הביאו הבריטים לאחר השיחות עם סטלין במוסקבה) שסימנה את תכנון גבולות הגזרה של השטח הכבוש בגרמניה שכללה 3 שטחי כיבוש: הרוסי – במזרח, הבריטי בצפון-מערב והאמריקאי בדרום-מערב.
מסמך זה שימש בהמשך את מפקדת חיל-המשלוח של בעלות הברית בזירה האירופית כהנחיות ביצוע כאשר תכננו את מבצע "אקליפס" – כיבוש גרמניה, וביצועו בפועל.[54]
שנת 1944 הייתה שנה רבת פעילות והישגים עבור אגף תיאום-הפעולות-בשטחים במשרד ההגנה האמריקאי בכלל ועבור דוד מרכוס כמתכנן הראשי וממלא-המקום הקבוע של ראש האגף בפרט. ניכר הדבר בתפקיד אותו מילא בניסוח הסכמי הכניעה של איטליה והעברת השלטון בשטחיה המשוחררים לממשלתה, בפעילותו היצירתית ומלאת ההשראה בפלישה לצרפת תוך סלילת הדרך להעברה מהירה של השליטה בשטחי צרפת במשוחררים לממשלת דה-גול, בשיחות דמברטון-אוקס ששימשו כתשתית להקמת ארגון האומות המאוחדות ולבסוף בועידת "אוקטגון" ממנה יצאו ההנחיות למדיניות הכיבוש בשטחי גרמניה. ואכן, בסוף השנה, שלח לו מפקדו, גנרל הילדרינג, מכתב הערכה המודה לו על פעילותו לאמור:
"חג המולד של 1944 מוצא אותנו בשיא הגאות של מאמצנו המשותף במלחמה הגדולה בהיסטוריה. במשך למעלה משנה וחצי התמודד אגף זה עם אתגרים מתמשכים: קביעת המסגרת למנהל אזרחי ותכנון ממשל צבאי בהיקף חסר תקדים, הן בשטח והן במורכבות. הרתמותך הרצינית ומחויבותך הטוטלית למשימות אתן נאלצת להתמודד תוך סבלנות רבה לפרטי השגרה היום-יומית שאיפיינו את עבודת האגף, מהווים מקור לסיפוק רב עבורי.
שנת 1944 הייתה שנה רבת הישגים בתחום המנהל האזרחי. ברצוני להביע בפניך את תודתי העמוקה על חלקך הניכר בהישגים אלו ולאחל לך את מיטב האיחולים לשנה החדשה".[55]
בראשית שנת 1945 צריך היה מרכוס להתכונן לועידת "שלושת הגדולים" ביאלטה שתוכננה לחודש פברואר. בועידה זו צריך היה לסגור את כל ה"קצוות" שנשארו פתוחים לאחר שיחות דמברטון-אוקס וועידת "אוקטגון". בעיקרו של דבר, שרטוט סופי של מפת אירופה לאחר המלחמה תוך חלוקת אזורי ההשפעה של המעצמות הגדולות במרחבה וארגון הסדר העולמי שלאחריה. מרכוס התמקד בנקודות שהצריכו הבהרה בהקשר השטחים הכבושים של גרמניה על מנת לנסח מדיניות ממשל סופית ומוסכמת על כל הצדדים. ואכן הניסוח הסופי שיצא מועידת יאלטה ואשר למרכוס הייתה יד בעריכתו, הושפעה לא מעט מתוכנית מורגנטאו (שנגנזה) וההצהרה בסיום הועידה פורסמה תחת הכותרת - חיסול המיליטריזם הגרמני:
פירוק הנשק ויחידות הצבא הגרמני.
ביטול לתמיד של המטה-הכללי הגרמני.
איסוף או השמדת כל אמצעי הלחימה של גרמניה.
העמדה לדין מהירה של כל פושעי המלחמה.
שיקום ארצות אירופה שנהרסו בעקבות המלחמה שיזמה גרמניה. במוסקבה תוקם ועדה של בעלות הברית אשר תקבע את הפיצוי הגרמני במצרכים ובכוח עבודה.
מחיקת המפלגה הנאצית, על כל גרורותיה והשפעתה של המיליטריזם הנאצי.
כמו כן הודיעו שלושת הגדולים שהם שומרים לעצמם את הזכות להחליט על צעדים נוספים בגרמניה וכנגדה שיבטיחו את השלום והביטחון בעולם. עם פרסום החלטות הועידה שבבסיסן כניעה ללא תנאי, פורסם תכנון המנגנון שיבטיח את הביצוע:
אזורי כיבוש נפרדים לשלושת הצבאות, ברה"מ, ארה"ב ובריטניה ואזור כיבוש רביעי לצרפת באם תסכים לכך.תוקם ועדה מרכזית בברלין על מנת לנסח מדיניות מוסכמת ואשר חבריה יהיו נציגים של ארה"ב, בריטניה, ברה"מ וצרפת.
אזרחי גרמניה יוכלו לחיות את חייהם בשלווה רק כאשר יעלמו לחלוטין הנאציזם והמיליטריזם הגרמני. או במילים אחרות: גרמניה הנאצית נדונה לכלייה.
בשלושת החודשים שלאחר ועידת יאלטה ועד לסיום המלחמה באירופה, עסוק היה מרכוס בתכנון כולל של מנגנון הכיבוש והממשל הצבאי בשטח-הכיבוש האמריקאי של גרמניה בפרט וכן בניסוח תנאי הכניעה של גרמניה הנאצית.
ב- 17 למאי 1945, תשעה ימים לאחר החתימה על הסכמי הכניעה של גרמניה הנאצית, ולאחר כשנתיים בתפקיד במהלכה של מלחמת עולם, סיים דוד מרכוס את תפקידו כרמ"ח תכנון של אגף תיאום-הפעולות-בשטחים והועבר למפקדת הממשל הצבאי האמריקאי בגרמניה. עם סיום תפקידו מצא לנכון בריגדיר גנרל א. מקפרלנד (McFarland), מזכיר ועדת המטות המשולבים (JCS) לשלוח לו מכתב תודה והערכה לאמור: "...היה זה תענוג עבורי לעבוד אתך, וכן משתלם ביותר, כיוון שתמיד מצאת פתרון לכל בעיה שהפניתי אליך. אני מקווה שתהנה בתפקידך החדש. הממשל הצבאי האמריקאי הינו בר-מזל שתמנה על סגל אנשיו. מאחל לך מיטב האיחולים, גם באופן אישי".[56]
על פועלו של מרכוס, כרמ"ח תכנון של אגף המתפ"ש, הוענק לו עיטור-השירות-המצויין ((Distinguish Service Medal. עיטור המוענק למשרתים בתפקידים בכירים בכוחות המזויינים של ארה"ב ופעלו באופן יוצא דופן, מעל ומעבר לנדרש במסגרת מילוי תפקידם ואשר תוצאות מעשיהם תרמו באופן ישיר ומשמעותי להישגי הכוחות המזויינים של ארה"ב. בעיטור שהוענק למרכוס נכתב:

"אל"מ דויד מרכוס, אשר שרת כראש ענף ממשל וראש מחלקת תכנון מזכיר כללי של הממשל הצבאי האמריקאי בגרמניה.
מעולם לא התנסתה אף אחת ממדינות בעלות-הברית בממשל צבאי בשטח כבוש שצריך להתבצע ע"י 4 מדינות, בעלות מאפיינים שונים זו מזו כמו ברה"מ, ארה"ב, בריטניה וצרפת על מדינה מובסת בעלת מספר אוכלוסין רב כמו גרמניה. הייתה זו התנסות ראשונה על מדינה שאזרחיה במצב כלכלי איום ובמוראל המצוי בשפל המדרגה לאחר התבוסה.
לצורך אכיפת הממשל הצבאי של בעלות הברית בגרמניה הוקמה ועדת תיאום עליונה שהורכבה מנציגי ארבעת המעצמות ואשר הוקם לה מטה בן 12 חטיבות שהיה זהה בארבעת אזורי הכיבוש ונועד לדאוג לכך שתהיה מדיניות ממשל אחידה וקריטריונים זהים עבור כל האזרחים הגרמניים בכל אחד מאזורי הכיבוש. חטיבות אלו היו: יבשה, אוויר, ים, שיקום ופיצויים, כלכלה, כספים, פוליטיקה, חוק ומשפט, כוח עבודה, תחבורה וענייני פנים ותקשורת שהייתה למעשה החטיבה המשמעותית ביותר.
אחד התפקידים בהם עסק מרכוס עוד בתפקידו הקודם היה להקים בחשאיות יחידת ממשל צבאי אמריקאית שכונתה Control Council Group ואשר כללה את 12 החטיבות הנ"ל ואשר קיבלה את האחריות על שטח הכיבוש האמריקאי בגרמניה מייד לאחר הכניעה.
עם העברתו של מרכוס לגרמניה הוא מונה לסגן הרח"ט לענייני פנים ותקשורת, חטיבה בפיקוד גנרל חיל-האוויר אוליבר אקהולס (Echols), שהייתה אחראית על כל נושאי משרד הפנים והתקשורת ובכלל זה העיריות והמועצות המקומיות, החינוך וההסברה, העתונות והתקשורת המשודרת וכן הטלפוניה והתקשורת האלחותית. פחות מחודשיים הספיק מרכוס לכהן בתפקיד זה כי הוא מייד נשלף (לאור נסיונו בועידות טהרן, קוויבק ויאלטה) לסייע בהכנת ועידת פוטסדם ולנסח את החלטות הועידה בה השתתפו צ'רצ'יל (שכבר הוחלף למעשה ע"י אטלי לאחר הבחירות בבריטניה), סטלין והנשיא החדש של ארה"ב טרומן. ב- 1 לאוגוסט 1945 פורסמו הנקודות העיקריות שהוחלטו בועידה ע"י מנהיגי המעצמות (ומרכוס סייע בניסוחן):
הוקמה ועדת שרי חוץ לנסח את חוזי השלום שלאחר המלחמה.
ממשלת ספרד של פרנקו מנועה מלהיות חברה באו"ם.
יש להעלים את המיליטריזם הגרמני בלא פגיעה באזרחי גרמניה.
פיצויים ישולמו ע"י הגרמנים באמצעות העברת נכסים ולא תשלום במזומן.
הגבולות הזמניים של פולין נקבעו ולתקשורת המערבית תהיה אפשרות לבקר בפולין ולדווח מתוך שטחה של המדינה.
אושרה הכוונה להעמיד לדין את כל פושעי המלחמה מהר ככל האפשר. 
בהצהרה הרשמית לא הוזכר שיתופה של ברה"מ במלחמה נגד יפן אף על פי שסטלין הבטיח בעל-פה שהצבא הרוסי מתחייב לתקוף את יפן שלושה חודשים מיום כניעתה של גרמניה.
ניתן לראות בהצהרת פוטסדם סגנון הרבה יותר מרוכך מאשר ביאלטה שהושפע כנראה מאנחת הרווחה שבאה בעקבות סיום המלחמה באירופה והשאיפה הכללית לשקם את מדינות היבשת ולחזור לשיגרה במהירות האפשרית תוך קטיפת מקסימום פירות מהניצחון.
כבר במהלך עיסוקו בועידת פוטסדם הועבר מרכוס מתפקידו בחטיבה לענייני פנים ומונה לעוזרו של גנרל לוסיוס קליי (Clay) המושל הצבאי של אזור הכיבוש האמריקאי בגרמניה ובתפקיד זה הוא כיהן גם כן כחודש וחצי כאשר מונה ע"י קליי במהלך חודש ספטמבר למזכיר הכללי של הממשל הצבאי באזור הכיבוש האמריקאי. תפקיד שבמסגרתו תיאם את עבודת כל אגפי המטה של הממשל בכפיפות ישירה לראש מטה הממשל. ניתן אולי להשוות תפקיד זה לתפקידו של מזכיר הממשלה במדינה מודרנית. בתפקיד זה פעל רבות לארגון הממשל הצבאי על אגפיו וזרועותיו ובטיפוח הקשרים עם אזורי הכיבוש האחרים, בעיקר הבריטי והרוסי.
מרכוס שרת בממשל הצבאי בגרמניה במשך עשרת החודשים האינטנסיביים הראשונים של הקמת הממשל הצבאי והשליטה הלכה למעשה במדינה מובסת והרוסה, בתקופה קשה ביותר ומאתגרת. בחודש פברואר 1946 הוחזר מרכוס למטכ"ל בוושינגטון ומונה לראש מחלקת פשעי מלחמה. על התקופה בה שרת בממשל הצבאי בגרמניה אנו יכולים ללמוד ראשית ממכתב התודה וההערכה שקיבל ממפקדו הישיר, גנרל אקהולס, שמונה בינתיים לסגנו של קליי:[58]"...ברצוני להביע בפניך את הערכתי ולציין לשבח את עבודתך היוצאת מהכלל בתקופה ששרתת תחת פיקודי הישיר בין ה- 1 למאי 1945 ל- 1 לנובמבר 1945. במהלך תקופה זו ....עבודתך הייתה בעלת איכויות יוצאות דופן. היוזמה, האנרגטיות והלויאליות שהופגנה על-ידך בתקופה זו, בשילוב נסיונך בענייני ממשל צבאי, ושיקול דעתך הפכו את שירותיך עבורי לחסר תחליף. ברצוני לציין בפניך במיוחד את פועלך בבחירת הבניין ששימש למפקדת הממשל הצבאי בברלין וארגון ופיקוח על המנגנון המנהלי בברלין תוך תיאום המנהלות השונות של רשויות הממשל של בעלות הברית בתקופה הראשונית והקשה של הקמת הממשל הצבאי. הנך רשאי לענוד את הציון לשבח (הצל"ש) שהוענק לך באישור שר ההגנה על שרותך הנ"ל".[59]
לאות הערכה על תקופת שירותו תחת אקהולס הוענק לדוד מרכוס, בנוסף לצל"ש, עיטור כוכב הארד (Bronze Star). עיטור זה שנוסד רק בחודש פברואר 1944 הוענק בדרך כלל על מעשי גבורה מופתיים בשדה הקרב, כפי שקיבל מרכוס עצמו במערכת נורמנדי. רק לעיתים נדירות הוא הוענק על הישגים מופתיים במסגרת הצבא שלא לנוכח פני האויב ורק כאשר מדובר בהישגים חריגים ויוצאי דופן ביותר. בכתב העיטור שהוענק למרכוס נאמר: "לאל"מ דויד מרכוס 0235897 ממטה הממשל הצבאי האמריקאי בגרמניה מוענק עיטור זה על שירות ראוי לשבח במבצעים צבאיים הקשורים לענייני פנים ותקשורת בשרתו כסגן הרח"ט לענייני פנים ותקשורת וכעוזר לסגן המושל הצבאי האמריקאי, בתקופה שבין ה- 24 למאי ל- 1 לספטמבר 1945. בתקופה זו גילה הקצין מנהיגות למופת תוך הנחייה ותיאום תוכניות ומדיניות שאיפשרו את פעילות הממשל הצבאי באזור הכיבוש האמריקאי ובמיוחד באותם הנושאים שנגעו לענייני פנים ותקשורת. הידע שלו, היענותו ושיקול דעתו, יכולתו האנרגטית להתמיד בעשייה זמן ממושך במילוי כל משימה שהוטלה עליו משקפת את הרמה הגבוהה של שירותו הצבאי".[60]
בחודש נובמבר 1945, זמן קצר לאחר שהחל לכהן כמזכיר הכללי של הממשל הצבאי, הכיר גנרל קליי[61] במעלותיו של מרכוס ובערכו בתפקידו והמליץ עליו לקידום לדרגת בריגדיר גנרל (תת-אלוף). ההמלצה להעלאה בדרגה אותה כתב משקפת היטב את ההערכה לה זכה מרכוס בעת מילוי תפקידו בממשל הצבאי בגרמניה:"
מומלץ שקולונל דויד מרכוס המשמש כמזכיר הכללי של הממשל הצבאי בגרמניה יקודם לדרגת בריגדיר-גנרל. אל"מ מרכוס הינו בן 44 ונמצא בשירות פעיל מאז 14 לאוקטובר 1940. הקצין קודם לדרגת אל"מ ב- 26 ביולי 1943. סעיפים 4 – 6 מתארים את כל התפקידים בהם כיהן וסיים בהצלחה עד הצבתו לזירה האירופית. סעיף 6 מתאר את ההערכה שקיבל מרכוס בכל אחד מתפקידיו כולל אלו בממשל הצבאי בגרמניה שמסתכמים במלים – Performance: Superior. הדרגה היחסית המוצעת נשקלה היטב ולמיטב ידיעתי ואמונתי, מרכוס הינו הקצין המתאים ביותר בפיקוד זה לקידום לדרגה המומלצת. כמזכיר כללי של הממשל הצבאי האמריקאי בגרמניה כפוף אל"מ מרכוס לראש המטה ונושא בתפקיד בעל חשיבות עליונה של פיקוח ותיאום בין מטות בעלות הברית למטה הממשל הצבאי האמריקאי ווידוא ביצוע כל ההנחיות הפיקודיות על עבודת המטה הכרוכה בכך למילוי יעיל של הפקודות והצווים היוצאים ממפקדת הממשל הצבאי. בביצוע תפקידים אלו, גילה אל"מ מרכוס יכולות מהמעלה הראשונה תוך הפגנת תכונות של יוזמה, שיקול דעת, וטקט. לפי דעתי הוא הראה בפירוש את התאמתו והכשרתו המלאה לקידום לדרגת בריגדיר-גנרל."[62]

