לאחר כיבושה ע"י הגרמנים, החלה להתארגן בבלגיה אט אט מחתרת אנטי גרמנית, אליה הצטרפו רבים בשל מדיניות הכיבוש הגרמנית. ליהודים היה תפקיד בולט בפעילותה למן תחילתה. כבר בשלהי שנת 41 פעלה יחידה בפיקודו של יעקב גוטפרוינד, שביצעה פעולות חבלה כנגד יעדים שונים- רכבות, מפעלים ואף חיסלה גרמנים רבים וכן משתפי פעולה מקרב הבלגים. בתקופת ההחמרה במעמדם של היהודים בבלגיה, בשנת 1942, הוקמה גם מחתרת יהודית בשם "הוועד להגנה על היהודים" ואליה השתייכו כל הזרמים הפוליטיים. זו הצטרפה בהמשך לתנועת המרי הכללית בבלגיה. הוועד דאג למנוע מיהודים להתייצב לגירושים ועסק בזיוף מסמכים, הברחות ואף פעל בכוח נגד הרשויות הבלגיות ששיתפו פעולה עם הנאצים. יהודים רבים ארגנו מבצעי בריחה מרכבות הגירוש. כ- 500 יהודים פעלו במחתרת. באחד המקרים באפריל 43 ניהלו אנשי מחתרת יהודים קרב כנגד כח גרמני, שרבים מאנשיו נהרגו בעוד אנשי הקבוצה הסתלקו מהמקום ללא כל נפגעים.
אחת היחידות שהוקמו במסגרת המחתרת הבלגית היתה "החטיבה היהודית ה-9", אליה התגייסו מספר מאות לוחמים יהודים בספטמבר 1944, שנטלו חלק בקרבות לשחרור בלגיה.