לאחר כיבוש הולנד ובעקבות צעדי הדיכוי שנקטו הגרמנים כלפי האוכלוסיה, החלו להתארגן מספר ארגוני מחתרת, מהם היו 4 מרכזיים.
א. ה-OD, שנתמך ע"י הממשלה שפעלה בגולה בלונדון והופעל ע"י ה-SOE.
הארגון ביצע פעולות חבלה מועטות והיה חסר אמצעים ואמל"ח, בעייתו הגדולה היתה, היותו חדור בסוכנים כפולים מטעם המודיעין הגרמני, שניהל באמצעותם את "המשחק האנגלי", כפי שנקראה מלחמת המודיעין מול הבריטים, דבר שהגביל מאד את יכולתו המבצעית.
ב. ה-LO פעל בפרופיל נמוך בעיקר להסתיר אנשים ולהצילם.
ג. ה-KP ביצע פעולות אלימות ובכלל זה חבלות, חיסול חיילים גרמנים ומשתפי פעולה. גם הוא פעל להסתיר אנשים ולהצילם.
ד. ה-RVV, שפעל עפ"י הנחיות המודיעין ההולנדי בלונדון (BI).
מ-1942 התגברה פעילות המחתרת ההולנדית בהפעלת רשתות לאיסוף מודיעין, בעיקר עבור המודיעין הבריטי, להצלת טייסים שהופלו מעל הולנד ולהוצאת עיתונים מחתרתיים במדינה, שהפיצו גם תעמולה אנטי נאצית. כן החלו להתארגן מבצעי הברחה אל מחוץ למדינה ובכלל זה במעורבות הכנסיות הנוצריות במדינה- הפרוטסטנטית והקתולית כאחת. למחתרת הצטרפו גם רבים, שהיו מיועדים להשלח לגרמניה כעובדי כפיה. תנאי השטח בהולנד לא איפשרו ארגון קבוצות לוחמים נוסח המאקי בצרפת. רבים היו פעילים בערים, כשהם מסתתרים במקומות שונים ואחרים חיו בחוות חקלאיות, כשהם מתחזים לעובדים בהן וכד'. בצד הארגונים הגדולים פעלו גם קבוצות מקומיות. עם הגעת כוחות בעלות הברית להולנד התאחדו כל גופי המחתרת לגוף אחד ה-BS, תחת פיקוד הנסיך ברנהרד, חתנה של המלכה. במהלך שחרור הולנד פעלו אלה ככח סיוע לבעלות הברית, השתלטו על מספר יעדים חשובים ואף סייעו במודיעין ערכי לכוחות הארמיה הקנדית, בדרכה דרך הולנד לגרמניה באביב 1945.
בעת הפלישה הגרמנית מנתה הקהילה היהודית בהולנד כ-140 אלף איש, שהיוו כ-1.6% מכלל האוכלוסיה, מהם כ-75 אלף, שחיו באמסטרדם.
בשנים 1940-1939 עברו דרכה כ-34 אלף פליטים מארצות אחרות.
כ-15 אלף מהם היו בהולנד בעת הפלישה הגרמנית.
יהודי הולנד השתתפו במחתרת ההולנדית וגם התארגנו בקבוצות הגנה כנגד פורעים הולנדים-נאצים. כך לדוגמא הוקמו "קבוצות לוחמות", שהיו מצויידות בעיקר בנשק קר להגנה כנגד אותן התפרעויות ואף פצעו רבים מהפורעים בעת שאלה תקפו את הרובע היהודי באמסטרדם (פב' 1941).
עם תחילת גירוש היהודים ביוני 1942 למחנות הריכוז החלו לקום גופים והתארגנויות בקרב הקהילה היהודית, שמטרתם היתה הצלת יהודים ע"י הסתרתם וניפוק מסמכים מזוייפים עבורם. חלק מזה בוצע אף עבור תשלום.
גם המחתרת ההולנדית החלה לסייע לפעילות זו.
פעילות מיוחדת התמקדה בהצלת ילדים ע"י הסתרתם. אחת הקבוצות שהצילה כ-250 ילדים יהודיים היתה קבוצת המחתרת NV, שהעבירה אותם מאמסטרדם למקומות מסתור במחוז לימבורג, שבדרום הולנד ודאגה גם לספק להם מסמכים מזוייפים.
המחתרת ההולנדית (קבוצתו של יופ ווסטרוויל הצליחה להבריח גם היא מספר עשרות צעירים יהודים, לצרפת. ר' צרפת- "הקבוצה ההולנדית") וחלקם הוברחו אח"כ לספרד ולשוויץ.
סה"כ מספר היהודים שניצלו כתוצאה מהסתרתם ע"י ארגוני המחתרת ההולנדיית ואזרחים הולנדים עמד על כ-30 אלף.
מספר היהודים שפעלו במחתרת בהולנד מוערך במספר מאות איש ואישה והם עסקו בפעילויות שונות, הוצאת עיתונים מחתרתיים, העברת מידע מודיעיני שנאסף, ע"י שידורו לבריטניה, תקיפת מנהיגים נאציים הולנדים ותקיפת כוחות ויעדים גרמניים. רבים נתפסו והוצאו להורג.