בנוסף לכך החליטו הבריטים, בסוף תקופת שירותו באירופה, להעניק לדוד מרכוס את העיטור מפקד במסדר האימפריה הבריטית  CBE - Commander of the Most Excellent Order of the British Empire כתגמול על שירותו לקידום היחסים הבילטרליים בין בעלות הברית. האות הוענק לדויד מרכוס ב- 22 לדצמבר 1945[63] ובכתב העיטור נאמר: "בשנת 1943 מונה אל"מ מרכוס למתכנן הראשי של אגף תיאום-הפעולות-בשטחים במשרד המלחמה האמריקאי. עבודת המטה שלו בתחום התכנון המשותף של הממשל הצבאי, מרגע שהנושא עלה, התאפיינה בשיתוף-פעולה וראיה מפוקחת אשר סללו את הדרך להבנות והסכמים אנגלו-אמריקאיים בנושאים רבים".
רמ"ח פשעי מלחמה
ב- 20 לפברואר 1946 מונה דויד מרכוס לראש מחלקת פשעי מלחמה באגף המתפ"ש בו שרת כמתכנן ראשי לפני העברתו לגרמניה. על אף שמשפטי נירנברג החלו כבר בשלהי שנת 1945, ונקבעה ועדה מיוחדת לדון בפשעי המלחמה במסגרת חיל המשלוח האירופאי תחת פיקודו של אייזנהואר, היה זה תחום חדש שאף מדינה לא התנסתה בו קודם ובכלל זה משרד המלחמה האמריקאי. מהר מאד הסתבר שהנושא מורכב יותר משחשבו והוחלט למסד את הנושא תוך ארגון תואם במשרד המלחמה. הוחלט שהעוסקים בעניין יהיו הפצ"ר של צבא ארה"ב ואגף המתפ"ש. אלא שכמתואר בפרקים הקודמים המתפ"ש לא היה ערוך לטפל בתחום זה על אף החלטות יאלטה ופוטסדאם. יתרה מכך, בראשית שנת 1946, סיים גנרל הילדרינג את תפקידו כראש האגף ובמקומו מונה גנרל אקהולס, מפקדו של מרכוס בגרמניה. עם החלטת משרד המלחמה להטיל על המתפ"ש את העיסוק בנושא פשעי המלחמה ומינויו של אקהולס, הסתבר לאחרון שנושא הממשל הצבאי הופך להיות משני כיוון שהן זה בגרמניה והן זה ביפן כבר אורגנו ופועלים מבחינה עקרונית כך שלמשרד המלחמה בוושינגטון לא נשאר לתרום הרבה בתחום. לעומת זאת הנושא ה"חם" והחדש של פשעי המלחמה קיבל חשיבות עליונה ואין לו תקדים שניתן יהיה להשען עליו. לכן, מיד ביקש אקהולס, להעביר אליו את מרכוס שהיה כאמור ד"ר למשפטים, ראש השב"ס של ניו-יורק (ולכן בעל נסיון בטיפול בפושעים) וממנסחי החלטות ועידות טהרן, יאלטה ופוטסדם. וכך מרכוס מונה לעמוד בראש המחלקה החדשה של פשעי המלחמה כאשר נעשתה חלוקה בין תפקידיו לתפקידי הפצ"ר לאמור: ענישת פושעי מלחמה תהיה באחריות אגף כוח-אדם במטכ"ל (G-1). אחראי על כל עבודת המטה בתחום יהיה סגן ראש אכ"א. ראש אגף המתפ"ש יהיה קצין המטה המקצועי של שר המלחמה בתחום ויעסוק בכל נושאי עיצוב המדיניות, התכנון, התיאום והביצוע מלבד אלו שבאחריות הפצ"ר אשר כללו: מעצר, הגשת כתבי אישום, העמדה למשפט וענישת הפושעים. נקבע שיועמדו לדין כפושעי מלחמה כל מי שביצע פשעים נגד חיילי צבא ארה"ב או אזרחים אמריקאים באשר הם ובכלל זה תושבי שטחים בשליטת ארה"ב וכן פשעים שנעשו בהקשר למחנות הריכוז בגרמניה ומחנות השבויים ביפן ובשטחים הכבושים בשתי המדינות.[64]
במשך 14 חודש כיהן מרכוס בתפקיד חשוב זה, במהלכו קבע את התורה והנהלים להעמדתם לדין של פושעי מלחמה הן באירופה והן ביפן. בעבודה ראשונית זו נסע עם מפקדו אקהולס לתקופות ממושכות לסין, יפן, קוריאה (בה אף הפך לשופט צבאי עליון של המדינה) ומדינות אירופה – בעיקר גרמניה. הייתה זו תקופה תובענית וקשה תוך התמודדות עם לחץ נפשי לא מבוטל, בעיקר כאשר נחשף מרכוס לפשעי המלחמה הנאציים כנגד העם היהודי. בנוסף למשפטי נירנברג וטוקיו המפורסמים עסק מרכוס בעוד כ- 150 משפטים של פושעים ברמות נמוכות יותר שנשפטו ע"י צבא ארה"ב. 
במהלך כהונתו כרמ"ח פשעי מלחמה התבשר מרכוס שמדינת ניו יורק, מולדתו, העניקה לו את עיטור "צלב השירות המיוחד" (Conspicuous Service Cross). עיטור זה מוענק ע"י מושל מדינת ניו יורק לאזרחי המדינה אשר שירותם בכוחות המזויינים היה בעל ערך בולט וחריג – מעל ומעבר – עבור מדינתם.[65]
בחודש אפריל 1947, החליט דוד מרכוס לפרוש מהצבא. הייתה זו החלטה לא פשוטה כיוון שבחודש יוני 1946, על אף שהחל תהליך השחרור ההמוני מצהא ארה"ב עם סיום מלחמת העולם השנייה, מצא הצבא לנכון להבטיח את המשך שירותו של מרכוס. ב- 28 ליוני 1946 הודיע השליש הראשי של צבא ארה"ב למרכוס כי שר המלחמה, באישור הנשיא, מעביר אותו כאלוף משנה בדרגה קבועה ומלאה לצבא הסדיר, וזאת לאחר ששרת למעשה כקצין מילואים בשירות פעיל במשך המלחמה כולה.
על אף שמרכוס נמנה כבר על הצבא הסדיר, תוך הכרה בכל זכויות דרגתו וכל שנות הותק שלו והוצעה לו, מספר פעמים, דרגת בריגדיר-גנרל - האחרונה, סגן הנספח הצבאי במוסקבה, סירב להצעה, השתחרר משירותו הצבאי וחזר לעסוק במשפטים, כאזרח.[66] מרכוס הועבר רשמית למערך המילואים של צבא ארה"ב בשנת 1947. החלטתו של מרכוס לפרוש נבעה לא מעט בשל סיום המלחמה והערכתו שאין צורך יותר בשירותיו והגיע הזמן לעשות לביתו ולבלות בחברת אשתו אמה, אותה לא ראה תקופות ארוכות במהלך המלחמה.

קולונל סטון מגיע לארץ ישראל
בראשית מלחמת העצמאות, נשלח שלמה שמיר ע"י בן-גוריון לארה"ב למצוא גנרל אמריקאי שיבוא לארץ ויעזור בעיצוב הפיקוד העליון של הצבא המתהווה. עם הגעתו לשם פנה למרכוס, לאחר שהצביעו עליו כאדם שיכול לסייע בנושא, לעזור לו למצוא אישיות כזו. שמיר לא הכיר את עברו של מרכוס ולכן הוא לא חשב שמרכוס הינו האדם שמדינת ישראל מחפשת. הוא התיחס אליו כעוד אלוף משנה שפרש מצבא ארה"ב בסיום המלחמה (כמו אלפים מעמיתיו) אשר אולי יאות לסייע, בהיותו יהודי ששמורה לו פינה חמה בלב לעמו ומורשתו. ואכן מרכוס הסכים. מייד הרים טלפון לגנרל הולנד סמית (Smith) אחד ממפקדי המארינס הנערצים של מלחמת העולם השנייה אשר הביע את הסכמתו. שמיר ומרכוס טסו אליו לקליפורניה לפגישה אך כאשר בדק סמית את מעמדו באם יסע לארץ ישראל, נאמר לו שהוא עלול לאבד את גמלתו, וכמובן שתשובה זו סתמה את הגולל על העסקתו. משלא נמצא גנרל אחר (מחשש לאבדן גימלתם) הסכים מרכוס לבוא בעצמו. כאשר בדק בקרב ידידיו באגף כוח-אדם במטכ"ל, הם אמרו לו אתה יכול לנסוע אבל אל תתבלט יותר מדי. וכך, כברירת מחדל, הגיע בפעם הראשונה לארץ, עוד לפני קום המדינה, בראשית פברואר 1948 תחת שמו המחתרתי מיכאל (מיקי) סטון, ושהה כאן חודשיים, בתחילת אפריל שב לארה"ב.

