ב-24.6.1941 נכבשה וילנה על-ידי הנאצים, והוא נאלץ להפסיק את לימודיו ולרדת למחתרת. בתחילה, התחבא, ביחד עם שישה-עשר חברים נוספים ב"שומר הצעיר", במנזר האחיות הדומיניקניות ליד וילנה. כבר במהלך שהותו של קובנר במחבוא החלו הנאצים לנקות את וילנה מיהודים, בין היתר גם ליער פונאר הידוע לשמצה, תחת מסווה של שליחתם למחנות עבודה. לאחר חזרתו לוילנה התוודע לאקציות של הגרמנים על-ידי הנאצים, ועל כך הוא מספר:"עד אחת אחר חצות עוד היתה האקציה בעיצומה. בשעות אלה, בחצות הלילה, ראיתי בחצר ממול [...], נגררת בשערותיה על ידי שני חיילים, אשה שהחזיקה משהו בזרועותיה. אחד האיר את פניה בפנס, שני גרר אותה וזרקה על המדרכה. ברגע זה נשמט מזרועותיה תינוק. אחד מן השניים – זה שעם הפנס דומני – נטל את התינוק, הניפו מעל ראשו. האשה נכרכה סביב מגפו וביקשה רחמים. הוא נטל את התינוק, הניפו והטיח ראשו בכותל חזור והטל." בספטמבר אותה שנה קיבצו הגרמנים את יהודי וילנה בגטו, והוא החל בארגון פעילות מחתרתית כנגדם, תחת השם הבדוי "אורי". בתחילה, אנשי הגטו לא האמינו לסיפורים שסופרו בקשר למעשי הגרמנים בפונאר, בליל ראש השנה 31.12.1941 1941, באסֵפה של 150 חברי התנועות החלוציות, בגטו וילנה, הקריא אבא קובנר כרוז, אשר הפך לאחד מסמלי ההתנגדות היהודית בזמן המלחמה, היתה זאת הפעם הראשונה בה נקראו יהודי וילנה להתגונן ובאופן אלים לנאצים: "נוער יהודי, אל תיתן אמון באלה המוליכים אותך שולל. מ-80,000 היהודים שב"ירושלים דליטא" שרדו רק 20,000. לעינינו קרעו מאִתנו את הורינו, אחינו ואחיותינו. היכן הם מאות הגברים שנחטפו לעבודה בידי ה"חוטפים" הליטאים? היכן הן הנשים הערומות והילדים, שנלקחו מאִתנו בליל האימים של הפרובוקציה? היכן הם יהודי יום הכיפורים? היכן אחינו מהגטו השני? מאלה שהוצאו דרך שערי הגטו לא חזר איש. כל דרכי הגסטפו מובילות לפונאר, ופונאר כמוה כמוות! המהססים! השליכו מעליכם כל אשליה. ילדיכם, בעליכן ונשיכם אינם עוד. פונאר אינה מחנה - שם נורו כולם. היטלר זומם להשמיד את כל יהודי אירופה, ועל יהודי ליטא הוטל להיות ראשונים בתור. אל נלך כצאן לטבח! נכון, חלשים אנו וחסרי מגן, ואולם התשובה היחידה למרַצֵח היא התקוממות בנשק. אחים! מוטב ליפול כלוחמים בני חורין מלחיות בחסד מרצחים. התקוממו עד נשמת אפכם האחרונה!" "יהודים התנגדו בנשק! התליינים הגרמנים והליטאים הגיעו לשערי הגטו. עומדים הם לרצחנו נפש. עוד מעט יובילו אותנו מחנות-מחנות דרך השער. [...] ואנו לא נלך! לא נובל כצאן לטבח. יהודים התנגדו בנשק! אל תאמינו להבטחותיהם הכוזבות של המרצחים. אל תאמינו לדברי הבוגדים. כל היוצא משערי הגטו אחת דרכו לפונאר. ופונאר היא מוות. יהודים אין לנו מה לאבד. המוות ישיגנו בלאו הכי. מי מאמין עוד בחייו שעה שהמרצח משמיד אותנו בשיטתיות. ידו של התליין תשיג כל אחד. מחבוא ופחדנות לא יצילו את החיים. רק בהתגוננות מזויינת נוכל להציל את חיינו וכבודנו. אחים, מוטב ליפול בקרב בגטו מלהיות מובל כצאן לטבח לפונאר. ודעו: בגטו קיים כוח יהודי שאורגן אשר יתקומם עם נשק ביד. [...] תחי החירות! תחי ההתנגדות בנשק! מוות למרצחים!" דבריו עוררו פולמוס בדבר דרך הפעולה הראויה, שכן חלק מאנשי המחתרת העדיפו לעבור להתנגד בגטו ביאליסטוק או בגטו ורשה, בעוד שחלק, וביניהם קובנר, צידדו בהישארות בוילנה. לכן, נוצר פילוג בין חברי המחתרת וחלק מהם אף עברו להתנגד בגטאות אחרים. חברי המחתרת שנשארו בגטו החליטו להתאגד לקואליציה שהורכבה ממספר ארגונים – ה-F.P.O., "ארגון הפרטיזנים המאוחד". הוא נחשב לאחד מהתומכים הנלהבים ביותר בעד האיחוד. הוחלט שמפקד הארגון יהיה יצחק ויטנברג הקומוניסט, ושיהיו לו שני סגנים, יוסף גלזמן מארגון "בית"ר", ואבא קובנר.

