Во времена нацистской оккупации Девятый форт использовался как тюрьма и место массовых расстрелов людей. Заключенные Девятого форта после работы содержались в цепях. Тем не менее, известен случай побега узников. В ночь с 25 на 26 декабря 1943 года группа из 64 заключённых вырвалась из этой тюрьмы. Часть беглецов проникла в Каунасское гетто, где были скрыты членами «АКО», а затем, 6 января 1944 года, переправлены к партизанам в Рудницкие леса. Большинство других беглецов, в основном военнопленных, которые не хотели идти в гетто, и предпочли самостоятельно искать дорогу к партизанам, были схвачены немцами и расстреляны. На следующий день после побега бывшие заключённые, проникшие в Каунасское гетто, составили акт о своём пребывании в форте, раскрывая тем самым злодеяния нацистов. Документ был написан на русском языке — подпольщики Каунасского гетто предполагали передать его руководству Советской армии.