הנחת היסודות לספרות ההדרכה של צה"ל
בתקופת שהותו הראשונה בארץ סייר מרכוס, לפי בקשת בן-גוריון באזורי הארץ השונים וביקר ביחידות "הגנה" ופלמ"ח, בנוסף לשיחות ממושכות עם בעלי תפקידים מרכזיים כמו ישראל גלילי, יגאל ידין, ורבים אחרים. בין השאר, הוא ביקר בקורס מפקדי המחלקות של ה"הגנה" והקדיש לכך זמן ניכר כמו לשיחות ממושכות עם מפקד הקורס.
קורס מפקדי המחלקות שנפתח ב- 22 בפברואר 1948 במחנה אליהו (מחנה דורה – שזה לא מכבר נעזב ע"י הבריטים) ליד נתניה וששטחי האימונים שלו היו בודי פאליק (נחל פולג) נמשך כחודשיים עד ה- 15 לאפריל 1948 והיה הקורס האחרון תחת פיקוד ה"הגנה". הוא נערך בעיצומם של קרבות מלחמת העצמאות, בתחילת שנת 1948 (ולפיכך קוצר מלכתחילה במשכו לעומת קודמיו ואף נקרא "קורס מקוצר"). ולראשונה פיקד עליו קצין, יוצא הצבא הבריטי – חיים לסקוב.[67]
קורס זה היה גולת הכותרת של מפעלי ההדרכה בתקופת מעבר זו מן ההגנה לצה"ל. מספר חניכיו עלה בהרבה על כל קורס מ"ממים אחר בהגנה. 260 חניכי הקורס התקבצו מכל חטיבות החי"ש החדשות ויחידות הפלמ"ח.
לסקוב ייעד לקורס שלוש מטרות:
לבנות את טיפוס המנהיג הצבאי – הקצין.
לאמן את החניכים לפקד, לאמן ולהוביל מחלקת חיל-רגלים עצמאית וכחלק מפלוגה, בלחימה כנגד אויב לא-סדיר, סדיר-למחצה וסדיר.
לטפח ולשמור על משמעת, סדר, רוח-קרבית ורוח יחידה בקרב אנשי מחלקתו.
עקרונות-יסוד בשיטות העברתו של הקורס היו, בין השאר, חינוכו (של הצוער) על יסוד מגע-פתע וממנו מעבר לפעולות יזומות; השגת טכניקה קרבית ושיטת הדרכה אחידים; ואולם חידושו העיקרי של הקורס היה בתורת ההסתערות, כפי שהתפתחה במלחמת העולם השנייה תוך שילוב התנועה-והאש,[68] בעוד הקורסים שלפניו לימדו עדיין את תפיסת העמדות והתנועה שהייתה אופיינית למלחמת העולם הראשונה; נלחמים מעמדות ויורים ואחר כך קמים ומתחילים לנוע. מרבית הנושאים הללו היו אפוא חדשים לגמרי לחניכים ואף לחלק מהמדריכים. מבחינת חומר תורתי כתוב הם נשענו על מערכי שיעור שהעביר, בשעתו, אורד וינגייט לאנשי פלגות-הלילה בתקופת המרד הערבי ועל חומר שהוברח ע"י מתנדבי היישוב לצבא הבריטי במלחמת העולם השנייה.
קורס המ"מים תרם תרומה איכותית לכל חניך אישית ולצה"ל העתיד לקום בכללו ע"י הקניית יסודות תורתיים, טקטיים וארגוניים. היה זה נדבך קריטי בהכשרת הקצין הזוטר ובמועד שאין מתאים ממנו – כחודש לפני פלישת צבאות ערב. יסודות אלו שימשו בהמשך המלחמה והחניכים אף פעלו נמרצות להפיצם הלאה.[69]
ב- 2 למרץ 1948 הגיש מרכוס לבן-גוריון דו"ח ראשוני לאחר כחודש של סקר כוחות ה"הגנה" שביצע לפי בקשתו. בפגישה זו הוא המליץ להקים מיידית בית-ספר למפקדי גדודים עם קורס מג"דים שיארך 4 שבועות וכבר במחזור הראשון להכשיר 18 מפקדים, כי לא היו בתקופה ההיא מג"דים בכוח העברי שהוכשרו לתפקידם.[70] וזאת כהשלמה לקורס המממ"ים של לסקוב וכנדבך מעליו, וע"י כך למלא פער קריטי בהכשרת הקצונה הישראלית מרמת המ"פ ומעלה, הכשרה שלא קיימת הייתה כלל בארץ בעת ההיא.
לפיקוד על הקורס והעברתו הוא המליץ על עצמו כמפקד ביה"ס והמדריכים: שלמה שמיר, אפרים בן-ארצי, חיים הרצוג ושלום עשת, כולם קצינים, יוצאי הצבא הבריטי. בו במקום אישר בן-גוריון את המלצותיו ומרכוס התיישב לכתוב את מערכי השיעור לקורס תוך כתיבת פרקי יסוד בתורת-הלחימה (תו"ל) ופרקי עבודת המטה (עמ"ט) הדרושים.
ה"הגנה" לא הצליחה להבריח את החומר התורתי שהכין מרכוס בארה"ב למשלוח ארצה והוא נאלץ לכתוב את מרבית החומר בהסתמך על עשרות השנים של נסיונו הצבאי וזכרונו המופלא. את החומר הוא ערך לפי מה שתאם לדעתו את הדרישות המיוחדות של הצבא הישראלי המתהווה. נושאים שאינם מתאימים הוצאו, ואלה שהייתה להם חשיבות מיוחדת לארץ ישראל, כגון לחימת לילה ושיטות של קרב-מגע, הורחבו מאד. קטע מקורי בתכליתבחן את האפשרויות להשתמש בצוותי-קרב משימתיים קטנים, הכוללים שריון, בנגב ובמרחב ירושלים. מטרתו של מרכוס הייתה להכין חומר תורתי שיילמד בביה"ס למפקדי גדודים שעמד לקום.
החיבור כולו נועד למפקדים מדרג הפלוגה ומעלה. נושאו של הספר הראשון היה: עבודת-מטה, ארגון-מטה, נוהל-קרב, כתיבת פקודות, עבודת מטה בשגרה, מנגנון קציני קישור וטכניקה מנהלית. ופתח במלות האזהרה החמורות: "המפקד עצמו הוא האחראי לכל מה שתעשה יחידתו, או לא תעשה. אסור לו להאשים את קציני מטהו או את מפקדי המשנה".
הספר השני הוקדש לתורת הקרב או כפי שמרכוס קרא לו: לשימוש טקטי בפלוגת חי"ר ובגדוד חי"ר, ופרקיו עסקו בהתקפת חי"ר, התקפת לילה והגנה. "מפקד הגדוד, כתב מרכוס, חייב להיות תוקפני ובעל כושר לפעולה מיידית והחלטיות. כשרים אלו נוטעים בקרב פיקודיו תחושה של ביטחון במפקדם, בהתנהגותו האישית האמיצה והנמרצת ומגבשות אווירה נאותה בקרב אנשי המטה כולם.
לפי בקשתו של בן-גוריון הביא מרכוס את הפרקים הראשונים שכתב אל אסתר בכרך, כתבנית מעולה בסניף תל-אביב של בנק אנגלו-פלשתינה. אסתר הייתה אמורה להדפיסם באנגלית ולהעבירם למטכ"ל, לצורך תרגומם לעברית. לא עבר זמן רב ומרכוס ישב בהחבא באחד ממשרדי המנהלים של הבנק כשהוא מוציא מתחת ידיו פרקים נוספים.[71] לאחר ימים מספר שבהם עבדה אסתר בכרך עבודה מאומצת בתפקיד כפול, בהדפסת החומר של מרכוס ובעבודה בבנק, קיבלה איירין ברוזה את תפקיד המזכירה של מרכוס. איירין הייתה קודם עובדת עליית הנוער באירופה ועוזרת אישית לראובן שילוח. מרכוס כתב כ- 900 עמודים ואחר תימצת אותם לכ- 450. עם תרגומם לעברית הם כללו 280 עמודים.[72]אולם ביה"ס למג"דים לא נפתח בשל צוק העתים – המלחמה המתגברת שלא איפשרה הוצאת מפקדים מהיחידות לקורס שתוכנן.
לפני נסיעתו חזרה לארה"ב סיכם מרכוס את התרשמויותיו מהסיורים והפגישות בארץ בתזכיר אותו כתב ב- 25 למרץ 1948 ושלח לדוד בן-גוריון וישראל גלילי בלבד בו הוא משרטט את תפישתו לגבי הדרוש להקמת צה"ל ודמותו של הצבא העתידי (ראה נספח – תזכיר מרכוס).
הכרזת העצמאות ופלישת צבאות ערב – מבניין הכוח להפעלת הכוח
נוסף לנסיונו הצבאי והמנהלי העשיר, ניחן מרכוס באישיות כובשת, מקרינת חום, סמכות ואמון. אף שהיה חניך אסכולה צבאית אמריקאית, הסתגל חיש מהר אל התנאים המשונים, המקצועיים-למחצה שאפיינו את צה"ל בראשית דרכו ואל תכונת האלתור שהחליפה בצה"ל כמה וכמה כללי-יסוד צבאיים בדוקים. במטכ"ל האמינו כי עתה, לאחר הקמת המדינה וצה"ל, עם חזרתו של מרכוס לארץ, יעלה בידו להתגבר על המשימה הבלתי-אפשרית של ליכוד מפקדי הפלמ"ח, ה"הגנה" ויוצאי הצבא הבריטי, לכלל פיקוד אחיד והרמוני, כיוון שהיה מקובל על כולם.
מרכוס, אשר גם בהיותו בארה"ב, המשיך לקיים פגישות תכופות עם נציגי הסוכנות וה"הגנה" שם, ידע שב- 14 למאי 1948 עומד בן-גוריון להכריז על עצמאות המדינה. כך שב- 15 לחודש, עם פלישת צבאות ערב חזר כבר מרכוס לארץ, כפי שהבטיח לבן-גוריון לפני שיצא. עם הגעתו של מרכוס לארץ היה לקצין היחידי שהוכשר והתנסה בעבודת מטה ופיקוד ברמות העליונות ביותר של ניהול המלחמה. למעשה, הקצין היחידי בארץ בעל ניסיון קרבי של פיקוד מעל רמת הגדוד. המטכ"ל צריך היה לנצל נכס זה בתבונה.
עם פלישת צבאות ערב נראה היה כי הבעיה העיקרית הינה המצור שהוטל על ירושלים ע"י הלגיון הירדני ולכן הבקשה הראשונה של בן-גוריון ממרכוס הייתה להגיש הצעה לכיבוש הדרך לירושלים והכפרים סביבו.[73] הוא כבר הכיר את האזור מסיוריו הקודמים אולם לקראת כתיבת ההצעה יצא כדרכו לשטח להפגש עם יצחק רבין מח"ט "הראל" שערוך היה בקטע הציר המזרחי ולביקור בחטיבת "גבעתי" שחלשה על הקטע המערבי. תוך מספר שעות הגיש מסמך כתוב בנושא, לאמור:
דרושים שני גדודים שימוקמו בשטחים השולטים משני עברי המיצר ההררי משער הגיא מזרחה על מנת למנוע החזקת שטח זה בידי האויב.
לאויב יש ארטילריה הכוללת 4 תותחי 75 מ"מ. אנו זקוקים לתותחי-שדה בעלי טווח דומה (65 מ"מ) לצורכי אש נ"ס בלבד. הסיכוי להשיג פגיעה ישירה בתותחי האוייב נמוכים ולכן אין צורך בתותחים כבדים יותר (אש הנ"ס נועדה בעיקר לשיבוש והטרדה והעלאת רוח-הלחימה של כוחותינו).
לקיום רוח הלחימה של כוחותינו, יש לציידם בנשק כבד. אמנם האנשים הם הלוחמים – לא כלי הנשק – יחד עם זאת, ציודם בכלי הנשק יכול לעזור מאד להעלאת המוראל. מומלץ שכל גדוד יקבל 4 מרגמות ו- 4 מטולי נ"ט PIAT.
על מנת לוודא שהכביש ראוי לנסיעה, יש לוודא שהוא לא נהרס, מוכשל או מוקש ע"י האויב. לשם כך יש צורך במחלקת הנדסה על 4 משוריינים.
השיטה המומלצת לקיום שליטה מתמשכת בפתחת הציר ולאורכו מחייבת החזקת פלוגת-מחץ ניידת על גבי רכב אשר תלווה כל שיירה. באם השיירה תותקף, מחלקה אחת תפרוק ותבצע התקפת נגד לעבר האויב. השיירות ינועו בלילה ובאמצעות כלי רכב מהירים בלבד. פלוגת-מחץ נוספת תשמש כעתודה לכוחות הערוכים לאורך הציר".
המסמך של מרכוס הועבר בו בלילה לבן-גוריון יחד עם התוספת: "בזה ההצעה שעבד סטון לפריצת דרך ירושלים לאחר ביקור אצל גבעתי. הוא מבקש להביא התוכנית לידיעתך. מחר עם שחר הוא יוצא לנגב. הערב יהיה ב(מלון) גת-רמון עם תדרשנו".[74] הצעתו התקבלה מיידית ע"י הפיקוד העליון וניתנו הנחיות לישמה בשטח.
הנגב – החולייה החלשה – מרכוס הפתרון
ב- 15 למאי 1948 חצו את הגבול הבינלאומי שבין מצרים לארץ-ישראל יחידות צבא מצריות במסגרת חיל-משלוח שכלל: 3 גדודי חי"ר גדוד סיור עם 24 שריוניות, גד סיוע של מקלעים-כבדים ומרגמות, גדוד תותחי-שדה 25 ליטראות, גונדת תותחי נ"ט 6 ליטראות, גונדת נ"מ קלה 40 מ"מ וסוללת נ"מ 3.7 אינץ'. יחידות קשר, הנדסה, הובלה, סדנא, הספקה, רפואה ושירותים נוספים. בסה"כ כ- 1,500 חיילים סדירים. חיל-המשלוח-המצרי קיבל סיוע ישיר מטייסת מטוסי-קרב "ספיטפייר" שחנתה באל-עריש.