בארגון הכיר קובנר את אשתו לעתיד, ויטה קמפנר. הפעולות הראשונות של הארגון היו השגת נשק, על-ידי גניבה מהגרמנים וקנייה מהאוכלוסייה הלא-יהודית ותוך חירוף נפש, ולאחר מכן החבאה שלו.

ב-15.7.1943 נתפס יצחק ויטנברג על-ידי הנאצים, והוחלט כי קובנר יחליפו בהנהגת המחתרת. כל אותה תקופה המשיך לכתוב, ושיר שלו, שהוברח אל מחוץ לגטו, אף פורסם באותה עת בעיתון "הארץ", תחת שמו המחתרתי, "אורי".

בתחילת ספטמבר אותה שנה החליטו הנאצים לנקות את גטו וילנה מיהודים סופית. רוב תושבי הגטו עדיין לא האמינו לסיפורים אודות יער פונאר, וחשבו שהם נשלחים למחנה עבודה. תפיסה זאת של תושבי הגטו התבררה בדיעבד כנכונה, מאחר שרוב תושבי הגטו אכן נשלחו באותה אקציה למחנות עבודה באסטוניה. עם זאת, לקראת סופה של המלחמה הושמדו רוב היהודים ששהו במחנות עבודה אלה. ב-1.9.43 התקיפו חברי המחתרת את הנאצים בירי. מאחר שלא הייתה תמיכה של שאר תושבי הגטו בארגון, נראה היה כי פעולה בתוך הגטו לא תוכל להגיע לתוצאות אפקטיביות. לכן, הוחלט שחברי הארגון יברחו מן הגטו אל יערות רודניקי (Rudninkai), בסביבת וילנה, וילחמו שם כפרטיזנים. מאחר שהגטו היה מוקף באותה עת על-ידי הנאצים, ברחו אנשי המחתרת מהגטו דרך תעלות הביוב. חברי המחתרת הקימו בתחילה יחידת פרטיזנים יהודים, ביניהם קבוצת "נקם" (Mest) בהנהגת אבא קובנר. מאחר שהפרטיזנים הלא יהודים לא ראו בעין יפה קיום של קבוצות פרטיזנים שמוגדרות על-ידי מוצא אתני, נטמעו הקבוצות היהודיות בתוך קבוצות הפרטיזנים הלא-יהודיות ביערות. הוא הצטרף לפלוגת פרטיזנים ליטאים בהנהגת יורגיס זימאנאס, למרות שזכו לגילויי אנטישמיות, פעלו חברי המחתרת, בפיצוץ רכבות גרמניות, הברחת יהודים ממחנות עבודה והרס של תשתיות. ביוני 1944 עם הגעת הצבא הסובייטי לוילנה יצא עם הפרטיזנים מהיערות ולקח חלק בשחרור העיר, ב-13.7.1944 . לאחר שחרור וילנה, החל בפעילות נמרצת לטובת הברחת שארית הפליטה מאירופה לארץ-ישראל. הוא עשה זאת בעזרת ארגון "בריחה", אשר דאג להעברת יהודים ממחנות הפליטים באירופה לארץ-ישראל על-ידי העפלה. הוא הקים את "חטיבת שרידי מזרח אירופה", ארגון ששאף להוות ארגון גג לכל הארגונים הציוניים באירופה. ביולי 1945 הגיע אל הבסיס של הבריגדה היהודית בטרוויזיו שבאיטליה, שם נשא נאום בדבר השמדת יהודי אירופה וההתנגדות הפרטיזנית, ובדבר הצורך בנקמה בגרמנים. כוונתו היתה לבצע נקמה ע"י הרעלת מקורות המים של עריה המרכזיות של גרמניה. הוא יצא לארץ ישראל והצטייד בקופסאות ציאניד. "במושגים שלי אין עם גרמני חף מפשע... העם הזה חייב לדור אחד לפחות לשלם על זה, כדי להרתיע את העולם לעתיד. [...] בתוכנית הנקמה רציתי לומר לעולם שהשארית שתישאר אחרי אושוויץ מסוגלת להרוס את העולם. שתדעו את זה! שפעם שנייה אם יקרה, ייהרס העולם..." בלבוש ובמסמכים מזויפים של חייל בבריגדה היהודית, הפליג באנית הצי הבריטי חזרה לאירופה. במהלך השיט, נתפס כתוצאה מהלשנה והקופסאות נזרקו אל הים. הוא נשלח לתקופת מעצר של מספר חודשים במצרים, ולאחר מכן בכלא "קישלה" בירושלים, בעוון שימוש במסמכים המזויפים. לאחר שהשתחרר מהמעצר, הצטרף לקיבוץ עין החורש בעמק חפר, שם הייתה ויטקה קמפנר, ושם המשיך להתגורר כל שארית חייו. בפרוץ מלחמת העצמאות, הצטרף לחטיבת "גבעתי", ושימש שם קצין התרבות. הוא התפרסם באותה תקופה בכתיבת "הדפים הקרביים" שלו, שנועדו להעלות את מורל החיילים ולדון בענייני השעה. אחד מדפי הקרב שכתב, אשר עסק בגינוי כניעת תושבי קיבוץ "ניצנים", עורר פולמוס רחב, בין היתר בגלל השפה הבוטה שלו: "נפילת "ניצנים" - כשלון הוא. כשלון חמור. [...] טוב ליפול בחפירת הבית מלהיכנע לפולש רצחני להיכנע - כל עוד חי הגוף והכדור האחרון נושם במחסנית - חרפה היא: לצאת אל שבי הפולש - חרפה ומוות!" לאחר המלחמה כתב שירים ועל השואה, ואף זכה על כך, בשנת 1970, בפרס ישראל. נוסף על כך, הוא העיד עדות מפורסמת במשפטו של אדולף אייכמן. הוא היה יושב ראש אגודת הסופרים העבריים, הקים את מרכז "מורשת" לחקר השואה בקיבוץ גבעת חביבה, ועיצב את החלוקה התוכנית של בית התפוצות בתל-אביב.

קובנר נפטר בעין החורש ב-25.9.1987, ונקבר שם.

פרשת ניצנים

 ב-7 ליוני 1948 כותר קיבוץ ניצנים והותקף על ידי כוח מצרי גדול, שהורכב מגדוד חי"ר, פלוגת משוריינים, 4 טנקים ובסיוע של עשרות תותחים שהפגיזו את הקיבוץ כל הלילה. מולם עמדו והגנו על המשק 67 חברי קיבוץ, מתוכם 10 לוחמות, ועוד כ-70 לוחמים מחטיבת גבעתי, רובם מגדוד הטירונים. 

הקריאות החוזרות והנשנות של האלחוטנית במקום שהופנו למפקדת חטיבת גבעתי בבקשות סיוע - לא נענו. 

בשעת אחר הצהריים, כשחלק גדול מהכוח פצוע, כשהתחמושת אזלה וכל סיוע לא נראה באופק – החליט המפקד במקום, אברהם שוורצנשטיין, להיכנע. 106 לוחמים, חלקם פצועים, הלכו בשבי והובלו במסע כניעה לאורך רחובות העיירה מג'דל הסמוכה. (כיום – שטח שכונת מגדל בעיר אשקלון), מאחור נותרו גופות של 29 לוחמים ולוחמות.

הידיעה על כניעת ניצנים והליכת לוחמיה לשבי התקבלה במפקדת חטיבת גבעתי בתדהמה. בשל מכשיר הקשר של ניצנים שלא פעל כהלכה – לא הגיעו ידיעות מהקרב למפקדת החטיבה, שסברה ש"ניצנים תחזיק מעמד" והחטיבה יכולה להתפנות בינתיים למשימות דחופות יותר. 

באותו היום ובעקבות האירוע כתב אבא קובנר, ה"פוליטרוק" (קצין התרבות) של חטיבת גבעתי, "דף קרבי" (שאושר על ידי מפקד החטיבה שמעון אבידן), ששוכפל והופץ בקרב לוחמיה. בדף זה, שכותרתו הודיע ש"נפילת ניצנים – כשלון", תוקף אבא קובנר בחריפות, בסגנונו המוכר ובפאתוס הנלווה לדבריו, את לוחמי ניצנים והאשים אותם שבכניעתם הם פגעו ב"חומת רוחו הבלתי נכנעת של איש המגן העברי", ומוסיף וכותב ש"בניצנים עלול היה האויב, לראשונה, ללמוד דבר חמור ומפתיע: אפשר לו לשבור את חומת ההגנה של ישוב עברי תוך שעות ספורות, להכניעו ולשבות את לוחמיו". 