במטכ"ל שררה, בעת ההיא, אי בהירות באשר לכוונות הצבא המצרי, התקדמותו צפונה עוררה את החשש שהוא עלול לפתוח במתקפה נגד ריכוזי האוכלוסייה במרכז הארץ ועקב ניתוקו של הנגב וחולשתה של חטיבת "גבעתי", נראתה דרך-פעולה-אפשרית זו של האויב כאיום ממשי.
ביום הפלישה עמדו לרשות חטיבת "הנגב" שני גדודים מוקטנים, בתקן של 900 איש. ואולם בגדודים אלו לא היו מספיק לוחמים, ואלה שהיו נשחקו בחמשת חודשי הלחימה בערביי הנגב, בעומדם מול לחימתם המשולבת עם מאות המתנדבים מקרב "האחים המוסלמים". החטיבה הקימה את מפקדתה בקיבוץ ניר-עם ואת מחנה האימונים החטיבתי ליד קיבוץ רוחמה. על פי תפישת ההגנה המרחבית, על כל ישוב היה להיערך עצמאית להגנה, ואולם בפועל, אף לא אחד מיישובי הנגב היה ערוך ומצויד להגנה מול צבא סדיר, לרבות התקפה קרקעית, ירי תלול-מסלול והפצצות מן האוויר.[75]
בהיעדר מטה על-חטיבתי, המפקד על כל הכוחות שפעלו בדרום הארץ ובמרחב הנגב, לא ניתן היה לתאם ולרכז מאמץ כדי לבלום את התקדמותו של חיל-המשלוח-המצרי. חטיבת "גבעתי" הייתה כפופה ישירות למטכ"ל וחטיבת "הנגב" הייתה כפופה למטה הפלמ"ח ובאמצעותו למטכ"ל. מצב עניינים זה לא איפשר להפעיל באופן יעיל את הכוחות.
בפיקוד ה"הגנה" ובמטה הפלמ"ח היה ידוע שהכוחות שהוצבו במרחב הנגב אינם יכולים לעמוד, לא במספרם ולא באיכותם, מול משימות הביטחון השוטף, לא כל שכן מול הצבא הסדיר של מצרים שנהנה מעליונות מוחלטת באוויר ובנשק כבד. חטיבת "הנגב" הייתה זקוקה לתגבור של כוחות שלא יהיו רתוקים להגנת הישובים. הוחלט להקים מסגרות לשני גדודים נוספים: גדוד חי"ר וגדוד פשיטה ממוכן.
ערב פלישת הצבא המצרי, כאשר נודע למח"ט "הנגב" נחום שריג על העומד להתרחש, דרש במפגיע הגעתו של נציג הפיקוד העליון לנגב לעמוד על המתרחש ולהתרשם באופן בלתי-אמצעי מהצרכים של הלחימה במרחב זה ("...שיבוא לשם איש מוסמך לדון על הנגב").[76] על רקע זה התבקש מרכוס לרדת לנגב ולהעריך את כושר עמידתה של חט' הנגב ויכולתה המבצעית. הוא הצטרף לפלוגת הפשיטה של ג'יפים קרביים שזה עתה הוקמה בפיקודו של אהרון ספקטור (שעתידה במהרה להיות חלק מגד' הפשיטה הממוכן – 9), הסתנן יחד אתה לנגב הנצור בליל 19/20 לחודש מאי ושהה שם כשבוע ימים.
שיירת הג'יפים, עם מרכוס, עשתה דרכה דרך רחובות ובאר טוביה והגיעה לקיבוץ נגבה לפנות בוקר. כשעלה אור היום התברר שמשאיות חומר-הנפץ (שירדו עם פלוגתו של ספקטור) הועמדו ליד הרפת של הקיבוץ, מקום שהיה נתון לתצפית המצרים ממשטרת עיראק-סוידאן. המצרים מיהרו להזמין סיוע-אוויר-התקפי. עם אור ראשון הופיע מטוס מצרי דו-מנועי והפציץ את נגבה. בתים ורפתות נפגעו קשה בהפצצה. לוחמי פלוגת הפשיטה שעמדו עם הג'יפים ליד תעלות הלחימה, ירו לעבר המפציץ המצרי ומטוסי-קרב שליוו אותו אך לא פגעו בשל חוסר ידע והעדר אימונים מתאימים, דוד מרכוס נזף בספקטור על כך שהעמיד את המשאיות גלויות זו על-יד זו, והורה מייד לפזרן ולהסתירן. מרכוס הבחין, כי היו תקלות רבות בהפעלת מקלעי ה"בזה", והוא אסף את אנשי הפלוגה והסביר להם את הטכניקה של ירי לעבר מטוס התוקף כוח קרקעי. הוא הסביר ללוחמים המופתעים, כי כאשר הם רואים את גחונו של המטוס, מקלעיו כבר אינם מכוונים כלפיהם, וזו ההזדמנות לירות בו ללא חשש. לאחר מכן הוא הראה להם שמתחת לגחון מקלע ה"בזה" נמצאת קערית אותה יש למלא בשמן רובים, ואזי מובטחת פעולת המקלע בלא תקלות. עצותיו של הקצין האמריקאי הבכיר ליוו את לוחמי יחידת הפשיטה במשך כל המלחמה.[77]
בנגב הוא פגש את מפקד חטיבת הנגב נחום שריג, ביצע אתו סיורים בכל הגזרות והכין דו"ח (הערכת מצב) מהתרשמויותיו. ב- 21 במאי שלח מרכוס למטכ"ל את המברק הבא: המצב קריטי אך אין מקום לבהלה". הוא הציע למטכ"ל תוכנית פעולה משולבת בהיקף חסר תקדים (לאותם ימים) שמטרתה בלימת התקדמותו של חיל-המשלוח-המצרי ע"י ניתוקו מבסיסיו בסיני ובמצרים ע"י תקיפה מיידית של מסילת הברזל שהייתה אמצעי ההובלה וההספקה העיקרי של חיל המשלוח, מהים, האוויר והיבשה וכן המליץ להחיש לנגב את כל הרכב המשוריין שאינו בפעולה בגזרות אחרות ובמקרה שאי אפשר לשלוח לנגב מרגמות כבדות, הציע לשלוח תותחים 65 מ"מ.[78]
מיד עם בואו של מרכוס לרוחמה (לשם הוסגה בינתיים המפקדה העיקרית של חטיבת "הנגב"), בעיצומה של ההתקפה המצרית על קיבוץ יד-מרדכי, הוא הבחין שהדבר לו זקוקים מפקדי החטיבה ביותר הוא זריקת עידוד שתהפוך את התפישה ההגנתית (הדפיטיסטית – יש לומר) הרווחת, פרי נסיונות החודשים האחרונים, לרוח לחימה התקפית חדשה ורעננה כנגד הפולש המצרי. מפקדת חטיבת הנגב החלה בהנחייתו לתכנן את מבצע "פרעה". המבצע קיבל את אישור המטכ"ל ואמור היה לצאת לפועל ב- 22 למאי אולם התברר שחיל הים, שאמור היה לנתק את מסילת הברזל משני עברי אל-עריש אינו ערוך עדיין לנחיתה מהים וגם לא קיים מנגנון שיתאם בין חיל האוויר לכוחות הים והיבשה. קשיי התיאום בין חטיבות "הנגב" ו"גבעתי" ובינן לבין חיל האוויר גררו דחיות חוזרות ונשנות של מבצע "פרעה". אחד הפתרונות של מרכוס לבעיית התיאום הייתה באמצעות משלוח קצין קישור של חטיבת "הנגב" למטכ"ל (נשלח מוכתר נגבה – מיכאל הנגבי).
ב- 23 במאי הודיע מטכ"ל/אג"מ לחטיבות "גבעתי" ו"הנגב" כי חיל האוויר עומד להפציץ (כדרישת מרכוס) עוד באותו ערב, ריכוז כלי-רכב ליד הכפר עיראק-סוידאן ואת בניין המשטרה שלידו, וכן את העיירה מג'דל. מפקדת חטיבת "הנגב" דרשה, בהנחיית מרכוס, להוסיף למטוסי חיל-האוויר מטרות נוספות: את העיר עזה ואת העיירות בית-חנון ודיר-סנייד, וזאת כדי לחזק את כושר העמידה של קיבוץ יד-מרדכי ולעצור את ההתקדמות צפונה של חיל-המשלוח-המצרי. כדי לתת שהות לכוחות המיועדים להשתתף במבצע "פרעה", קבעה מפקדת חטיבת "הנגב" את יום ה-"ע" ל- 25 במאי. פלוגות הפשיטה שהגיעו לנגב ימים ספורים קודם לכן, זקוקות היו לאימון במקלעים החדשים שהותקנו על גבי הג'יפים, ושתי פלוגות החי"ר מגדוד 7 החדש ובהן טירונים, שהגיעו לנגב ב- 22 במאי, היו זקוקות אף הן ליומיים אימון הסתגלות והכרת הנשק.
מפקדת חטיבת "הנגב" המשיכה בהכנות למבצע "פרעה" בהמרצתו של מרכוס. בשלוש היממות האחרונות הייתה מפקדת החטיבה טרודה בהתקפה המצרית על קיבוץ יד-מרדכי ובפינויו. גם הבעיות שנבעו מהפעלת כוחות במקביל, בסיוע אווירי וניצול יעיל של פלוגות הפשיטה, שהיו בעלות עצמת-אש חזקה, חייבו דפוסי התנהלות שלא התנסו בהם בעבר. צריך היה גם להתאים את יעדי המבצע, ובמצב זה לשהותו של מרכוס במפקדת החטיבה, חונך ומדרבן, לא היה תחליף. נקבעו שלושה יעדי תקיפה חדשים. כסיוע לביצוע הפעולה, דרשה מפקדת החטיבה להפציץ את עזה ובית-חנון מן האוויר. חיל האוויר קיבל אישור להפציץ את עזה בין השעות 2200 – 2315 כסיוע למבצע, ומשעה 2315 עד 02:00 לביים התקפות אוויר באמצעות זריקת בקבוקים ריקים. את בית חנון אושר להפציץ בכל שעה שתהיה נוחה לחיל האוויר.
בחצות ליל ה- 24 במאי קיבלו מפקדי הגדודים ומפקד יחידת הפשיטה פקודה ממפקדת החטיבה, שעליהם להיערך ליציאה למבצע "פרעה" למחרת בלילה.
בפקודה המעודכנת היו במבצע "פרעה" 3 יעדים:
התקפה על סוללת תותחים שבקרבת העיירה בית-חנון. ביצוע ההתקפה הוטל על על יח' "חיות הנגב" (גדוד 2) בתגבור שני ג'יפים מיחידת הפשיטה.
סיור אלים על שדה התעופה של עזה, ממזרח לעיר, ע"י פלוגה מיחידת הפשיטה.
התקפה על סוללת תותחים, מצפון-מזרח לעיר עזה, של כוח מגדוד 7 שכלל את מחלקת החבלה של הגדוד.[79]
יחידת "חיות הנגב" תקפה את סוללת התותחים ליד העיירה בית חנון. בסוללה היו 3 תותחים 25 ליטראות, תותח נ"ט 6 ליטראות, רכב משוריין ומשאיות. הכוח הגיע קרוב לעמדת הסוללה מבלי שהמצרים הבחינו בו. תוך כדי התקדמות נתקל הכוח בעמדת תותח 6 הליטראות. צוות התותח חוסל באש סטנים ורימונים. הכוח הסתער גם על עמדות התותחים האחרים, חיבל בהם והרג מספר רב של חיילים. השאר נמלטו. מאש האויב היו לכוח 2 הרוגים ו- 3 פצועים. הניסיון לגרור את התותחים נכשל. הכוח שהה במתחם כ- 30 דקות ובעת נסיגתו לקח אתו שלל נשק-קל של האויב. הכוח נסוג לקיבוץ ניר-עם עם ההרוגים והפצועים. מהיעדר חומרי נפץ לא פוצצו התותחים אלא רק נותצו הכוונות.
פלוגת ג'יפים מיחידת הפשיטה בפיקודו של ישראל כרמי נעה לעבר מחנה שדה-התעופה בהדרכת סיירים מקיבוץ בארות-יצחק. בשעה היעודה, פתחו הג'יפים במכת-אש מקלעים על הבתים במחנה ובפרבריה המזרחיים של עזה. המצרים השיבו אש. מאחר והמשימה הוגבלה לסיור אלים, נסוג הכוח לבסיסו שליד קיבוץ רוחמה.
ביצוע התקיפה על היעד השלישי בוטל, לאחר שמשאית, שהסיעה את מחלקת החבלה של גדוד 7, התהפכה סמוך ליציאה מקיבוץ רוחמה ו- 15 מחייליה נפצעו.
מבצע "פרעה" המחיש למצרים כי האגף המזרחי של הטור המתקדם לאורך שפלת החוף, לאורכה היה פרוס חיל-המשלוח-המצרי, חשוף ופגיע. ב- 27 במאי 1948 קיבלה מפקדת גדוד חי"ר 7 מחטיבה 4 המצרית הוראות, שתכליתן לאבטח את העיר עזה בפני התקפה ישראלית. הגדוד תוגבר ביחידות תותחנים מחלקת מק"בים וטנקים קלים, ונערך בעמדות הגנה עוד באותו יום. גדוד זה חסר מאד למגמת ההתקדמות צפונה.
בליל 27/28 למאי חזר מרכוס לתל-אביב מהנגב לאחר שפעילותו שם תרמה באופן משמעותי למהפך במצב. הכוח בנגב עבר מהתגוננות לתקיפה, הבין את ערכו של הקרב המשולב וסיוע אוויר התקפי והפך לגורם כבד משקל בעצירת תנועתו של חיל המשלוח המצרי צפונה. המטרה לשמה ירד מרכוס לנגב – הושגה.  הוא דיווח לבן-גוריון: "...אפשר לכבוש את עזה בכוח של 1,500 איש ולהחזיק בה. הצבא שלנו מצוין, למצרים יש נשק ויש לקחת אותו מהם".[80]  

חזית ירושלים
כשלונה של חטיבה 7 בלטרון במבצע "בן-נון א" ומצבה העגום של חטיבת "הראל" היו מהנימוקים המכריעים של בן-גוריון למנות את דוד מרכוס, עם חזרתו מהנגב (ולאחר הישגיו שם), למפקד חזית ירושלים: "בהסכמת ישראל (גלילי) ויגאל (ידין) מיניתי סטון למפקד חזית ירושלים...".[81]בכך היה מרכוס לראשון בקציני צה"ל שמונה לתפקיד מפקד חזית ואשר לצורך אישוש סמכותו הוענקה לו דרגת האלוף. הדרגה נהגתה ע"י בן-גוריון מעיונו בתנ"ך בה משמעות המלה הנה: ראש שבט או מפקד עליון.[82]בכך היה לקצין היחידי בצה"ל שקיבל דרגת אלוף או תפקיד מפקד חזית. האחרים קיבלו זאת רק כשלושה חודשים מאוחר יותר. 
מפקדת חזית ירושלים בפיקודו של דוד מרכוס, זכתה למטה רק ב- 5 ליוני, עם הקמת המסגרת למבצע "יורם"; ואולם מרכוס כבר פיקח על המבצעים בלטרון שבוע קודם לכן. הוא התמנה, כאמור, ע"י בן-גוריון למפקד החזית ב- 28 למאי וכבר התלווה לנוהל הקרב של מפקדת חט' 7 בחולדה ולתכנון מבצע "בן-נון ב'", הניסיון השני לכבוש את לטרון ולפתוח את הדרך לירושלים. בשלב זה עדיין לא הרכיב לעצמו מרכוס מפקדה או מטה והסתפק בנוכחותו האישית. הוא נע ממקום למקום בג'יפ יחד עם עוזרו ושלישו האישי, אלכסנדר ברוידא. על אף שנוכח בכל שלבי נוהל הקרב של חט' 7 לקראת המבצע, כולל בקבוצת הפקודות החטיבתית, הוא שמע, האזין ולמד, אולם לא התערב בתהליך.
מבצע "בן-נון ב'" היה התקפת לפיתה על לטרון (בניגוד ל"בן-נון א'" שהיה, למעשה, קרב התקלות) כאשר גד' 52 של "גבעתי" (ת"פ חטיבה 7) בפיקוד יעקב פרולוב, תקף ממזרח והגדוד המשוריין 73, בפיקוד חיים לסקוב, הווה מאמץ עיקרי ממערב. מרכוס התמקם יחד עם חפ"ק גד' 73 על גבעה 200, כ- 1,400 מ' ממערב למשטרת לטרון (בסמוך לקיבוץ נחשון של היום). בעת ההיא, כאשר מח"טים ומג"דים ניהלו את הקרב ממפקדות נייחות מרוחקות משדה הקרב, היה מיקום זה יוצא דופן ביותר כאשר מפקד החזית צופה על הקרב ממרחק כה קרוב. התקפה זו בוצעה ב- 31 למאי וחטיבה 7 לא הצליחה במהלכה לכבוש את לטרון. למחרת בבוקר שלח מרכוס למטכ"ל את המברק הבא:
"הייתי נוכח בשדה הקרב מ- 1100 ועד ל- 5 אחר הצהריים. התוכנית, התיאום והארטילריה היו בסדר גמור. ביצועי השריון – יוצאים מהכלל. ביצועי החי"ר מחפירים. שתי פלוגות לוחמות יכבשו את לטרון".[83]
לאחר כשלון מבצע "בן-נון ב'", היה המצב בחזית ירושלים עגום למדי: הכביש הראשי לירושלים נשאר חסום. חטיבה 7 ספגה אבידות כבדות ביותר – 129 הרוגים (כולל 50 של גדוד 32 מחטיבת "אלכסנדרוני") וקרוב ל- 200 פצועים בשני מבצעי "בן-נון". ההערכה הייתה כי שוב אינה כשירה למבצעים יזומים. גבר החשש כי הלגיון, מעודד מהצלחותיו האחרונות, יחרוג ממובלעת לטרון וייזום מבצעים לכיבוש הפרוזדור שמדרום ללטרון או אף יתקוף מערבה בכיוון לוד ורמלה בשפלה המרכזית. 
לאור המצב ובלחצו של מרכוס, שהיה בטוח שהפלמ"ח יצליח לכבוש את לטרון בקלות יחסית, החליט המטכ"ל לתגבר את כוחות חזית ירושלים. עוד ב- 30 למאי ניתנה הוראה לחטיבת "יפתח" של הפלמ"ח שפעלה בגליל, שם נראה שהחזית התייצבה יחסית, לעבור לגזרת לטרון ולהחליף את חטיבה 7. חטיבת "יפתח" הגיעה לחזית ירושלים ב- 5 ליוני והצטרפה לשלוש החטיבות שכבר פעלו שם. עד אז שררה רגיעה באזור ופיקוד הלגיון לא ניסה ליזום מבצעים התקפיים. היוזמה הצבאית נשארה בידי חזית ירושלים, על אף שני הכשלונות הקודמים בגזרה שאמנם לא צלחו בכיבוש לטרון אבל היו מכות חזקות מספיק כנראה, לרתק את כוחות הלגיון למתחם לטרון. החל מתחילת יוני פעלה חזית ירושלים בשני מאמצים במקביל: סלילת "דרך בורמה" ומבצע "יורם".
"דרך בורמה"
כתוצאה מן המציאות החדשה שנוצרה בשטח עם התהוות רצועה שחיברה את חולדה עם שער הגיא, התבקש כי ייעשו צעדים להכשיר דרך כלשהי לאורך פרוזדור זה. כבר ב- 28 במאי, ביקשה חט' 7 מהמטכ"ל לשלוח דחפור כדי לשפר את הדרך בין בית ג'יז לבית סוסין ולמחרת יצא מח"ט 7 שלמה שמיר עם קציני המבצעים וההנדסה של החטיבה אל השטח, כדי לקבוע תוואי לדרך שתחבר את חולדה עם שער הגיא ועם הכביש לירושלים. בשלב זה כבר התגבש הרעיון לפילוס דרך חלופית לכביש הראשי, שהיה חסום בקטע שבין לטרון לדיר-איוב ולפרוץ בכך את המצור על ירושלים.
בינתיים נעשה שימוש בדחפור של קיבוץ חולדה שהגיע ב- 30 למאי והופעל כבר באותו היום. בליל 31 במאי /1 ביוני, לאחר מאמץ חפוז להתקין את הדרך (במקביל למבצע "בן-נון ב'"), יצאה שיירת נשק לחטיבת "הראל" בפיקודו של "רעננה" (אליהו סלע - לימים קמב"ץ "יפתח"). היו קטעים שבהם נאלצו הנוסעים לרדת מן הג'יפים, לשאת בידיהם את המטען ולדחוף את כלי הרכב על גבי הסלעים והמהמורות. לאחר מאמץ על-אנושי, פרצה שיירה זו את הדרך והגיעה לתחום "הראל". כך נפרצה "דרך בורמה", אשר נקראה גם "דרך שבע" ואשר שינתה את פני המערכה על ירושלים. למחרת בליל 1/2 ביוני, חזרו הג'יפים לחולדה ואליהם הצטרפו גם כמה ג'יפים של מחוז ירושלים ("עציוני"). היה זה האות לשבירת המצור על ירושלים. 
מבצע "יורם" – מטה חזית ירושלים קורם עור וגידים
היה זה המאמץ העיקרי של החזית בכלל ושל דוד מרכוס בפרט. מבחינתו היה זה המשך למבצע "בן-נון ב'" אשר נועד לכבוש את מובלעת לטרון – הפעם עם כוח העילית של הפלמ"ח, קודם שתיכנס ההפוגה לתוקפה. היו אלה הימים הראשונים של "דרך בורמה". הדרך טרם הוכשרה למעבר משאיות ותפוקתה עדיין לא סיפקה את צרכיה של ירושלים. האחיזה שלנו בפרוזדור הצר שבו היא עברה הייתה עדיין רופפת ובלתי בטוחה. הריכוז הגדול של הלגיון במתחם לטרון יצר איום מתמיד על כוחותינו וכוונת האויב ביחס לאזור השפלה לא היו ברורות. על כן החליט מפקד החזית, בגיבוי הפיקוד העליון, לעשות ניסיון נוסף כדי לסלק את הלגיון מלטרון ולהשתלט על הכביש הראשי. 
מסעה של חטיבת "יפתח" שכללה בשני גדודיה 1,500 לוחמים, דרומה, נתעכב וארך 5-6 ימים. היא הייתה אמורה להחליף את חט' 7 כבר ב- 3 ביוני אולם גד' 1 הגיע לצריפין רק ב- 5 בחודש ויצא משם לשטח ריכוז ליד גזר. גדוד 3 תפס את הגיזרה שלו ליד בית-סוסין רק בליל 8 ביוני, לאחר צעידת לילה מפרכת. מרכוס הצליח לשכנע את המטכ"ל (ואת מח"ט 7) להשאיר את חטיבה שבע (שהייתה אמורה להיות מוחלפת) בתפקיד של המשך הכשרת "דרך בורמה" ואבטחתה. וכך, במבצע זה כללה חזית ירושלים ארבע חטיבות.
מברק המטה הכללי מ- 5 ביוני קובע: "בשטח בין חולדה וירושלים פועלות: חטיבה שבע, הראל, יפתח, עציוני. המפקד העליון – סטון. יפתח והראל – סאשה (יגאל אלון), חטיבה שבע – שלמה שמיר, עציוני – כרגיל".[84]
בהיותו מפקד הפלמ"ח והכוח העיקרי של החזית, היה יגאל אלון, למעשה, סגנו של דוד מרכוס ועם הגעתו מהגליל למרכז הוחלט כי המפקדה העיקרית של החזית תמוקם בעקרון. בינתיים חלו חילופי גברי בפיקוד על זירת המערכה: יצחק רבין מונה לקצין המבצעים של החזית, יוסף טבנקין החליף אותו כמח"ט "הראל" ומולה כהן החליף את יגאל אלון כמח"ט "יפתח". מנחם רוסק התמנה לסמח"ט "הראל" ובמקומו מונה למפקד הגדוד ה- 5 ישכה שדמי ודוד אלעזר (דדו) מונה במקום טבנקין למפקד הגדוד הרביעי. בנוסף לעוזר אישי (א. ברוידא), לסגן (י. אלון), קצין מבצעים (י. רבין) יש לציין עוד קצין מטה שעבד בצמוד עם מרכוס והייתה לו השפעה רבה על פריצת המצור: היה זה סא"ל דב שמר (שמורק) אשר היה אחראי על ארגון ותחזוקת השיירות לירושלים (לימים מפקד חיל הטכנאים).
היעד המרכזי של מבצע "יורם" נקבע ע"י מרכוס, לאחר סיור עם אלון בשטח, והיה כיבוש הרכס הגבעי שממזרח ללטרון, בדיוק בתפר שבין שני הגדודים של הלגיון. למעשה הונחתה ההתקפה של הגדוד החמישי/"הראל" על מוצב פלוגתי ומפקדת הגדוד ה- 2 הירדני אשר היה קרוב מאד להתמוטטות. אולם בשל טעות בניווט ותיאום כושל בין שני הגדודים, התקפת הגדוד השלישי נסוגה עם המגע הראשון והמבצע לא צלח. הנסיגה הירדנית איפשרה לגדוד החמישי (בעיקר פלוגתו של זיוי צפריר) אשר כבשה את מוצב י"ד – לב המערך הירדני - לסגת, על נפגעיה בקלות יחסית.
תוכנית המבצע גילתה טפח מן הידע המקצועי והניסיון הקרבי של האלוף מרכוס. הגבעה שהותקפה היוותה נקודת תורפה במערך הלגיון. פעולות ההטעיה וההסחה (כולל כיבוש אל-קובאב – משמר איילון כיום) ביומיים שקדמו למבצע יצרו את התנאים להפתעה הדרושה. ואולם למפקד החזית לא הייתה שליטה של ממש על הביצוע. מפקדת החזית לא כללה את המנגנון הדרוש לבדיקת ההכנות והפרטים הכרוכים במבצע; אלה נשארו באחריות החטיבות ומטה הפלמ"ח בניצוחו של יגאל אלון.
במפקדת חזית ירושלים דנו בחידוש מבצע "יורם" כבר בלילה הבא, בתמיכתו של בן-גוריון. "גם האויב עייף" טען האלוף מרכוס. למטכ"ל הועברה דרישה לתגבור בנשק ותחמושת. בינתיים התברר כי חטיבת "הראל" איננה מסוגלת לבצע פעולה נוספת. מפקד חטיבה 7 הציע להחליף את "הראל", אך האלוף מרכוס לא האמין כי חטיבתו של שמיר תהיה מסוגלת להתמודד בהצלחה עם המשימה, לאחר שני כשלונותיה במבצעי "בן-נון". החטיבה גם הייתה מרותקת לפרוזדור שם עברה "דרך בורמה". במטכ"ל התלבטו במשך כל היום אם לחדש את המבצע. יצחק רבין נשלח ע"י אלון למטכ"ל לשכנע מדוע לא לחדש את ההתקפה: הוא טען כי הדגש צריך להיות על פתיחת הדרך החדשה לירושלים. לאחר שלא נמצאו הכוחות הדרושים למבצע חוזר, ויתר המטכ"ל על ניסיון נוסף.
ב- 11 ביוני, עם תחילת ההפוגה הראשונה, קיבלה חטיבת "יפתח" את גזרות חטיבה שבע ו"הראל". החטיבות שהוחלפו נעו למנוחה, להתארגנות ולאימונים. חטיבת "הראל" לצריפין וחטיבה שבע לעין שמר. אבידות צה"ל במבצע "יורם" היו 94 הרוגים ו- 159 פצועים. לקוח מ: קדיש אלון (עורך) מלחמת העצמאות תש"ח – תש"ט, משהב"ט, ת"א, 2004.