אבא קובנר סיים את המנשר באומרו שעדיף היה שמגיני ניצנים היו נהרגים בקרב: "בית- אין מגינים על תנאי. טוב ליפול בחפירת הבית מלהיכנע לפולש רצחני...להיכנע כל עוד חי הגוף והכדור האחרון נושם במחסנית - חרפה היא! לצאת לשבי הפולש- חרפה ועיוות! "

דברי אבא קובנר נפוצו מייד בקרב כל הלוחמים בחזיתות השונות, והגיעו כנראה לכמעט כל בית בישראל. חברי הקיבוץ הפכו להיות מושמצים, מוחרמים, היו שקראו להם "בוגדים". 

רק למעלה משנה לאחר מכן, בתום מלחמת העצמאות ובעקבות דרישות חוזרות ונשנות של חברי ניצנים, הוקמה וועדה שטיהרה את חברי קיבוץ ניצנים מההאשמות הכבדות. הרמטכ"ל יעקב דורי אמר שהדף הקרבי "לא שיקף את כל האמת על התגוננות קבוצת ניצנים והיאבקותם המרה של לוחמיה, ויש להצטער על כן". 

טראומת הכניעה והפרשה שבאה בעקבות "הדף הקרבי" של קובנר רדפה עוד שנים רבות את חברי הקיבוץ. 

ניסיונות לארגן "פגישת סולחה" בין הקיבוץ לאבא קובנר – לא צלחה מעולם.

עוד על קרב ניצנים ו"הדף הקרבי" של אבא קובנר מאת ד"ר מרדכי נאור

ה"דף הקרבי" שהוציא מטה חטיבת גבעתי, האחראית לגזרה, מיד לאחר הקרב שהביא לנפילת הקיבוץ בידי הכוחות העדיפים של הצבא המצרי, היה חמור מאין כמוהו. בקרב שבו נהרגו 33 מחברי ניצנים ומחיילי גבעתי שהוצבו בקיבוץ ו-105 הלכו בשבי. את ה"דף" ניסח אבא קובנר, קצין התרבות של החטיבה, ונכתבו בו בין השאר השורות האלה: "בית – אין מגינים על תנאי... טוב ליפול בחפירת הבית מלהיכנע לפולש רצחני. להיכנע – כל עוד חי הגוף והכדור האחרון נושם במחסנית – חרפה היא! לצאת לשבי הפולש – חרפה ומוות!" מאז תש"ח לא נרגעו הרוחות בשל ה"דף" והיו שנים שבעטיו הותקפו חברי ניצנים ללא הרף על "פחדנותם" כביכול. אבא קובנר לא הסכים לבוא לקיבוץ, לשוחח עם חבריו, להסביר ולהתנצל. מי שכן עשה זאת היה מח"ט גבעתי שמעון אבידן, שב-1984 הגיע לניצנים ואמר לחבריו כי האחריות לכישלון היא על החטיבה ולא על הקיבוץ. אשר לקובנר מצאנו במרשתת ריאיון קצר מ-1983 שערכה איתו טל חומסקי, המובא להלן כמעט בשלמותו: - מתי שמעת לראשונה על נפילת ניצנים? "שני חברי ניצנים וחייל שהיו בעמדה קיצונית, הגיעו למטה [החטיבה] בלילה. לפי הדוח שלהם התקבל הרושם שלא היה קרב קשה". - היכן היית בעת ההתקפה האחרונה על ניצנים? "הייתי במטה החטיבה". - מה הייתה הסיבה לפרסום "הדף הקרבי" למחרת הקרב? "שני חברים הגיעו למטה. הם לא ידעו בדיוק שבאזורים אחרים של המשק התנהל קרב קשה מאוד. הם היו המומים ומדבריהם ניתן היה להבין שניצנים נפלה ללא מאבק. באותו הזמן הייתה סכנה שהמורל יישבר בחזית בגלל נפילת ניצנים והיינו מוכרחים לפעול מיד לעידוד שאר הלוחמים, שלא יתקבל הרושם שנקודה יכולה להיכנע ללא לוחמה עקשנית ביותר. זאת הייתה טעות טרגית לחשוב ולפעול כך למחרת הקרב, אך הסיבה הייתה שהוטעינו, על ידי שרידי הלוחמים שלא ידעו בדיוק על מהלך הקרב ונפילת הנקודה". - כיצד ניסו אנשי החטיבה לכפר על המשבר והעוול שנעשה לאנשי ניצנים? "רק לאחר שובם של אנשי ניצנים והחיילים השבויים ממצרים, נודעה לנו האמת אודות המערכה של ניצנים והטעות שנעשתה על ידינו אודות הקרב האחרון. מפקד החטיבה הסביר בכנס חטיבתי את מה שקרה בניצנים ובזאת ניסה לכפר על הטעות שנעשתה".