חזית ירושלים - ותרומתה
מפקד החזית, האלוף דוד מרכוס עדיין לא אמר את מילתו האחרונה בעניין חידוש הניסיון לכיבוש לטרון, כאשר בליל 10/11 ליוני ב- 0350 נהרג בטעות ע"י שומר המחנה באבו-גוש, בה מיקם את המפקדה הקדמית של החזית. כמה סמלי הדבר שהאלוף מרכוס נהרג כ- 12 שעות לאחר שחטיבה שבע שיגרה למטכ"ל את המברק הבא: "101535, מאת חטיבה 7 אל ידין: מציעים שהלילה תשלחו נציג או"ם אלינו, בכדי שיראה שאנחנו מחזיקים בכביש שבע ושעוברות שיירות".[85] 
ביום ששי, 11 ביוני, בשעה 1130, שעה וחצי לאחר שהוכרזה ההפוגה, עם עליית השיירה הראשונה בדרך שנפרצה, הודיע בן-גוריון לחברי הממשלה: "השיירה לירושלים עלתה עם אוכל. כל המשלטים סביב הדרך החדשה שסללנו הם בידינו באופן שאנו שליטים עכשיו על הדרך לירושלים ההולכת דרך אבו-כביר, יאזור, ראשון לציון, רחובות, חולדה, דיר מוחזין, בית ג'יז, בית סוסין, בית מחסיר, אבו גוש, ירושלים". 
באותו יום הגיעו עתונאים ועברו בג'יפ בדרך החדשה.[86]
עם בוא ההפוגה נתייצבו הקווים וכל צד נותר בעמדותיו. חיילי הלגיון המשיכו לחסום את הכביש הראשי לירושלים ולכאורה מילאו בכך את המשימה שהוטלה עליהם. ואולם "דרך בורמה" החלה שוקקת חיים. עשרות ואחר-כך מאות טונות הועברו בה מדי יום. המצור על ירושלים נפרץ. העיר צויידה בנשק ובמזון ואף אגרה מלאי ניכר להמשך הקרבות.
ההגנה היעילה ביותר אין בכוחה להכריע את האויב ולהביא ניצחון. את הלחימה על ירושלים החל הלגיון בתנופה תוקפנית. העובדה שבמובלעת לטרון הוא נערך במתחם מוגן ולא חרג ממנו, איפשרה לכוחות חזית ירושלים לגלות יוזמה ולנהל קרבות התקפה ואף לנהל מבצע הנדסי של סלילת "דרך בורמה" מתחת לאפו של הלגיון. יכולת ההכרעה נטשה את הלגיון ועברה לצה"ל. מהפך זה היה פריים של קרבות לטרון ואחריותה של מפקדת החזית.
שלושת המבצעים: "בן-נון א'"; "בן-נון ב'" ו"יורם" נעשו במגמה לשבור את המצור על ירושלים. כיוון שכמחצית מכוחו של הלגיון נשאר מרותק בלטרון, גם בעיר עברה היוזמה לידינו, וחלקים נוספים של העיר נכבשו. וכך, אמנם לא הצליחה החזית במשימתה לכבוש את לטרון אבל השיגה את מטרתה – פריצת המצור על ירושלים ובכך הגשימה את הכלל של דבקות במשימה לאור המטרה. 
כמה ימים לאחר מותו של האלוף מרכוס, במהלך ההפוגה הראשונה, בוטלה חזית ירושלים ונקבעה מחדש חלוקת המרחב לגזרות עצמאיות. מירושלים עד למוצא-עילית, גזרת "עציוני", ממוצא-עילית עד חולדה, גזרת "יורם", בפיקודו של יגאל אלון והשטחים ממערב לחולדה בגזרת "גבעתי".[87]  
מן הראוי לסכם פרק זה במילותיו של האלוף שלמה שמיר על האלוף דוד מרכוס:
"דוד מרכוס היה הראשון שמונה לאלוף בצה"ל. למרות שירותו הקצר במהלך מלחמת העצמאות וחרף העובדה שלא היה מפקד בכיר בצבא האמריקני, היתה לו חשיבות עליונה במלחמת העצמאות. דמותו זהרה כאיש צבא לדוגמה. תפיסתו הצבאית נתמצתה באחדות הפיקוד, במשמעת קיום הפקודות ובצורך בידע ובתרגול. כל מה שלא תאם את תפישתו זו היה בעיניו חסר ערך. הוא ידע לגלות את מקור חולשותינו מחד-גיסא ולהעריך את רוחם האיתנה של האנשים ואת נכונותם להקרבה עצמית במלחמה מאידך-גיסא.
באותם ימים קשים הייתה ליכולת ההשתלבות וההזדהות שלו השפעה מרחיקת-לכת.... האלוף מרכוס בלט באישיותו המיוחדת. הוא עורר אמון והשתלב עד מהרה בקרב הלוחמים, שהיו אמונים על אסכולות צבאיות שונות. היו בהם אנשי הפלמ"ח, חניכי ה"הגנה", ויוצאי הצבא הבריטי. בפתיחותו הרבה ובמקצועיותו ידע להתמקד בעיקר ובכל נושא המחייב תשומת-לב. תרומתו גדולה, והוא סמל ודוגמה למפקדינו וחיילינו.[88]

נפילתו של האלוף מרכוס
כנסיית "גבירתנו של ארון הברית", היא כנסייה השוכנת בקצהו הצפון-מערבי של הכפר אבו גוש, והידועה בעיקר בשל פסל נישא על גגה של המדונה והילד הניצבים על ארון הברית. הכנסייה ניצבת בגובה של 756 מטר מעל פני הים, על פסגתו של תל קריית יערים, המכונה בערבית בשם "דיר אל-אזהאר", והיא צופה לכל סביבותיה במרחק 300 מ' מהכביש הישן לירושלים. במתחם המקיף את כל שטח פסגתו של התל, שוכן גם מנזר נשים של מסדר הנזירות הצרפתי "יוסף הקדוש של ההתגלות" והמבנים מוקפים בגן ובחורשת עצים. מתחם המנזר די גדול ובתוכו הוקמו 20 אוהלים ששמשו את מטות הגדוד והחטיבה וכן את קורס המ"כים החטיבתי שהועבר במקום. בחודש יוני 1948 התמקמו בחצר המנזר, מפקדת הגדוד ה- 5 של "הראל", מפקדת החטיבה והמפקדה הקדמית של חזית ירושלים[89].
ב- 9 ליוני עלו דוד מרכוס ועוזרו אלכסנדר ברוידא לירושלים לבחון את המצב בעיר לאחר פריצת דרך בורמה, שהחלה לפעול, וערב ההפוגה הראשונה שאמורה הייתה להכנס לתוקף. במסגרת סיור זה, נפגש מרכוס עם מח"ט "עציוני" ומפקד מחוז ירושלים דוד שאלתיאל להתרשמות ממצבה של חטיבת המחוז.[90]  
במשך יומיים סיירו השניים במרחב כאשר נהגו לחזור למנוחה במחנה באבו גוש ולשוחח גם עם המפקדים, קציני המטה והחיילים שם. עקב ההישג של תחילת התעבורה ב"דרך בורמה" ו"מבצע יורם" ציפה מרכוס להתקפת נגד של האויב ולכן הנחה את כל כוחות החזית להגברת עירנות ולהעלאת רמת הכוננות. בליל ה- 10/11 ליוני בחצות הם חזרו מירושלים לאבו גוש, נפגשו שם עם סגנו של מרכוס יגאל אלון ולאחר שיחה של כשעה לערך הלכו כולם לישון. מרכוס ישן בקומה העליונה של בית המגורים במנזר בחדר עם מח"ט "יפתח" מולה כהן ואנשים נוספים. בשני בנייני המנזר לא היו תנאים סניטריים ובתי השימוש והמקלחות נסגרו לשימוש. החיילים והקצינים השתמשו בבתי שימוש שנחפרו במגרש שבחצר המנזר או בחורשה הסמוכה. המיים לשתייה ולרחצה נשאבו משני בורות אגירה שנחפרו במרכז המגרש.[91]
בשעה 03:30 לערך צריך היה כנראה מרכוס לעשות את צרכיו, התעטף בשמיכת צמר לבנה וירד לחורשה הסמוכה. בדרכו חזרה, שמע השומר אליעזר לינסקי, חניך קורס המ"כים שהיה בתורנות, דרדור אבנים וכשיצא לבדוק את פשר הרעש ראה דמות עטופה בלבן. הוא קרא לה לעצור אולם הדמות המשיכה בריצה לכוון המנזר, הוא ירה באוויר ואז שמע גמגום (הברות מקוטעות) במבטא אנגלי.
דוד מרכוס היה בן 47 במותו. גופתו הועברה בו בלילה במשוריין לירושלים. לאחר שרופא הגדוד ה- 5, ד"ר יששכרי קבע את מותו, הוא הזריק לגופה פורמלין על מנת לעקב את תהליך הרקבון. גופתו של דוד מרכוס הועברה למוזיאון בצלאל, כוסתה בדגל הלאום, למראשותיה הודלקו נרות ומשמר כבוד של חיילי חטיבות "עציוני" ו"הראל" ניצב לידה. בערב הועברה הגופה בתוך ארון עץ לתל אביב.[93]
עם הוודע האסון, מיהר יגאל אלון לדווח לבן גוריון וזה שלח הודעה דחופה לכל חברי הממשלה עוד באותו היום לאמור: "אני מצטער שעלי לפתוח את סקירתי היום בבשורה אישית טראגית; מפקד חזית ירושלים, מיכאל דוד מרכוס שנודע פה בשם סטון, נהרג הלילה בשעה 03:50, על-יד אבו גוש. על ידי כדור טועה. שלחתי הבוקר לאשתו את הטלגרמה הרצופה כאן...". למחרת האירוע מינה בן גוריון, וועדת חקירה ממשלתית של איש אחד לחקירת המקרה. המשימה הוטלה על יעקב שמשון שפירא אשר  יצג את 'ההגנה' ואת מוסדות היישוב בשורה של  משפטים. לאחר הקמת המדינה התמנה לתפקיד היועץ המשפטי לממשלה (בתחילה שימש במקביל גם כמנכ"ל משרד המשפטים). כיהן כיועץ בשנים 1950-1948 ועיצב את מסגרת התפקיד (והיה שר המשפטים בשנים 1967-1973). עם מינויו שלח בן גוריון מכתב לראש אגף-המבצעים יגאל ידין לאמור: "יעקב שפירא נשלח מטעם ממשלת ישראל על ידי שר הבטחון לחקור במפורט נסיבות מותו של המפקד מיכאל דוד מרכוס הידוע בארץ בשם סטון. שפירא רשאי לחקור כל המפקדים והחיילים הנוגעים במישרין ובעקיפין בדבר, איזו בחינה שהיא. כל המפקדים והחיילים הנוגעים בדבר חייבים לתת לעו"ד שפירא כל האינפורמציה הנדרשת על ידו בלי יוצא מהכלל, וכן כל העזרה הדרושה למילוי תפקידו".[94]
שמונה ימים בלבד לאחר המינוי כבר הגיש שפירא את מסקנותיו לאחר שחקר 5 קצינים וחיילים: יגאל אלון, אלכסנדר ברוידא, משה חנלס, קמ"ן הגדוד ה- 5, אליעזר לינסקי, שירה במרכוס ומנחם קופנסקי, מפקד כתת המשמר וכן קיבל את דו"ח הרופא החטיבתי. הדו"ח של שפירא היה קצר ותמציתי, 4 עמודים בלבד שבסיכום הוא קבע: "לאור העובדות וההוראות הנ"ל (הוראות פתיחה באש אותן בדק) יש להסיק כי הטוראי אליעזר לינסקי פעל כפי שהיה חייב לפעול. היה לו יסוד לחשוד באיש שהוא אויב; האיש היה לבוש תלבושת משונה; היה עטוף שמיכת צמר לבנה; הוא לא ענה עד אחרי היריה באויר וגם אז באנגלית שלינסקי שמעה בגמגום. ללינסקי לא היה ידוע כלל על המצאותם של דוברי אנגלית במחנה. הדבור האנגלי היה מוכרח להגביר את החשד כי לינסקי ידע שבמחנה האויב, בלגיון הערבי, פועלים אנגלים. (הגדוד של לינסקי נלחם עם יחידה שהכילה אנגלים והגדוד גם לקח אנגלים בשבי). האיש התקרב משטח שנמצאים בו ערבים, באישון לילה, בחזית, במצב הכן; גם לאחר ירית האזהרה לא עמד האיש לחכות עד שלינסקי יגש אליו ויזהו, אלא רץ לקראת המנזר, המקום שעליו הופקד לינסקי לשמור. כל חייל אחר במקומו של לינסקי היה חושד כמוהו ופועל כמוהו".[95] 
ביום בו הוגש הדו"ח של שפירא, פנה משרד הבטחון לסוכנות הנסיעות "פלטורס" בבקשה להעברת ארונו של דוד מרכוס "ועוד שניים שלושה מלווים" בדרך האוויר לארה"ב.
בשלהי חודש יוני 1948 הועבר ארונו של דוד מרכוס לארה"ב במטוס של חברת KLM בליווי משמר כבוד של שני קציני צה"ל בכירים: משה דיין ויוסף המבורגר (הראל).[96] 
עוד לפני הגעת ארונו של דוד מרכוס לארה"ב, ב- 14 ליוני 1948, שלושה ימים לאחר נפילתו, נערך מושב מיוחד של בית המשפט העליון של מדינת ניו יורק לזכרו.
ההלוויה נערכה כטכס צבאי לכל דבר, בבית הקברות של האקדמיה לקצינים בה התחנך דוד מרכוס ב"ווסט פוינט" ב- 1 ליולי 1948. בכך היה דוד מרכוס לקצין האמריקאי היחידי בתולדות ארה"ב שנהרג בשרתו תחת דגל זר ונקבר בבית עלמין צבאי בארה"ב. ובמקביל לאלוף היחידי בצה"ל שנפל בקרב וקבור מחוץ לגבולות מדינת ישראל.
מורשתו של האלוף דוד מרכוס
לאחר הקמת המדינה כאשר עמד צה"ל הצעיר כנגד פלישת צבאות ערב, הוכרה ירושלים כזירה המרכזית ועלה הצורך לרכז כוחות בזירה זו כאשר המשימה העליונה שהוגדרה ע"י ראש הממשלה ושר הביטחון הייתה שבירת המצור על העיר. כאן, לראשונה הוקמה מפקדה על-חטיבתית אשר ניתן לזהות בה סממנים התחלתיים של מפקדת דיביזיה. הייתה זו חזית ירושלים בפיקודו של דוד מרכוס שגם קיבל לצורך ביסוס סמכותו, כאמור, את הדרגה – אלוף.
אין להמעיט בחשיבותה של החלטה זו. לראשונה הוכר הצורך בהקמת מפקדה גבוהה לפיקוד על כל כוחות צה"ל בגזרה נתונה להשגת יעד אופרטיבי ברור. בראשות מפקדה זו הועמד קצין צבא מקצועי, חניך האסכולה האמריקאית אשר הקריירה הצבאית שלו הייתה מצטיינת וחריגה בכל קנה מידה ובעל ניסיון רב בעבודת מטה. על אף התקופה הקצרה בה פיקד על חזית זו, השפעתו ניכרה לאורך זמן. בתקופה קצרה זו הספיקה החזית בפיקודו לשבור את המצור על ירושלים (ב"דרך בורמה") ולרתק מחצית מהלגיון הירדני בלטרון תוך מתן חופש פעולה נוסף ללחימה בעיר. החזית הוכרה כמסגרת הגבוהה ביותר של הפעלת כוחות יבשה במלחמה. חזית זו ליכדה למטרה משותפת חטיבות בעלות מאפיינים שונים מחילות ואמצעים מגוונים: חטיבת החי"ש "עציוני" שעדיין נשאה גם באחריות מרחבית והקרינה את מורשת ה"הגנה", החטיבה המשוריינת "שבע" שהתארגנה על בסיס יוצאי הצבא הבריטי וחטיבות הפלמ"ח "הראל" ומאוחר יותר "יפתח" אשר מאחוריהן מורשת של כוחות מחץ למבצעים מיוחדים. כמו כן הפעילה החזית סיוע הנדסי ושרותים לוגיסטיים כמו הספקה והובלה שהיו חיוניים לפריצת "דרך בורמה" ושבירת המצור על ירושלים.
דוד מרכוס גילם בהתנהגותו את עקרון אחדות הפיקוד והדבקות במטרה כערכים עליונים והשכיל לנצל את יתרונות הכוח העברי שהיה בשלבי התארגנות ראשונים תוך ניטרול יתרונות האויב. הוא חיפש תדיר את נקודות התורפה במערכי האויב על מנת לתקוף בדרך הפחות צפויה ולהפעיל לפחות שני מאמצים חזיתיים במקביל: פריצת "דרך בורמה" במקביל להתקפה על מתחם לטרון.[97]כאשר הגיע יגאל אלון עם חטיבת "יפתח" והוכפף לחזית ירושלים לקראת מבצע "יורם", הוקמה והתארגנה מפקדת החזית בשיטה שתלווה את יגאל אלון בהמשך המלחמה כאשר מרכוס מתנהל בחפ"ק (ג'יפ המפקד) עם עוזרו אלכסנדר ברוידא ומתייצב במיקום הקריטי עם התפתחות הקרב ובמקביל פועלת מפקדה עיקרית בעקרון ומפקדה קדמית באבו-גוש. כמו כן נשלפו בעלי תפקידים מרכזיים ממטה הפלמ"ח ומפקדיו לאיוש מטה חזית ירושלים. יצחק רבין התמנה לקצין המבצעים החזיתי וזרובבל ארבל לקצין המודיעין. מבנה זה של המפקדה ובעלי התפקידים הללו המשיכו ללוות את יגאל אלון גם בהמשך המלחמה במבצע "דני" ובחזית הדרום.
הצלחתה והישגיה של חזית ירושלים הייתה מהשיקולים המרכזיים להצעתו של יגאל ידין, ראש אגף המבצעים במטכ"ל, בתקופת ההפוגה הראשונה, להקים ארבע מפקדות חזית אשר תנהלנה את המלחמה בגזרות השונות, כדרג ביניים בין המטכ"ל לחטיבות, אשר בעת ההיא כבר היו 12 כאלו ומוטת השליטה של המטכ"ל הפכה לכמעט בלתי אפשרית. כיוון שגם שר הביטחון וגם המטכ"ל הבינו שמסגרת אלו תהפוכנה לגורמים הגבוהים ביותר בצה"ל לניהול הלחימה ביבשה, נוצר משבר חמור בין בן-גוריון למטכ"ל על רקע שיבוץ המפקדים למסגרות על-חטיבתיות אלו – מה שלא קרה בעת מינויו של מרכוס – עליו הסכימו כולם. המשבר הסתיים בפשרה שהביאה להקמת מסגרות על-חטיבתיות ארעיות לצורך ניהול מבצעי "דני", "ברוש" ו"דקל" בתקופת קרבות "עשרת הימים".
בפיקוד על מבצע "דני" ניתן לראות המשך ישיר לחזית ירושלים אלא שהפעם המפקד היה יגאל אלון, סגנו, שירש את מרכוס לאחר שהאחרון נהרג בנסיבות טרגיות במפקדתו הקדמית באבו גוש. היעד נשאר ירושלים והדרך אליה, עם חלק מהכוחות ואותה המפקדה. אלא שהפעם נוספו כוחות מחיילות שונים שניתן היה להקצותם עם גידולו של צה"ל והתפתחותו – בעיקר ארטילריה. הישגי השלב הראשון של מבצע "דני" כולל כיבוש הערים הערביות לוד ורמלה והרחקת איום הלגיון הירדני ממרכז העורף האסטרטגי של המדינה – גוש דן, הצדיקו בהחלט את הפעולה במסגרת שהייתה למעשה אוגדה משימתית, נכון לא מושלמת ועדיין ללא תורת לחימה ונהלי עבודת מטה ברורים, אבל עקרונות הפעולה של מסגרות על-חטיבתיות התחילו להתגבש. כבר במערכה זו מצא לנכון יגאל אלון להצביע על מורשתו של מרכוס כאשר קרא לחלק השני של מבצע "דני" מבצע "מיקי", על שמו.
התפתחותו הטבעית של צה"ל וגידולו, חייבה, בסופו של דבר, כבר בראשית חודש אוגוסט, להקים את החזיתות. נקבעו קווי יסוד למסגרות אלו ותקנים למפקדות.
יגאל אלון התמנה למפקד חזית הדרום ובנה את מפקדתו על בסיס קציני המטה שליוו אותו מחזית ירושלים ומבצע "דני" תוך שהוא קובע את מבנה מפקדת החזית במבנה המשולש כפי שלמד ממרכוס במבצעי העבר: מפקדה עיקרית בגדרה, קדמית ברוחמה וחפ"ק המבוסס על ג'יפ המפקד. הישגי החזית במבצע "יואב" וכיבוש באר שבע הביאו (כמו בכל מפקדת דיביזיה במלחמת העולם השנייה), להעתקת המפקדה העיקרית לבאר שבע והקדמית לחלוצה. ובשלב השני של מבצע "חורב" הקדמית לצאלים. בכך אנו רואים את אלמנט התנועה בדילוג המפקדות בעקבות הכוחות הלוחמים כפי המקובל בדיביזיות בצבאות זרים. גם מבחינת תפיסת ההפעלה וניהול המבצעים "יואב" ו"חורב" אנו מבחינים בהחלטותיו של מפקד החזית, תוך התבססות על העקרונות שהנחיל מרכוס, כמו החיפוש אחר נקודות התורפה במערכי האויב ופעולות איגוף וכיתור כפי שהתאימו לצה"ל תוך ניצול יתרונותיו ונטרול יתרונות האויב. מה שהביא לאילוץ המצרים לבקש שביתת נשק. בכך נתן לראות את השפעתו של מרכוס על הפעלת הכוחות בצה"ל, באמצעות המורשת שהשאיר, גם זמן רב לאחר מותו.
בנוסף להשפעת מורשתו של מרכוס על הפעלת כוחו של צה"ל במלחמת העצמאות ניתן לראות את השפעת מורשתו על בניין הכוח של צה"ל בעיקר בתחומי תורת הלחימה, עבודת המטה וההדרכה.
בשלהי שנת 1949 מונה, כאמור, חיים לסקוב (מפקד קורס המממ"ים הנ"ל) לראש אגף ההדרכה במטכ"ל (אה"ד). הוטל עליו לגבש דפוסי אימונים ואת תורת הלחימה של צה"ל. במסגרת זו פתח את קורס המג"דים הראשון עבור חניכים שרובם לא השתתפו בשום קורס מאז קורס מפקדי המחלקות של ה"הגנה", שמטבע הדברים לא עסק בדרגים שמעל הפלוגה ולא כלל את הלקחים הרבים שהופקו במהלך מלחמת העצמאות. אולם חסר היה לקורס זה חומר תורתי כתוב כי כל החומר שהיה קיים עד אז היה עבור הקצונה הזוטרה בלבד. הבריטים, בכוונת מכוון, לא הכשירו מתנדבים מארץ ישראל בקורסים בכירים או לתפקידים בכירים ולכן מרבית החומר שהביאו אתם יוצאי הצבא הבריטי נועד להדרכה והכשרת המפקדים הזוטרים בלבד. עם הקמת קורס המג"דים, הסתבר שכתביו של מרכוס היו בבחינת אוצר יקר מפז והפכו למערכי השיעור הבסיסיים עבור הקורסים לקצונה הבכירה של צה"ל בחמש-עשרה השנים הראשונות לקיומו עד אשר פרסם מה"ד את ספרי היסוד עבודת-מטה ותורת הקרב בראשית שנות הששים.[98] עם פרסום מערכי השיעור כתב לסקוב בהקדמה: "המטכ"ל החליט בשעתו לכונן בית-ספר לאמון מפקדי פלוגות, מפקדי גדודים וקציני מטה. המפקד מיכאל מרכוס (מיקי סטון) ז"ל שנועד להיות מפקדו של בית-הספר והמדריך הראשי בו, התחיל, עם בואו לארץ, בכתיבת ובעריכת חומר הלימוד הנדרש לתכלית זו. מטכ"ל/אה"ד מוציא עתה לאור חומר זה, ללא כל שינוי תוכן, כחומר יסודי והמפקדים יפיקו ממנו תועלת רבה".[99]
קורס המג"דים היה באותה תקופה בית היוצר לגיבוש תורת הלחימה של צה"ל לאחר מלחמת העצמאות. נעשה בו מאמץ לשלב את ניסיון הפלמ"ח, ה"הגנה" והבריגדה, להפיק את לקחי מלחמת העצמאות ולבנות תורה חדשה – לפי האפשרויות, שנראו לצוות המדריכים באותו זמן. כל זה על בסיס העבודה של מרכוס אשר השכיל להתאים את התו"ל הזר לתנאי צה"ל והארץ.
על הקורס השני פיקד יצחק רבין. הקורס היה בצריפין, חבורת הפיקוד הייתה מצויינת. רמתם של החניכים גבוהה. באווירה של אתגר, הפך הקורס לכור ההיתוך שממנו נוצר השלד הפיקודי של צה"ל. חיים לסקוב תמך בקורס והגיש לו כל סיוע. בהדרגה פגה המתיחות בין בוגרי הבריגדה לבוגרי הפלמ"ח והמחלוקת פינתה את מקומה לשותפות. מרכוס הצליח לתרום לשותפות זו לא רק בחייו, בחזית ירושלים (ראה להלן), אלא גם לאחר מותו.
גם לאחר הקמת המכללה לפיקוד ומטה (פו"ם) בשנת 1954 המשיך החומר שכתב מרכוס לשמש את החניכים. אהרון יריב, מפקד המכללה הראשון הכיר את מרכוס הייטב מהתקופה בה התלווה אליו בביקורו הראשון בארץ ומפגישות אתו אחר כך. הוא דאג לכך שספריית פו"ם תוכל לנפק לכל חניך את החומר של מרכוס בתחומי תורת הלחימה, עבודת המטה וההדרכה הצבאית ואף הנציח את מורשתו ע"י קריאת ספריית פו"ם על שמו של דוד מרכוס, כאשר פסל קטן בדמותו מצוי היה בספריה עד שלהי שנות השמונים כאשר שונה שמה.
בתחילת חודש יולי 1947 כבר החלה הנצחת מורשתו של דוד מרכוס ע"י מחלקת התרבות באכ"א עם היוזמה להקמת מחנה מרכוס בחיפה על הר הכרמל.
באותה התקופה עלה הצורך לקלוט בצה"ל אלפי עולים חדשים ולחייל אותם. היה הכרח ללמד אותם את השפה העברית, ידיעת הארץ וגורמי מלחמת העצמאות והתנהלותה. על מנת שניתן יהיה להגשים מטרה זו פנו אנשי מחלקת התרבות לסגל "בית רוטנברג" בחיפה. בית רוטנברג היה ביתו הפרטי של פנחס רוטנברג בחיפה.  הבית, בשדרות הנשיא 77, נחנך ב- 1939 בבניין מרפסות גדולות, שאפיינו בניינים גדולים שנבנו בתקופה. שטח המגרש חופף ברובו לפארק הקייזר ששתלו הטמפלרים. רוטנברג הספיק להתגורר בבניין זה רק כשנה. בצוואתו הוריש רוטנברג את הבית ואת הגן הנרחב מוקף החומה לטובת פעילות חברתית. ביום השנה לציון מותו של רוטנברג נחנך "המכון לחינוך הנוער ע"ש פנחס רוטנברג". פעולתו הראשונה של המכון הייתה קיום סמינרים לתנועות נוער. ב-1947 הוחרם הבניין, כמו חלק מהאזור בו הוא שוכן, בידי הצבא הבריטי. צוות המכון עבר למחנות המעצר בקפריסין ושם המשיך בפועלו. אחרי הקמת המדינה עבר המתחם, כמו שאר מתחמי הצבא הבריטי, לרשות . כבר בתחילת המיזם הוחלט שהמתקן ישא את שמו של האלוף דוד מיכאל מרכוס מפקד חזית ירושלים. תוכנן שהמחנה יעביר קורסי חינוך בני 10 ימים למחזורים של 100 חיילי גח"ל בהתאם לארץ המוצא ולשפה בה דיברו. סגל המחנה נקבע בתקן של 20 איש וכיחידה של מחלקת התרבות (חיל חינוך בעתיד) של אכ"א.[100]כמפקד המתקן הוצע ברוך רובינשטיין. ההמלצה להקמת בסיס מרכוס אושרה והוא החל לפעול כבר בחודש אוגוסט.
במשך הזמן הפך בסיס צה"ל זה בחיפה, לבסיס של מפקדת קצין חינוך ראשי, והמשך לשמש בתפקידים אליהם יועד עם הקמתו, אלא שעם הזמן הוא נחשב כבי"ס לחיילים שלא השלימו השכלת יסוד, ולא רק עולים חדשים שיש להשלים השכלתם, אמנם לאותה מטרה של סיוע בקליטתם בצה"ל. העושים במלאכה היו מורות-חיילות, וכן קציני ומש"קי חינוך שהקנו לחניכיהם השכלה, וכן ערכי-יסוד באזרחות ובמורשת צה"ל, ושראו במשימתם מלאכת קודש. אולם עם הזמן הפך המונח "חיילי מרכוס" ככינוי גנאי לחיילים חסרי חינוך והשכלה, מה שהפך את מורשתו של דוד מרכוס למורשת שלילית. ביה"ס "מרכוס" להשכלה צבאית עבר בשנת 1986 לכרמיאל,[101] בלי לשמור על שמו. 
דוד מרכוס מונצח בדרכים רבות ובמקומות שונים, בין היתר ברחובות רבים ברחבי המדינה, באנדרטה בקריית יערים ליד המקום בו נהרג, ביישוב משמר דוד ובשכונת נווה דוד בעיר תל-אביב.
בניו-יורק פעלה קרן להנצחת זכרו של מרכוס בראשות השופט ארתור שוורץ שבה היו חברים מושלי מדינת ניו יורק לשעבר כמו להמן ודיואי, ראשי ערים לשעבר ואישים בכירים ומפורסמים רבים. בשנת 1958, במלאת עשור למותו, נערך בניו-יורק אירוע גדול לזכרו. לאירוע הגיע בשליחות בן גוריון גם נציג מישראל, אלוף אברהם יפה. במכתב שכתב בן גוריון לאמה מרכוס זמן קצר לפני אירוע הזיכרון, בעת חגיגות העשור למדינה, הדגיש את תרומתו של מרכוס למדינה בשעתה הקשה ואת הסולידריות שהפגין בהתגייסותו להילחם למען עמו. הוא ציין כי "לא רק עזרתו הצבאית כבעל ניסיון מלחמתי רב הייתה חשובה לנו, אלא עצם הופעתו - הופעת יהודי אמריקני בלי עבר ציוני - להשתתף בשעת הגורל בתולדות עמנו, במלחמתנו על קיומנו ועל עצמאותנו, הייתה לה משמעות היסטורית". בן גוריון סיים את דבריו במילים חמות גם לאמה מרכוס: "ואת אמה יקרה נמצאת בליבנו יחד איתו".
הקרן להנצחת זכרו בניו יורק גייסה מעל 5 מליון דולר ואפשרה בשנת 1962 לטד ברקמן לכתוב ספר (למעשה תסריט) ביוגרפי על מרכוס: "Cast a Giant Shadow" (בתרגום העברי נקרא הספר "האלוף"). בזמן איסוף החומר לספר נענה קולק לבקשתה של אמה מרכוס לסייע לברקמן בהשגת חומר לספרו. ברקמן נפגש עם אנשי צבא בארץ ועיין במסמכים בארכיון צה"ל.  על בסיס ספר זה ובהשראת סיפור חייו של מרכוס צולם ב-1966 סרט קולנוע שנודע בתרגומו לעברית בשם: "הטל צל ענק". הסרט הופק ובוים על ידי מלוויל שבלסון וצולם ברובו בישראל. בסרט השתתפו שחקנים ידועי שם כמו קירק דאגלס בתפקיד מרכוס, סנטה ברגר, ג'ון וויין, יול ברינר ופרנק סינטרה.

• ביביליוגרפיה
  עזבונה של אמה מרכוס, אשתו של האלוף דוד מרכוס, בארכיון צה"ל.

1. בן-גוריון דוד, יומן המלחמה, משהב"ט, ת"א, 1982.
2. ברקמן טד, האלוף, עם הספר, ת"א, 1965.
3. גבעתי משה, בדרך המדבר והאש – תולדות גדוד 9, מערכות, ת"א, 1994.
4. גלבר יואב, גרעין לצבא עברי סדיר, יד יצחק בן-צבי, ירושלים, 1986.
5. דה-גול שארל, מאבק לחרות – אחדות במערכה, עם הספר, ת"א, 1967.
6. דיין משה, אבני דרך, תל אביב, 1976.
7. המטה הכללי, עקד כללי, תורת-הקרב, כרך א' – התקפה, צה"ל, 1964.
8. כהן אורדון, מיכאל (מיקי) כהן ועמוס מנדלסון, חטיבת הנגב במלחמת העצמאות, 2011.
9. לוי יצחק (לויצה), תשעה קבין, מערכות, ת"א, 1986.
10. שלח מנחם, המלחמה על הכבוד האבוד, ספריית פועלים, ת"א, 1995.
11. שמיר שלמה, "...בכל מחיר – לירושלים", מערכות, ת"א, 1994.
12. שפי יגאל, סיכת מם-מם, משהב"ט והמרכז לתולדות כוח המגן, ת"א, 1991.
13. Christopher R. Gabel, The US Army GHQ maneuvers of 1941, Center of Military History, US Army, Washington DC, 1992.
14. Major Scott C. Sinclair, Stability in the offense: the evolution of civil affairs during WW2, CGSC Fort Leavenworth, Kansas, 2014.
15. Harry L. Coles and Albert K. Weinberg, Civil Affairs: Soldiers become Governors, US Army, Center of Military History, Washington DC 1986.
16. Clayton R. Newell, Central Pacific – the US Army campaigns of WW2, US Army, Center of Military History, Washington DC
17. Louis Morton, Strategy and Command – The First Two Years, US Army, Center of Military History, Washington DC, 1962.
18. G. C. Marshall, Chief of Staff, US Army and E. J. King, Commander in Chief of US Fleet and Chief of Naval Operations, F M 27 – 5, MILITARY GOVERNMENT and CIVIL AFFAIRS, United State Army and Navy Manual, 22 December 1943.
19. Pictorial History, Twenty Seven Division, United States Army 1940-1941, Army Navy Publishers Inc. Atlanta, Georgia, 1942.
20. Earl F. Ziemke, THE U.S. ARMY IN THE OCCUPATION OF GERMANY
    1944-1946, US Army, Center of Military History, Washington DC, 1990.

1. בני מיכלסון, גנרל מוריס רוז, שריון 18, מרץ 2003.
2. מטכ"ל/אה"ד, הרצאות למפקדים – נכתב ע"י מיכאל מרכוס ז"ל (מיקי סטון), למפקדי פלוגות ומעלה, א.צ. 1173/98.
3. קצין הסברה, מחנה מרכוס, הסב/348, מחתר, הסברה, 4 יולי 1948.
4. במחנה, 16 אפריל 1986.
5. David Marcus MEMORIAL, West Point Cemetery, West Point, NY.
6. Jane L. Scheiber and Harry N. Scheiber, Martial law in Hawaii, http://encyclopedia.densho.org. 2017.
7. https://www.army.mil/ranger/heritage.html.
8. Steven L. Ossad, Out of the Shadow and Into the Light, ARMY HISTORY No, 98, Winter 2016.
9. Josef Caruana, Secret signing in Malta of final Italian armistice during World War II, 12 January 2014.
10. 79th Congress, 1st Session Senate Doc. No. 93 Eisenhower (General), letter to Marshal Badoglio on signing the additional Armistice conditions, September 29, 1943.
11. The Dumbarton Oaks Conversations, 1944 — Dumbarton Oaks.htm.
12. Conference distribution, Octagon-in-96, 14 September 1944.

נספח א'

מפקדת דיביזיית חיל-הרגלים ה- 27

לשכת המפקד                                                                                                    17 אפריל 1943

הנושא: הסמכה מביה"ס ל"רינג'רס ולוחמה זעירה

אל: סגן אלוף דוד מרכוס, מ.א. 0235897, מפקדת דיביזיית חיל-הרגלים ה- 27.

1. מכתב זה הינו מסמך המעיד שהשלמת בהצלחה קורס אינטנסיבי בן 6 שבועות של "רינג'רס" ולוחמה-זעירה שכלל את כל שלבי האימון של לוחמת-ג'ונגל בעידן המודרני.
2. הקורס כלל אימון גופני, כל כלי הנשק של חיל-הרגלים, טקטיקה זעירה המתאימה ללחימת ג'ונגל, קרב-מגע, היאבקות, איגרוף וג'ודו, חיים בג'ונגל, רדיו, חבלה, תברואה בג'ונגל, שימוש במצפן ובמפה ותרגילי שדה.
3. ברצוני לברכך על הרוח הנהדרת שהפגנת בעת השתתפותך באימון כה לחוץ. אני מאמין שההדרכה שקיבלת תהיה בעלת ערך עבורך כפרט כמו עבור כל ארגון בו תהיה חבר.
4. איחולי על הפיכתך ל"רינג'ר" בדיביזייה ה- 27.

רלף כ. סמית

מיג'ר גנרל, צבא ארה"ב

נספח ב' - תזכיר מרכוס                                                                                 25 מרץ 1948

מטרת התזכיר הינה לנסח המלצותלאור התפתחות הנסיבות המצביעות בברור על הצורך בהקמת כוח יהודי מאורגן בארץ ישראל. אני זמין לפי הלו"ז שלכם, לדון בכל אחת מהנקודות הדחופות והקריטיות המועלות כאן או על כולן יחד.

1. זהו חוסר מזל שהרמטכ"ל (יעקב דורי) חולה. סמכותו ויושרו הנן תכונות בסיסיות לכל רמטכ"ל מוצלח. נראה שהוא לא יהיה זמין בעתיד הקרוב. איני צריך להדגיש את הצורך ב"בוס" סמכותי שישא באחריות לתיאום המבצעים השונים והנעת כל התהליכים הנדרשים לבניין הכוח הצבאי.

מכאן מומלץ למנות מיידית ממלא-מקום לרמטכ"ל שיהיה משוחרר מכל משימה או תפקיד אחרים (שאינם תיאום המבצעים או בניין הכוח).

1. הסעיף שלהלן נועד להשגת שתי מטרות: א. הפרדה בין תפקידי משרד הביטחון למטכ"ל. משרד הביטחון יהיה אחראי על נושאים כמו גיוס, רכש, ייעוץ בנושאים מדיניים ואזרחיים, קישור עם גופים חוקתיים וממסדיים ועיצוב מדיניות ותכנון ביטחוני ברמה הגבוהה ביותר. ואילו המטכ"ל ישא בתפקידי פיקוד של כלל הכוחות המזויינים. ב. הקמת מפקדת חיילות שדה שתאוייש בקצינים ראויים ותוכל, במקרה הצורך (במקרי אסון) אף להוות מפקדה חליפית לפיקוד העליון (המטכ"ל+שר הביטחון).

המצב כרגע בארץ מתאפיין בהעדר ביטחון. העדר צעדים נחוצים ואמצעים לאבטחת מתקנים חיוניים ואישי מפתח העלול להגמר בקטסטרופה. הפיקוד העליון, כיום, הינו פגיע ביותר ומהווה מטרה יום-יומית לפעילות אויב.

קציני מטה בתפקידי מפתח אינם זזים ממכתבותיהם ולכן אינם מודעים לבעיות בשטח של מפקדי השדה; אשר זקוקים לא רק לסיוע אלא גם להנחיה ופיקוח. לא ניתן לנהל צבא ברימוט-קונטרול (שליטה מרחוק). תפקידו של מפקד בשדה ממלא את כל זמנו ומחייב אותו לעסוק כל-כולו בארגון הכוח ואימונו על מנת לשפר באופן מתמיד את יעילותו המבצעית.

מומלץ למנות, ללא שהות, מפקד כוחות בשדה עם מפקדה מחוץ למרכזי האוכלוסייה, כמו תל-אביב.

1. הקמת צבא מ"אפס" הינה משימה קשה, במקרה הטוב. כאן זה יהיה תהליך ממושך מהרגיל כיוון שבני עמנו אינם "מיליטריסטים", נעדרים רוח של צבאיות ואינם ניחנים, במקור, ברוח לחימה. הכנתה של "מכונת מלחמה" דורשת (במקביל) להבטיח את הישרדותה של הדמוקרטיה. אין חולק על כך שצבא אינו דמוקרטיה; אולם ניתן לנהלו על פי עקרונות דמוקרטיים.

הדרישה לוותר על הרצון העצמי ולכפוף עצמך לרצונם של אחרים אינו קל. משמעת צבאית ההופכת אדם לכשיר ובעל יכולת לחימה אינו מושג באמצעות שיטות נוקשות, של רודנות קשוחה. ההויה הצבאית לא סובלת קשיחות רודנית. משמעת צבאית מפתחת כבוד לזולת והתחשבות באחרים.

הניסיון האנושי מלמד כי נחיתות כמותית איננה, בהכרח, מחייבת צבא לגישה הגנתית. על עליונות מספרית של האויב ניתן לגבור באמצעות מנהיגות, ניידות, רוח לחימה – ונחישות רבה להשמדת האויב. הסיבה היחידה לקיומו של צבא היא להרוג את האויב ולהשמידו. השיעור הראשון והחשוב ביותר שעל החייל ללמוד הינו משמעת וציות. הדרך המוצעת על ידי מובילה למסקנה כי בעיתוי שיוגדר ע"י הרשויות האזרחיות יוקם צבא אשר יוכל לבצע כל החלטה מדינית שתדרש (כפיפות הצבא לדרג המדיני).

מומלץ שהרשויות המוסמכות הגבוהות ביותר יעסקו בנושאים כמו: משפט צבאי, משמעת צבאית, קביעת דרגות וסמלים. נושאים אלו ניתנים לפתרון, כמו הצדעה רק בתוך בסיסים צבאיים ובשעות הפעילות. ענידת דרגות וסמלים רק במסגרת הצבא. ללא קשר מה יהיו הקביעות הסופיות, בנושאים אלו יש להוציא הנחיות ע"י הדרג הגבוה ביותר – עכשיו.

1. יש אנשים בארה"ב שניתן לפנות אליהם שיגיעו לכאן. כאן הוא מפרט רשימה של שמות קצינים יהודיים בצבא ארה"ב ששרתו במלחמת העולם השנייה במפקדות גבוהות בתחומי המבצעים, הלוגיסטיקה, הנשק, ההנדסה, הקשר וכו'.

בכבוד רב ממוען ל:

דוד בן-גוריון

ישראל גלילי